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- PDB-5khc: Structure of rubella virus E1 glycoprotein ectodomain fitted into... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5khc
タイトルStructure of rubella virus E1 glycoprotein ectodomain fitted into sub-tomogram averaged surface spike density of rubella virus
要素E1 glycoprotein
キーワードVIRAL PROTEIN / Rubella virus / surface glycoprotein spike / E1-E2 heterodimer
機能・相同性
機能・相同性情報


T=4 icosahedral viral capsid / host cell Golgi membrane / host cell mitochondrion / viral nucleocapsid / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / virion membrane / RNA binding ...T=4 icosahedral viral capsid / host cell Golgi membrane / host cell mitochondrion / viral nucleocapsid / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / virion membrane / RNA binding / membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Rubella capsid / Rubella membrane glycoprotein E1 / Rubella membrane glycoprotein E2 / Rubella membrane glycoprotein E1, domain 2 / Rubella membrane glycoprotein E1, domain 3 / Rubella membrane glycoprotein E1, domain 1 / Rubella capsid domain superfamily / Rubella membrane glycoprotein E1 / Rubella membrane glycoprotein E2 / Rubella capsid protein
類似検索 - ドメイン・相同性
Structural polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Rubella virus (風疹ウイルス)
手法電子顕微鏡法 / サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 11.1 Å
データ登録者Mangala Prasad, V. / Klose, T. / Rossmann, M.G.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI095366 米国
引用ジャーナル: PLoS Pathog / 年: 2017
タイトル: Assembly, maturation and three-dimensional helical structure of the teratogenic rubella virus.
著者: Vidya Mangala Prasad / Thomas Klose / Michael G Rossmann /
要旨: Viral infections during pregnancy are a significant cause of infant morbidity and mortality. Of these, rubella virus infection is a well-substantiated example that leads to miscarriages or severe ...Viral infections during pregnancy are a significant cause of infant morbidity and mortality. Of these, rubella virus infection is a well-substantiated example that leads to miscarriages or severe fetal defects. However, structural information about the rubella virus has been lacking due to the pleomorphic nature of the virions. Here we report a helical structure of rubella virions using cryo-electron tomography. Sub-tomogram averaging of the surface spikes established the relative positions of the viral glycoproteins, which differed from the earlier icosahedral models of the virus. Tomographic analyses of in vitro assembled nucleocapsids and virions provide a template for viral assembly. Comparisons of immature and mature virions show large rearrangements in the glycoproteins that may be essential for forming the infectious virions. These results present the first known example of a helical membrane-enveloped virus, while also providing a structural basis for its assembly and maturation pathway.
履歴
登録2016年6月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年5月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年6月14日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22017年9月13日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: em_image_scans / pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32019年12月11日Group: Author supporting evidence / Experimental preparation
カテゴリ: em_sample_support / pdbx_audit_support
Item: _em_sample_support.grid_type / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_3d_fitting_list / em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type / _em_admin.last_update

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-8248
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: E1 glycoprotein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,5731
ポリマ－50,5731
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area20940 Å2

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要素

#1: タンパク質 E1 glycoprotein / p110


分子量: 50573.352 Da / 分子数: 1 / 断片: ectodomain (UNP residues 583-1018) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rubella virus (風疹ウイルス) / 発現宿主: Cercopithecus aethiops (ミドリザル) / 参照: UniProt: P08563
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: サブトモグラム平均法

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試料調製

構成要素名称: Rubella virus E1-E2 glycoprotein spike / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: MULTIPLE SOURCES
分子量値: 0.085 MDa / 実験値: NO
緩衝液pH: 8
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
10.02 MTrisC4H11NO31
20.12 Msodium chlorideNaCl1
30.001 MEDTAC10H16N2O81
試料濃度: 1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
詳細: Rubella virus was purified from Vero cells. Glycoprotein spike volumes were extracted from the surface of virus tomograms.
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 11000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 400 nm
撮影電子線照射量: 90 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1IMOD/PEET4.8.40/1.11.0volume selection
2LeginonTomgraphy 3.1画像取得
4IMOD4.8.40CTF補正
7EMfitモデルフィッティング
11PEET1.11.0最終オイラー角割当
12PEET1.11.0分類
13PEET1.11.0３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 11.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 7290 / 対称性のタイプ: POINT
EM volume selection手法: manual picking / Num. of tomograms: 15 / Num. of volumes extracted: 7500
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL / Target criteria: sumf
原子モデル構築PDB-ID: 4ADG

4adg


PDB chain-ID: A / Accession code: 4ADG / Pdb chain residue range: 1-421 / Source name: PDB / タイプ: experimental model

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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