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万見
- PDB-5kh4: Crystal Structure of Steptococcus pneumoniae Undecaprenyl pyropho... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5kh4
タイトルCrystal Structure of Steptococcus pneumoniae Undecaprenyl pyrophosphate Synthase (UPPS) with FARNESYL DIPHOSPHATE
要素Isoprenyl transferase
キーワードTRANSFERASE / UPPS / native / bacterial / undecaprenyl S. pneumoniae
機能・相同性
機能・相同性情報


ditrans,polycis-undecaprenyl-diphosphate synthase [(2E,6E)-farnesyl-diphosphate specific] activity / polyprenol biosynthetic process / 転移酵素; メチル基以外のアルキル基またはアリル基を移すもの; - / manganese ion binding / magnesium ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Di-trans-poly-cis-decaprenylcistransferase-like, conserved site / Undecaprenyl pyrophosphate synthase family signature. / Undecaprenyl pyrophosphate synthetase / Decaprenyl diphosphate synthase-like / Decaprenyl diphosphate synthase-like / Putative undecaprenyl diphosphate synthase / Decaprenyl diphosphate synthase-like superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FARNESYL DIPHOSPHATE / Isoprenyl transferase
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus pneumoniae serotype 4 (肺炎レンサ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Concha, N.O.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2016
タイトル: Discovery and Characterization of a Class of Pyrazole Inhibitors of Bacterial Undecaprenyl Pyrophosphate Synthase.
著者: Concha, N. / Huang, J. / Bai, X. / Benowitz, A. / Brady, P. / Grady, L.C. / Kryn, L.H. / Holmes, D. / Ingraham, K. / Jin, Q. / Pothier Kaushansky, L. / McCloskey, L. / Messer, J.A. / O'Keefe, ...著者: Concha, N. / Huang, J. / Bai, X. / Benowitz, A. / Brady, P. / Grady, L.C. / Kryn, L.H. / Holmes, D. / Ingraham, K. / Jin, Q. / Pothier Kaushansky, L. / McCloskey, L. / Messer, J.A. / O'Keefe, H. / Patel, A. / Satz, A.L. / Sinnamon, R.H. / Schneck, J. / Skinner, S.R. / Summerfield, J. / Taylor, A. / Taylor, J.D. / Evindar, G. / Stavenger, R.A.
履歴
登録2016年6月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年7月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年8月24日Group: Database references
改定 1.22024年3月6日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Isoprenyl transferase
B: Isoprenyl transferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,5874
ポリマ－61,8222
非ポリマー7652
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5110 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area19360 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.107, 44.550, 115.542
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 98.69, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Isoprenyl transferase


分子量: 30911.205 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus pneumoniae serotype 4 (strain ATCC BAA-334 / TIGR4) (肺炎レンサ球菌)
株: ATCC BAA-334 / TIGR4 / 遺伝子: uppS, SP_0261 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q97SR4, 転移酵素; メチル基以外のアルキル基またはアリル基を移すもの; -
#2: 化合物 ChemComp-FPP / FARNESYL DIPHOSPHATE / 二りん酸α-(3,7,11-トリメチル-2,6,10-ドデカトリエニル)


分子量: 382.326 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H28O7P2

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.56 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.4 / 詳細: 0.1M cacodylate, pH 6.4, 0.12-0.24M socium acetate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2001年5月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→50 Å / Num. obs: 9847 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 4.2 % / Net I/σ(I): 4.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10_2155: ???)精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC位相決定
精密化解像度: 3.2→19.869 Å / SU ML: 0.45 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 29.13
Rfactor反射数%反射
Rfree0.276 493 5.01 %
Rwork0.2214 --
obs0.2241 9847 97.59 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.2→19.869 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3557 0 48 0 3605
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0113685
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.4295034
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.6142176
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.08570
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.01655
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.1793-3.49770.38361180.29042236X-RAY DIFFRACTION95
3.4977-4.00030.26881220.23662324X-RAY DIFFRACTION98
4.0003-5.02640.28111240.19732367X-RAY DIFFRACTION99
5.0264-19.86960.22771290.20012427X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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