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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5kgd | ||||||
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タイトル | Crystal structure of PIM1 with inhibitor: 2-pyridin-3-yl-1~{H}-benzimidazole | ||||||
![]() | Serine/threonine-protein kinase pim-1 | ||||||
![]() | TRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / Kinase / transferase / Serine/threonine-protein kinase pim-1 / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() positive regulation of cardioblast proliferation / regulation of hematopoietic stem cell proliferation / vitamin D receptor signaling pathway / cellular detoxification / STAT5 activation downstream of FLT3 ITD mutants / transcription factor binding / positive regulation of cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / ribosomal small subunit binding / positive regulation of cardiac muscle cell proliferation / Signaling by FLT3 fusion proteins ...positive regulation of cardioblast proliferation / regulation of hematopoietic stem cell proliferation / vitamin D receptor signaling pathway / cellular detoxification / STAT5 activation downstream of FLT3 ITD mutants / transcription factor binding / positive regulation of cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / ribosomal small subunit binding / positive regulation of cardiac muscle cell proliferation / Signaling by FLT3 fusion proteins / positive regulation of TORC1 signaling / negative regulation of innate immune response / positive regulation of brown fat cell differentiation / protein serine/threonine kinase activator activity / regulation of transmembrane transporter activity / positive regulation of protein serine/threonine kinase activity / negative regulation of DNA-binding transcription factor activity / cellular response to type II interferon / manganese ion binding / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / protein autophosphorylation / protein stabilization / non-specific serine/threonine protein kinase / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / nucleolus / negative regulation of apoptotic process / apoptotic process / positive regulation of DNA-templated transcription / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Ferguson, A.D. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure of PIM1 in complex with inhibitor 著者: Ferguson, A.D. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 132.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 101.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 31905.203 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 30-305 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: P11309, non-specific serine/threonine protein kinase | ||||||
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#2: 化合物 | ChemComp-EDO / #3: 化合物 | ChemComp-6SL / | #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.74 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.3 詳細: 18% PEG 3350, 0.2 M Na2SO4, 6% ethylene glycol, 0.1 M Tris, pH 7.3 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年6月11日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.98→25.19 Å / Num. obs: 30275 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 11.3 % / Biso Wilson estimate: 35.47 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.048 / Net I/σ(I): 23.1 |
反射 シェル | 解像度: 1.98→2.09 Å / 冗長度: 11.4 % / Rmerge(I) obs: 0.114 / Mean I/σ(I) obs: 4.8 / % possible all: 99.2 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 4DTK 解像度: 1.98→25.19 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.955 / Rfactor Rfree error: 0.01 / SU R Cruickshank DPI: 0.111 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.11 / SU Rfree Blow DPI: 0.103 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.104
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原子変位パラメータ | Biso mean: 42.42 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.98→25.19 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.98→2.05 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 15
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 18.0651 Å / Origin y: 57.065 Å / Origin z: -0.014 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: { A|* } |