PDB-5kf3: Truncated hemolysin A from P. mirabilis Y134A at 2.2 Angstroms re...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5kf3

タイトル

Truncated hemolysin A from P. mirabilis Y134A at 2.2 Angstroms resolution

要素

Hemolysin

キーワード

TOXIN / hemolysin / two partner secretion / beta solenoid / beta helix

機能・相同性

機能・相同性情報

catalytic activity / cell outer membrane / toxin activity / killing of cells of another organism
類似検索 - 分子機能

生物種

Proteus mirabilis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Novak, W.R.P. / Bhattacharyya, B. / Weaver, T.M.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr F Struct Biol Commun / 年: 2017
タイトル: Proteolysis of truncated hemolysin A yields a stable dimerization interface.
著者: Novak, W.R. / Bhattacharyya, B. / Grilley, D.P. / Weaver, T.M.

履歴

登録	2016年6月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年3月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年5月17日	Group: Database references
改定 1.2	2017年9月20日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2019年11月27日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.4	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.5	2024年10月16日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5kf3.cif.gz	103.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5kf3.ent.gz	78.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5kf3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kf/5kf3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kf/5kf3	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4w8qSC 5kehC 5kkdC 5sz8C 5kdk S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6q0p-1 4w8q-1 4w8t-1 5kdk-1 3fy3-1 4w8s-1 4w8r-1 6pzl-1 1lgc-2 5jiu-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Hemolysin

25.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Hemolysin

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
50.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	33.906, 59.775, 115.766
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P22₁2₁

#1: タンパク質	Hemolysin 分子量: 25387.025 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Proteus mirabilis (バクテリア) / 遺伝子: hpmA / プラスミド: PET24a+ / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P16466
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 165 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.31 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.76 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 詳細: 100 MM CITRATE PH 5.5, 100 MM NACL, PEG 4000 (8 - 16%)

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年6月20日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97872 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 12612 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 8.8 % / R_merge(I) obs: 0.094 / Net I/av σ(I): 23 / Net I/σ(I): 8.9

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Diffraction-ID	% possible all
2.2-2.24	7.5	0.207	1	98.4
2.24-2.28	8.4	0.214	1	99.7
2.28-2.32	8.4	0.207	1	100
2.32-2.37	8.4	0.198	1	99.7
2.37-2.42	8.4	0.203	1	99.5
2.42-2.48	8.6	0.207	1	99.3
2.48-2.54	8.4	0.192	1	100
2.54-2.61	8.5	0.181	1	99.7
2.61-2.69	8.6	0.168	1	99.8
2.69-2.77	8.4	0.151	1	99.7
2.77-2.87	8.6	0.146	1	99.8
2.87-2.99	8.8	0.133	1	99.8
2.99-3.12	8.9	0.12	1	100
3.12-3.29	9.3	0.102	1	100
3.29-3.49	9.4	0.083	1	100
3.49-3.76	9.7	0.077	1	100
3.76-4.14	10.1	0.065	1	100
4.14-4.74	9.5	0.057	1	100
4.74-5.97	9.7	0.06	1	100
5.97-50	8.9	0.057	1	99.5

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

	最高解像度	最低解像度
Rotation	6.36 Å	32.54 Å
Translation	6.36 Å	32.54 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.10.1_2155	精密化
HKL-2000		データ収集
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER	2.5.6	位相決定
PDB_EXTRACT	3.2	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4w8q

4w8q

解像度: 2.2→32.539 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.47

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2069	632	5.04 %
R_work	0.1727	-	-
obs	0.1744	12528	99.7 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 88.22 Å² / B_iso mean: 23.0421 Å² / B_iso min: 6.26 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.2→32.539 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1719	0	0	165	1884
B_iso mean	-	-	-	33.05	-
残基数	-	-	-	-	234

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	1753
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.641	2382
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.048	273
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	325
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.599	1042

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 5

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.2001-2.3699	0.236	133	0.1741	2318	2451	99
2.3699-2.6084	0.2583	122	0.1953	2332	2454	100
2.6084-2.9856	0.2194	133	0.1895	2342	2475	100
2.9856-3.7606	0.1902	116	0.1596	2402	2518	100
3.7606-32.5426	0.1825	128	0.166	2502	2630	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.7077	0.0245	-0.1494	0.123	0.1109	0.5144	-0.0212	-0.0689	-0.1009	0.234	-0.0087	-0.0098	-0.3895	-0.1065	-0.0305	0.1532	0.0255	-0.0247	0.1212	-0.0131	0.1113	45.8257	19.5661	145.3681
2	0.3294	0.3518	-0.1657	0.59	0.3878	0.3827	-0.0821	-0.0511	-0.0181	-0.1285	0.0552	0.002	-0.0885	-0.0367	-0.0818	0.0836	0.0038	0.0047	0.0807	-0.0005	0.078	51.1273	20.6324	139.3266
3	0.1102	0.2268	-0.075	0.3594	0.3451	0.5647	-0.0332	-0.0817	-0.0634	-0.1058	-0.0131	-0.0759	-0.025	-0.0923	-0.2349	0.0793	-0.0009	0.0141	0.1087	0.0117	0.1025	47.0942	13.0935	135.2998
4	0.3072	0.1136	-0.3582	0.5446	-0.1643	0.3877	0.035	-0.097	-0.0639	0.0377	-0.0289	0.0006	-0.0852	0.05	0.0125	0.0866	-0.0164	0.0096	0.1195	0.006	0.1113	49.0339	2.0886	134.8374
5	0.2679	-0.1532	-0.0384	0.8072	-0.4315	0.6056	-0.0007	0.0351	-0.0165	-0.2655	0.0737	-0.0171	0.1126	0.0984	0.1799	0.1489	-0.011	0.0271	0.1206	0.0001	0.1166	46.7979	3.8609	125.6959
6	0.3675	-0.2761	0.0296	0.333	-0.1374	0.3916	0.0371	0.0921	-0.2205	-0.6725	0.0218	0.1234	0.3659	-0.1784	-0.0107	0.2428	-0.0068	-0.0639	0.2295	-0.0372	0.2066	42.5643	-4.0968	124.7619
7	0.5509	-0.1037	-0.3977	0.373	-0.0186	0.3356	0.2601	0.254	-0.473	0.0858	0.0834	-0.1359	0.2312	-0.048	0.1222	0.3238	-0.0326	-0.0911	0.268	-0.0476	0.2077	44.5909	-4.8922	120.3942

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 30 through 54 )	A	30 - 54
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 55 through 101 )	A	55 - 101
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 102 through 153 )	A	102 - 153
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 154 through 187 )	A	154 - 187
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 188 through 226 )	A	188 - 226
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 227 through 248 )	A	227 - 248
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 249 through 263 )	A	249 - 263

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