PDB-5keu: Crystal Structure of a Taurine Dioxygenase from Burkholderia xeno...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5keu

タイトル

Crystal Structure of a Taurine Dioxygenase from Burkholderia xenovorans

要素

Taurine dioxygenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / SSGCID / dioxygenase / Burkholderia xenovorans / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease

機能・相同性

機能・相同性情報

2-oxoglutarate-dependent dioxygenase activity / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Burkholderia xenovorans (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.85 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

引用

ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal Structure of a Taurine Dioxygenase from Burkholderia xenovorans
著者: Dranow, D.M. / Lorimer, D. / Edwards, T.E.

履歴

登録	2016年6月10日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年6月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_prerelease_seq / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5keu.cif.gz	251.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5keu.ent.gz	199.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5keu.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5keu_validation.pdf.gz	470.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5keu_full_validation.pdf.gz	474.9 KB	表示
XML形式データ	5keu_validation.xml.gz	28.9 KB	表示
CIF形式データ	5keu_validation.cif.gz	44.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ke/5keu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ke/5keu	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5hsxS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5hsx-d 3r7a-d 7ack-1 3qhw-2 4i0w-1 1jow-d 3qhw-1 4eoi-2 1h25-2 6bnd-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: SSGCID-BuxeA.00024.c

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Taurine dioxygenase

B: Taurine dioxygenase

ヘテロ分子

72.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

2

A: Taurine dioxygenase

B: Taurine dioxygenase

ヘテロ分子

A: Taurine dioxygenase

B: Taurine dioxygenase

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
146 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

A: Taurine dioxygenase

ヘテロ分子

A: Taurine dioxygenase

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
72.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

B: Taurine dioxygenase

ヘテロ分子

B: Taurine dioxygenase

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
73.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	108.270, 133.130, 55.440
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-805- HOH

#1: タンパク質	Taurine dioxygenase / BuxeA.00024.c 分子量: 35803.484 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Burkholderia xenovorans (strain LB400) (バクテリア) 株: LB400 / 遺伝子: Bxe_C0112 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q13IQ2
#2: 化合物	... ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸分子量: 46.025 Da / 分子数: 23 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH₂O₂
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 692 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.79 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.91 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: BuxeA.00024.c.B1.PS02531 at 10.4 mg/ml, protein mixed 1:1 and incubated with an equal volume JCSG+(a5): 20% (w/v) PEG-3350, 200 mM magnesium formate, and cryoprotected with 20% ethylene glycol in two steps

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年4月13日 / 詳細: Beryllium Lenses

放射

モノクロメーター: Diamond [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97872 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.85→50 Å / Num. obs: 69151 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.2 % / B_iso Wilson estimate: 19.69 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.061 / Net I/σ(I): 21.3

反射シェル

解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Diffraction-ID	% possible all
1.85-1.9	0.458	3.59	1	99.9
1.9-1.95	0.378	4.54	1	100
1.95-2.01	0.271	6.11	1	99.9
2.01-2.07	0.205	8.07	1	99.9
2.07-2.14	0.174	9.58	1	99.9
2.14-2.21	0.145	11.46	1	99.9
2.21-2.29	0.138	12.33	1	99.9
2.29-2.39	0.112	14.68	1	100
2.39-2.49	0.098	16.82	1	100
2.49-2.62	0.081	19.78	1	99.9
2.62-2.76	0.067	23.51	1	100
2.76-2.93	0.054	28.94	1	99.9
2.93-3.13	0.045	34.1	1	99.9
3.13-3.38	0.037	40.83	1	99.9
3.38-3.7	0.033	45.76	1	99.9
3.7-4.14	0.029	51.29	1	99.8
4.14-4.78	0.026	55.36	1	99.9
4.78-5.85	0.026	52.31	1	100
5.85-8.27	0.025	52.54	1	99.7
8.27-50	0.022	59.99	1	95.8

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
MOLREP		位相決定
PHENIX		精密化
PDB_EXTRACT	3.2	データ抽出
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5HSX

5hsx

解像度: 1.85→41.061 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 16.25

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1782	1973	2.85 %
R_work	0.1506	-	-
obs	0.1513	69143	99.87 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 95.04 Å² / B_iso mean: 24.0685 Å² / B_iso min: 4.39 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.85→41.061 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4302	0	84	697	5083
B_iso mean	-	-	50.8	33.82	-
残基数	-	-	-	-	551

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	4574
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.929	6235
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.061	701
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	803
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.182	2662

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.8499-1.8962	0.2402	129	0.1953	4729	4858	100
1.8962-1.9475	0.2171	173	0.1835	4688	4861	100
1.9475-2.0048	0.1965	132	0.1672	4754	4886	100
2.0048-2.0695	0.2057	148	0.1594	4753	4901	100
2.0695-2.1434	0.1946	133	0.1498	4731	4864	100
2.1434-2.2293	0.1976	145	0.1492	4769	4914	100
2.2293-2.3307	0.1842	149	0.1531	4732	4881	100
2.3307-2.4536	0.1884	148	0.155	4774	4922	100
2.4536-2.6073	0.1908	130	0.1543	4781	4911	100
2.6073-2.8085	0.1716	152	0.1492	4794	4946	100
2.8085-3.0911	0.1941	134	0.1468	4842	4976	100
3.0911-3.5382	0.1582	147	0.1405	4821	4968	100
3.5382-4.4568	0.1539	128	0.1301	4905	5033	100
4.4568-41.0716	0.1568	125	0.1589	5097	5222	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.1508	0.511	-0.0464	0.7731	-0.2505	0.7184	0.0942	-0.3382	0.2145	0.1832	-0.1241	-0.1254	-0.2305	0.1038	0.017	0.2501	-0.0928	-0.0367	0.1615	0.0003	0.1856	23.8571	30.211	21.7379
2	1.2379	0.9617	-0.2123	1.5959	-0.3806	0.3017	-0.0205	-0.043	-0.0265	-0.0286	-0.0816	-0.1694	-0.0423	0.0306	0.1203	0.1111	-0.021	0.0134	0.1369	0.0342	0.1443	21.2306	16.5904	11.0548
3	0.775	0.6369	-0.0817	1.5848	-0.4886	0.3666	0.0452	-0.1249	-0.0091	-0.0111	-0.1433	-0.1242	-0.0421	0.0773	0.0641	0.1039	-0.0396	-0.0024	0.1712	0.0139	0.0953	12.0936	11.3073	19.3031
4	0.7737	0.4714	-0.0515	1.6288	-1.4812	1.5789	0.0261	-0.1912	-0.1395	-0.0176	-0.2678	-0.3157	0.0937	0.1069	0.2896	0.1486	-0.0519	-0.0091	0.2195	0.0477	0.1954	24.0453	13.4626	18.9552
5	2.139	0.9222	-0.2847	6.401	-2.9639	4.7936	-0.0383	0.3191	0.4492	0.0056	-0.134	-0.3601	-0.4653	0.2059	0.1243	0.1539	-0.0099	-0.0039	0.1399	0.0525	0.2463	11.6845	33.52	-4.8512
6	1.2035	-0.652	0.6924	2.1149	-0.4014	1.358	0.0128	0.0466	0.371	-0.0615	-0.0596	-0.0163	-0.146	-0.0357	0.027	0.1797	0.018	-0.0112	0.1228	0.0473	0.2365	-1.8685	39.3281	-6.703
7	1.2945	-1.9508	0.8518	3.9425	-1.1878	0.9967	-0.0598	-0.0189	0.0305	0.2106	0.0734	0.393	-0.1133	-0.1303	-0.0552	0.1316	0.0143	0.0238	0.159	-0.0087	0.1962	-10.5702	26.4041	4.1513
8	0.4446	-0.0469	0.2507	1.5433	0.1164	0.3611	0.054	0.011	0.0714	-0.1132	-0.1393	0.1392	-0.0319	-0.0238	0.0635	0.1283	0.0528	-0.0031	0.1266	-0.0095	0.1099	-4.2255	15.901	-4.6689
9	1.6736	-0.1548	0.6591	2.0164	0.0976	1.0245	0.0831	-0.1037	0.1478	0.0593	-0.124	0.049	-0.0279	-0.0793	0.0732	0.132	0.0233	0.0091	0.1034	0.0082	0.115	-2.7137	26.926	0.023
10	5.0178	-2.5945	-2.2624	8.1333	5.8097	8.5321	-0.0466	-0.4059	0.1699	0.0231	-0.0617	1.0219	-0.7256	-0.5147	0.1036	0.3591	0.0654	-0.0336	0.2828	0.0419	0.4347	-19.3867	22.298	-4.1274

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 10 through 90 )	A	10 - 90
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 91 through 141 )	A	91 - 141
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 142 through 273 )	A	142 - 273
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 274 through 315 )	A	274 - 315
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 10 through 26 )	B	10 - 26
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 27 through 80 )	B	27 - 80
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 81 through 118 )	B	81 - 118
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 119 through 240 )	B	119 - 240
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 241 through 298 )	B	241 - 298
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 299 through 315 )	B	299 - 315

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)