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- PDB-5kdq: Deoxyhemoglobin in Complex with an Aryloxyalkanoic acid -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5kdq
タイトルDeoxyhemoglobin in Complex with an Aryloxyalkanoic acid
要素(Hemoglobin subunit ...) x 2
キーワードOXYGEN TRANSPORT / Hemoglobin / sickle cell disease / allosteric effector / aryloxyalkanoic
機能・相同性
機能・相同性情報


nitric oxide transport / hemoglobin binding / hemoglobin alpha binding / haptoglobin binding / haptoglobin-hemoglobin complex / organic acid binding / renal absorption / hemoglobin complex / oxygen transport / Scavenging of heme from plasma ...nitric oxide transport / hemoglobin binding / hemoglobin alpha binding / haptoglobin binding / haptoglobin-hemoglobin complex / organic acid binding / renal absorption / hemoglobin complex / oxygen transport / Scavenging of heme from plasma / endocytic vesicle lumen / blood vessel diameter maintenance / hydrogen peroxide catabolic process / oxygen carrier activity / Late endosomal microautophagy / Heme signaling / carbon dioxide transport / response to hydrogen peroxide / Erythrocytes take up oxygen and release carbon dioxide / Erythrocytes take up carbon dioxide and release oxygen / Cytoprotection by HMOX1 / oxygen binding / regulation of blood pressure / platelet aggregation / Chaperone Mediated Autophagy / peroxidase activity / positive regulation of nitric oxide biosynthetic process / tertiary granule lumen / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / ficolin-1-rich granule lumen / blood microparticle / iron ion binding / heme binding / Neutrophil degranulation / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / membrane / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Hemoglobin, pi / Hemoglobin, alpha-type / Hemoglobin, beta-type / Globin/Protoglobin / Globins / Globin domain profile. / Globin-like / Globin / Globin / Globin-like superfamily ...Hemoglobin, pi / Hemoglobin, alpha-type / Hemoglobin, beta-type / Globin/Protoglobin / Globins / Globin domain profile. / Globin-like / Globin / Globin / Globin-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Chem-KOH / PHOSPHATE ION / Hemoglobin subunit beta / Hemoglobin subunit alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / フーリエ合成 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Ahmed, M.H. / Omar, A.M. / Safo, M.K.
資金援助 サウジアラビア, 米国, 4件
組織認可番号国
MAARIFAHBIO1253-03-10 サウジアラビア
National Institutes of Health/National Institute on Minority Health and Health Disparities (NIH/NIMHD)MD009124 米国
National Institutes of Health/National Heart, Lung, and Blood Institute (NIH/NHLBI)K01HL103186 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)CA16059 米国
引用ジャーナル: Molecules / 年: 2016
タイトル: Aryloxyalkanoic Acids as Non-Covalent Modifiers of the Allosteric Properties of Hemoglobin.
著者: Omar, A.M. / Mahran, M.A. / Ghatge, M.S. / Bamane, F.H. / Ahmed, M.H. / El-Araby, M.E. / Abdulmalik, O. / Safo, M.K.
履歴
登録2016年6月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年6月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年8月31日Group: Database references
改定 1.22017年9月20日Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32019年12月4日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hemoglobin subunit alpha
B: Hemoglobin subunit beta
C: Hemoglobin subunit alpha
D: Hemoglobin subunit beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,00411
ポリマ－62,0814
非ポリマー2,9237
水6,666370
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12040 Å2
ΔGint-114 kcal/mol
Surface area23060 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.222, 80.830, 53.397
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 80.77, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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Hemoglobin subunit ... , 2種, 4分子 ACBD

#1: タンパク質 Hemoglobin subunit alpha / Alpha-globin / Hemoglobin alpha chain


分子量: 15150.353 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HBA1, HBA2 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P69905
#2: タンパク質 Hemoglobin subunit beta / Beta-globin / Hemoglobin beta chain


分子量: 15890.198 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HBB / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P68871

-
非ポリマー , 4種, 377分子

#3: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#4: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#5: 化合物 ChemComp-KOH / 3-[2-chloranyl-4-(1~{H}-imidazol-2-yl)phenoxy]propanoic acid / 3-[2-クロロ-4-(1H-イミダゾ-ル-2-イル)フェノキシ]プロパン酸


分子量: 266.680 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H11ClN2O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 370 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.39 %
結晶化温度: 298 K / 手法: liquid diffusion / pH: 6.5
詳細: 3.2 M Sulfate/phosphate precipitant, pH 6.8, LIQUID DIFFUSION

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: Cu FINE FOCUS / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2016年5月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→29.64 Å / Num. obs: 27383 / % possible obs: 96.2 % / 冗長度: 6.75 % / Rmerge(I) obs: 0.064 / Net I/σ(I): 21
反射 シェル解像度: 2.15→2.23 Å / 冗長度: 6.73 % / Rmerge(I) obs: 0.146 / Mean I/σ(I) obs: 8.4 / % possible all: 94.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.6.4_486精密化
d*TREKデータ削減
d*TREKデータスケーリング
PHENIX1.6.4_486位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: 2DN2

2dn2


解像度: 2.15→29.64 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 27.55
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2571 1389 5.08 %0.05
Rwork0.1924 ---
obs0.1957 27358 96.08 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.72 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / Bsol: 43.074 Å2 / ksol: 0.35 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--6.4449 Å20 Å2-2.8152 Å2
2--10.4925 Å20 Å2
3----4.0476 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.15→29.64 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4384 0 200 370 4954
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0074731
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2846491
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.2351606
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.065700
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005809
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.15-2.22680.35691360.24732521X-RAY DIFFRACTION94
2.2268-2.3160.34471300.23682550X-RAY DIFFRACTION94
2.316-2.42130.30561560.22852525X-RAY DIFFRACTION95
2.4213-2.54890.31211190.2122573X-RAY DIFFRACTION95
2.5489-2.70850.28251240.21642590X-RAY DIFFRACTION96
2.7085-2.91750.31511200.20982621X-RAY DIFFRACTION96
2.9175-3.21080.26931380.21072597X-RAY DIFFRACTION97
3.2108-3.67460.23641530.18462642X-RAY DIFFRACTION97
3.6746-4.62680.19531610.15412639X-RAY DIFFRACTION98
4.6268-29.64280.23821520.17382711X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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