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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5kd6 | ||||||||||||
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タイトル | Crystal structure of the aromatic prenyltransferase AtaPT from Aspergillus terreus A8-4 in complex with dimethylallyl S-thiolodiphosphate and (-)-butyrolactone II | ||||||||||||
![]() | aromatic prenyltransferase | ||||||||||||
![]() | TRANSFERASE / substrate promiscuity / ABBA fold | ||||||||||||
機能・相同性 | Aromatic prenyltransferase DMATS-type, fungi / Aromatic prenyltransferase, DMATS-type / Tryptophan dimethylallyltransferase / Aromatic prenyltransferase / transferase activity, transferring alkyl or aryl (other than methyl) groups / alkaloid metabolic process / DIMETHYLALLYL S-THIOLODIPHOSPHATE / Chem-LBU / Aromatic prenyltransferase![]() | ||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||
![]() | Sun, F. / Gao, B. | ||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Molecular insights into the enzyme promiscuity of an aromatic prenyltransferase. 著者: Chen, R. / Gao, B. / Liu, X. / Ruan, F. / Zhang, Y. / Lou, J. / Feng, K. / Wunsch, C. / Li, S.M. / Dai, J. / Sun, F. | ||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 187 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 146.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper:
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 46895.770 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-LBU / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 由来についての詳細 | The sequence database ID is Gene Bank accession number of KP893683. The residues 6-10 are expression tags. | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.63 % |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: 25 mM Bis-Tris pH 6.0, 0.2 M (NH4)2SO4, 17% PEG 3350, 3.3% DDM |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年3月7日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.99999 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.84→134.14 Å / Num. all: 77116 / Num. obs: 77116 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 4.6 % / Rpim(I) all: 0.04 / Rrim(I) all: 0.088 / Rsym value: 0.077 / Net I/av σ(I): 5.651 / Net I/σ(I): 12.3 / Num. measured all: 355651 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 5KCG 解像度: 1.84→45.219 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.931 / SU B: 2.957 / SU ML: 0.091 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.133 / ESU R Free: 0.132 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 26.32 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.84→45.219 Å
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拘束条件 |
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