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- PDB-5kd0: Crystal structure of the aromatic prenyltransferase AtaPT(E91A) m... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5kd0
タイトルCrystal structure of the aromatic prenyltransferase AtaPT(E91A) mutant from Aspergillus terreus A8-4 in complex with geranyl S-thiolodiphosphate and (+)-butyrolactone II
要素aromatic prenyltransferase
キーワードTRANSFERASE / substrate promiscuity / ABBA fold
機能・相同性Aromatic prenyltransferase DMATS-type, fungi / Aromatic prenyltransferase, DMATS-type / Tryptophan dimethylallyltransferase / Aromatic prenyltransferase / transferase activity, transferring alkyl or aryl (other than methyl) groups / alkaloid metabolic process / GERANYL S-THIOLODIPHOSPHATE / Chem-XBU / Aromatic prenyltransferase
機能・相同性情報
生物種Aspergillus terreus (カビ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.82 Å
データ登録者Sun, F. / Gao, B.
資金援助 中国, 3件
組織認可番号国
Chinese Academy of SciencesXDB08030202 中国
Ministry of Science and Technology of China2014CB910700 中国
National Natural Science Foundation of China81302667 中国
引用ジャーナル: Nat. Chem. Biol. / 年: 2017
タイトル: Molecular insights into the enzyme promiscuity of an aromatic prenyltransferase.
著者: Chen, R. / Gao, B. / Liu, X. / Ruan, F. / Zhang, Y. / Lou, J. / Feng, K. / Wunsch, C. / Li, S.M. / Dai, J. / Sun, F.
履歴
登録2016年6月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年12月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年7月5日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.32024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: aromatic prenyltransferase
B: aromatic prenyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,0385
ポリマ－93,0212
非ポリマー1,0173
水1629
1
A: aromatic prenyltransferase
B: aromatic prenyltransferase
ヘテロ分子

A: aromatic prenyltransferase
B: aromatic prenyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)188,07510
ポリマ－186,0414
非ポリマー2,0346
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_755-x+2,-y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)96.690, 139.240, 68.800
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ARG / Beg label comp-ID: ARG / End auth comp-ID: VAL / End label comp-ID: VAL / Refine code: 1 / Auth seq-ID: 11 - 421 / Label seq-ID: 6 - 416

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(-0.410496, -0.911852, 0.004423), (-0.911833, 0.410517, 0.006001), (-0.007288, -0.001569, -0.999972)136.298431, 87.974327, 94.421692

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要素

#1: タンパク質 aromatic prenyltransferase


分子量: 46510.324 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aspergillus terreus (カビ) / 株: A8-4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1B0UHJ4*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-XBU / methyl (2~{R})-3-(4-hydroxyphenyl)-2-[(4-hydroxyphenyl)methyl]-4-oxidanyl-5-oxidanylidene-furan-2-carboxylate / (R)-4-ヒドロキシ-3-(4-ヒドロキシフェニル)-2-[(4-ヒドロキシフェニル)メチル]-5-オキソ-2,5-(以下略)


分子量: 356.326 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H16O7
#3: 化合物 ChemComp-GST / GERANYL S-THIOLODIPHOSPHATE / S-[(2E)-3,7-DIMETHYLOCTA-2,6-DIENYL] TRIHYDROGEN THIODIPHOSPHATE / (2E)-3,7-ジメチル-2,6-オクタジエン-1-チオ-ル二りん酸


分子量: 330.275 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H20O6P2S
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.03 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 25 mM Bis-Tris pH 6.0, 0.2 M (NH4)2SO4, 17% PEG3350, 3.3% DDM

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.97892 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年12月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97892 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.82→139.24 Å / Num. all: 22776 / Num. obs: 22776 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 8.1 % / Rpim(I) all: 0.034 / Rrim(I) all: 0.099 / Rsym value: 0.093 / Net I/av σ(I): 7.014 / Net I/σ(I): 15.8 / Num. measured all: 184329
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsDiffraction-ID% possible all
2.82-2.977.70.3812198.4
2.97-3.157.80.272.8198.5
3.15-3.377.70.1784.3198.3
3.37-3.647.80.1295.8198.2
3.64-3.997.80.1066.8198.3
3.99-4.467.90.0768.9199.5
4.46-5.158.30.0847.6199.6
5.15-6.318.70.0698.9199.9
6.31-8.9210.20.03418.31100
8.92-56.0579.30.03215.6199.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0073精密化
SCALA3.3.21データスケーリング
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5KCG

5kcg


解像度: 2.82→139.24 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.921 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.866 / SU B: 16.001 / SU ML: 0.31 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.419 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26791 1144 5 %RANDOM
Rwork0.20494 ---
obs0.20809 21593 98.5 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 41.605 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.09 Å20 Å20 Å2
2---0 Å20 Å2
3----0.08 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.82→139.24 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6293 0 64 9 6366
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.026517
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.010.026260
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9031.9868869
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg2.2013.00214413
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0815791
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.54523.863277
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.181151079
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.4061535
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.090.2992
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0217238
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0070.021461
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.3924.0093176
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.3924.0093175
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.8686.0113963
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.8686.0123964
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.5184.3123341
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.5184.3133342
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.2186.3424907
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined6.4132.3237340
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other6.4132.3267341
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS数: 3686 / タイプ: tight thermal / Rms dev position: 4.89 Å / Weight position: 0.5
LS精密化 シェル解像度: 2.82→2.893 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.363 80 -
Rwork0.3 1570 -
obs--97.81 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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