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- PDB-5kc6: Crystal structure of Cbln1 (Val55-Gly58 deletion mutant) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5kc6
タイトルCrystal structure of Cbln1 (Val55-Gly58 deletion mutant)
要素Cerebellin-1
キーワードSIGNALING PROTEIN / Cerebellin / neurotransmission
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of inhibitory synapse assembly / cerebellar granule cell differentiation / positive regulation of long-term synaptic depression / maintenance of synapse structure / regulation of postsynaptic density assembly / negative regulation of excitatory postsynaptic potential / positive regulation of synapse assembly / parallel fiber to Purkinje cell synapse / heterophilic cell-cell adhesion via plasma membrane cell adhesion molecules / regulation of presynapse assembly ...negative regulation of inhibitory synapse assembly / cerebellar granule cell differentiation / positive regulation of long-term synaptic depression / maintenance of synapse structure / regulation of postsynaptic density assembly / negative regulation of excitatory postsynaptic potential / positive regulation of synapse assembly / parallel fiber to Purkinje cell synapse / heterophilic cell-cell adhesion via plasma membrane cell adhesion molecules / regulation of presynapse assembly / protein secretion / synaptic cleft / synapse assembly / establishment of localization in cell / synapse organization / nervous system development / chemical synaptic transmission / collagen-containing extracellular matrix / postsynaptic membrane / glutamatergic synapse / extracellular region / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
: / C1q domain / C1q domain / C1q domain profile. / Complement component C1q domain. / Jelly Rolls - #40 / Tumour necrosis factor-like domain superfamily / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.801 Å
データ登録者Elegheert, J. / Clay, J.E. / Aricescu, A.R.
引用ジャーナル: Science / 年: 2016
タイトル: Structural basis for integration of GluD receptors within synaptic organizer complexes.
著者: Elegheert, J. / Kakegawa, W. / Clay, J.E. / Shanks, N.F. / Behiels, E. / Matsuda, K. / Kohda, K. / Miura, E. / Rossmann, M. / Mitakidis, N. / Motohashi, J. / Chang, V.T. / Siebold, C. / ...著者: Elegheert, J. / Kakegawa, W. / Clay, J.E. / Shanks, N.F. / Behiels, E. / Matsuda, K. / Kohda, K. / Miura, E. / Rossmann, M. / Mitakidis, N. / Motohashi, J. / Chang, V.T. / Siebold, C. / Greger, I.H. / Nakagawa, T. / Yuzaki, M. / Aricescu, A.R.
履歴
登録2016年6月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年7月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年8月3日Group: Structure summary
改定 1.22019年12月18日Group: Derived calculations
カテゴリ: pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen ...pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_struct_assembly.details / _pdbx_struct_assembly.method_details ..._pdbx_struct_assembly.details / _pdbx_struct_assembly.method_details / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details
改定 1.32020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_role
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.52024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cerebellin-1
B: Cerebellin-1
C: Cerebellin-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,9816
ポリマ－59,3173
非ポリマー6643
水00
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5650 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area17460 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)79.580, 170.450, 116.430
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
対称性点対称性: (シェーンフリース記号: C2 (2回回転対称))

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要素

#1: タンパク質 Cerebellin-1 / Precerebellin


分子量: 19772.318 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CBLN1 / プラスミド: pHLsec / 細胞株 (発現宿主): HEK293S / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P23435
#2: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.04 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 15% (v/v) glycerol, 8.5% (v/v) isopropanol, 17% (w/v) polyethylene glycol 4000, 0.085 M Na.HEPES pH 7.5 and 0.02 M sodium bromide

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年11月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→85.22 Å / Num. obs: 14603 / % possible obs: 73.4 % / 冗長度: 6.5 % / Biso Wilson estimate: 54.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.056 / Net I/σ(I): 21.7
反射 シェル解像度: 2.8→3.02 Å / 冗長度: 6.1 % / Rmerge(I) obs: 0.425 / Mean I/σ(I) obs: 5.6 / % possible all: 19

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXdev_1772精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5KC5

5kc5


解像度: 2.801→68.77 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 22.64 / 立体化学のターゲット値: Maximum Likelihood
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2267 708 4.86 %
Rwork0.1883 --
obs0.1901 14561 73.17 %
溶媒の処理減衰半径: 1 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 59.1 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.801→68.77 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3314 0 42 0 3356
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0033451
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7224666
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.2021244
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.031507
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.002600
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.8005-3.01670.222480.23871011X-RAY DIFFRACTION27
3.0167-3.32030.27971070.24222075X-RAY DIFFRACTION55
3.3203-3.80080.25391760.2193082X-RAY DIFFRACTION83
3.8008-4.78840.20361850.16313760X-RAY DIFFRACTION99
4.7884-68.79080.21871920.17983925X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.8648-0.38740.08272.2085-0.04222.9376-0.1598-0.7242-0.42120.07630.07420.25060.0351-0.43440.0850.2536-0.05570.04160.44910.07360.326670.090134.211516.3107
24.42450.6674-0.23552.53690.56823.1198-0.1842-0.457-0.0292-0.08350.1518-0.0626-0.18880.18640.03430.26070.0545-0.02950.29860.04790.190892.635139.210311.1711
33.5721-1.0460.32162.3326-0.03252.5196-0.04160.43110.095-0.11730.1785-0.18030.0648-0.1133-0.10280.2745-0.02420.00280.292-0.0550.242476.901840.0466-5.2777
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resseq 59:195)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain B and resseq 59:202)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain C and resseq 59:194)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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