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万見
- PDB-5kbz: Structure of the PksA Product Template domain in complex with a p... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5kbz
タイトルStructure of the PksA Product Template domain in complex with a phosphopantetheine mimetic
要素Noranthrone synthase
キーワードTRANSCRIPTION / Aflatoxin / Polyketide Synthase / Polyketide / Product Template / Dehydratase / Double Hot Dog Fold / Cyclase
機能・相同性
機能・相同性情報


noranthrone synthase / aflatoxin biosynthetic process / norsolorinate anthrone synthase activity / fatty acid synthase activity / phosphopantetheine binding / fatty acid biosynthetic process / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Polyketide product template domain / Polyketide synthase dehydratase / Starter unit:ACP transacylase / Starter unit:ACP transacylase in aflatoxin biosynthesis / : / : / Polyketide and metazoan fatty acid synthase dehydratase (PKS/mFAS DH) domain profile. / Thioesterase / Thioesterase domain / Polyketide synthase dehydratase N-terminal domain ...Polyketide product template domain / Polyketide synthase dehydratase / Starter unit:ACP transacylase / Starter unit:ACP transacylase in aflatoxin biosynthesis / : / : / Polyketide and metazoan fatty acid synthase dehydratase (PKS/mFAS DH) domain profile. / Thioesterase / Thioesterase domain / Polyketide synthase dehydratase N-terminal domain / Polyketide synthase, dehydratase domain superfamily / Thiol Ester Dehydrase; Chain A / Malonyl-CoA ACP transacylase, ACP-binding / Acyl transferase domain superfamily / Acyl transferase / Acyl transferase domain / Acyl transferase domain in polyketide synthase (PKS) enzymes. / Acyl transferase/acyl hydrolase/lysophospholipase / Ketosynthase family 3 (KS3) domain profile. / Polyketide synthase, phosphopantetheine-binding domain / Phosphopantetheine attachment site / Beta-ketoacyl synthase / Polyketide synthase, beta-ketoacyl synthase domain / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal domain / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal domain / Thiolase-like / Phosphopantetheine attachment site / ACP-like superfamily / Carrier protein (CP) domain profile. / Phosphopantetheine binding ACP domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-3B2 / Norsolorinic acid synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Aspergillus parasiticus (カビ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.803 Å
データ登録者Tsai, S.C. / Burkart, M.D. / Townsend, C.A. / Barajas, J.F. / Shakya, G. / Topper, C.L. / Moreno, G. / Jackson, D.R. / Rivera, H. / La Clair, J.J. / Vagstad, A.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM 100738-02 米国
引用ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2017
タイトル: Polyketide mimetics yield structural and mechanistic insights into product template domain function in nonreducing polyketide synthases.
著者: Barajas, J.F. / Shakya, G. / Moreno, G. / Rivera, H. / Jackson, D.R. / Topper, C.L. / Vagstad, A.L. / La Clair, J.J. / Townsend, C.A. / Burkart, M.D. / Tsai, S.C.
履歴
登録2016年6月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年5月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年5月24日Group: Database references
改定 1.22017年6月7日Group: Database references
改定 1.32017年9月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42019年12月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Noranthrone synthase
B: Noranthrone synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,3684
ポリマ－83,0922
非ポリマー1,2752
水11,530640
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1930 Å2
ΔGint-3 kcal/mol
Surface area26670 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)89.374, 90.530, 90.836
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Noranthrone synthase / Aflatoxin biosynthesis polyketide synthase / PKS / Aflatoxin biosynthesis protein C / Polyketide synthase A


分子量: 41546.090 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 1305-1660 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Electron density for certain residues was not observed and therefore omitted from the model.
由来: (組換発現) Aspergillus parasiticus (カビ) / 遺伝子: pksL1, aflC, pksA / プラスミド: pET28b
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: Q12053, noranthrone synthase
#2: 化合物 ChemComp-3B2 / (14R)-14-hydroxy-15,15-dimethyl-1-[5-({[(5-methyl-1,2-oxazol-3-yl)methyl]sulfanyl}methyl)-1,2-oxazol-3-yl]-4,9,13-trioxo-2-thia-5,8,12-triazahexadecan-16-yl dihydrogen phosphate


分子量: 637.663 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H36N5O10PS2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 640 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.02 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.22M Ammonium Acetate, 22% PEG 3,350 pH 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 0.99997 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2013年1月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99997 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.74→50 Å / Num. obs: 68415 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.097 / Net I/σ(I): 19.2
反射 シェル解像度: 1.74→1.86 Å / Rmerge(I) obs: 0.451 / CC1/2: 0.902 / Rpim(I) all: 0.22

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
HKL-2000データスケーリング
HKL-2000データ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3HRR

3hrr


解像度: 1.803→45.418 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 20.88 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2189 2018 2.95 %
Rwork0.1899 --
obs0.1908 68327 99.64 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.803→45.418 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4923 0 82 640 5645
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0075098
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8856900
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.0993056
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.053779
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005882
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.803-1.84810.28641410.25054473X-RAY DIFFRACTION95
1.8481-1.8980.24291420.20954674X-RAY DIFFRACTION100
1.898-1.95390.20131420.20764684X-RAY DIFFRACTION100
1.9539-2.0170.25911450.19144719X-RAY DIFFRACTION100
2.017-2.0890.21791430.1984718X-RAY DIFFRACTION100
2.089-2.17270.25891440.19044703X-RAY DIFFRACTION100
2.1727-2.27160.24541450.19524719X-RAY DIFFRACTION100
2.2716-2.39130.21341450.1934712X-RAY DIFFRACTION100
2.3913-2.54110.21131410.19754734X-RAY DIFFRACTION100
2.5411-2.73730.23311420.19424752X-RAY DIFFRACTION100
2.7373-3.01270.2391360.20164771X-RAY DIFFRACTION100
3.0127-3.44850.22281500.19294800X-RAY DIFFRACTION100
3.4485-4.34430.18731440.16774833X-RAY DIFFRACTION100
4.3443-45.43240.19731580.17975017X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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