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万見
- PDB-5kb2: Crystal Structure of a Tris-thiolate Zn(II)S3O Complex in a de No... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5kb2
タイトルCrystal Structure of a Tris-thiolate Zn(II)S3O Complex in a de Novo Three-stranded Coiled Coil Peptide
要素Zn(II)(H2O)(GRAND Coil Ser-L12AL16C)3-
キーワードDE NOVO PROTEIN / Three-stranded Coiled Coil Tris-thiolate Zn(II)S3O in de Novo Helical Coiled Coil Structure / De Novo Designed Peptide
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.89 Å
データ登録者Ruckthong, L. / Zastrow, M.L. / Stuckey, J.A. / Pecoraro, V.L.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Environmental Health Sciences (NIH/NIEHS)ES012236 米国
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2016
タイトル: A Crystallographic Examination of Predisposition versus Preorganization in de Novo Designed Metalloproteins.
著者: Ruckthong, L. / Zastrow, M.L. / Stuckey, J.A. / Pecoraro, V.L.
履歴
登録2016年6月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年8月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年9月21日Group: Database references
改定 1.22017年9月27日Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32019年12月18日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42024年3月6日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Zn(II)(H2O)(GRAND Coil Ser-L12AL16C)3-
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,2043
ポリマ－4,0731
非ポリマー1312
水63135
1
A: Zn(II)(H2O)(GRAND Coil Ser-L12AL16C)3-
ヘテロ分子

A: Zn(II)(H2O)(GRAND Coil Ser-L12AL16C)3-
ヘテロ分子

A: Zn(II)(H2O)(GRAND Coil Ser-L12AL16C)3-
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,6119
ポリマ－12,2183
非ポリマー3926
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_545-y,x-y-1,z1
crystal symmetry operation3_655-x+y+1,-x,z1
Buried area4610 Å2
ΔGint-174 kcal/mol
Surface area7360 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)37.853, 37.853, 141.072
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number155
Space group name H-MH32
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-102-

ZN

21A-218-

HOH

31A-219-

HOH

41A-230-

HOH

51A-235-

HOH

-
要素

#1: タンパク質・ペプチド Zn(II)(H2O)(GRAND Coil Ser-L12AL16C)3-


分子量: 4072.720 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 35 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.49 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: HEPES buffer pH 7.5, 1,2 propanediol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年2月11日
放射モノクロメーター: C(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.89→50 Å / Num. obs: 3346 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 6.9 % / Biso Wilson estimate: 33.11 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.051 / Net I/av σ(I): 32.416 / Net I/σ(I): 11.6
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsDiffraction-ID% possible all
1.89-1.927.10.3371100
1.92-1.9670.3341100
1.96-27.30.2371100
2-2.0470.2451100
2.04-2.0870.1981100
2.08-2.137.10.1591100
2.13-2.1870.1361100
2.18-2.247.10.111100
2.24-2.3170.1041100
2.31-2.387.10.0831100
2.38-2.477.20.0771100
2.47-2.576.90.0731100
2.57-2.6870.0721100
2.68-2.8270.0731100
2.82-36.80.0621100
3-3.236.80.05199.4
3.23-3.566.60.043198.2
3.56-4.076.60.0381100
4.07-5.136.50.0391100
5.13-505.70.04195.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
HKL-2000データスケーリング
PHENIX1.10_2155精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
HKL-2000データ削減
PHENIX位相決定
精密化解像度: 1.89→24.011 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.4 / 位相誤差: 17.41
Rfactor反射数%反射
Rfree0.224 161 4.82 %
Rwork0.2058 --
obs0.2069 3341 99.52 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 101.57 Å2 / Biso mean: 46.7291 Å2 / Biso min: 23.12 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.89→24.011 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数284 0 2 35 321
Biso mean--33.31 42.52 -
残基数----36
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01297
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.971398
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.03444
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00650
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.042195
LS精密化 シェル解像度: 1.8903→24.013 Å / Total num. of bins used: 1
Rfactor反射数%反射
Rfree0.224 161 -
Rwork0.2058 3180 -
all-3341 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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