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- PDB-5kaw: The structure of SAV2435 bound to TETRAPHENYLPHOSPHONIUM and RHOD... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5kaw
タイトルThe structure of SAV2435 bound to TETRAPHENYLPHOSPHONIUM and RHODAMINE 6G
要素SA2223 protein
キーワードUNKNOWN FUNCTION / GyrI-like domatin / multi-drug recognition
機能・相同性
機能・相同性情報


: / Integron-associated effector binding protein / Integron-associated effector binding protein / Bacterial transcription activator, effector binding / Bacterial transcription activator, effector binding domain / GyrI-like small molecule binding domain / Multidrug-efflux Transporter 1 Regulator Bmrr; Chain A / Regulatory factor, effector binding domain / Regulatory factor, effector binding domain superfamily / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
TETRAPHENYLPHOSPHONIUM / RHODAMINE 6G / SA2223 protein
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / 解像度: 1.86 Å
データ登録者Moreno, A. / Wade, H.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)MCB-0953430 米国
Arnold and Mabel Beckman Young Investigator Award 米国
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2016
タイトル: Solution Binding and Structural Analyses Reveal Potential Multidrug Resistance Functions for SAV2435 and CTR107 and Other GyrI-like Proteins.
著者: Moreno, A. / Froehlig, J.R. / Bachas, S. / Gunio, D. / Alexander, T. / Vanya, A. / Wade, H.
履歴
登録2016年6月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年8月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年9月7日Group: Database references
改定 1.22019年11月27日Group: Author supporting evidence / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SA2223 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,0849
ポリマ－18,7481
非ポリマー1,3368
水1,71195
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2910 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area8970 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.724, 73.724, 65.891
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 SA2223 protein


分子量: 18748.146 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (strain N315) (黄色ブドウ球菌)
株: N315 / 遺伝子: SA2223 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0H3JRN6
#2: 化合物 ChemComp-RHQ / RHODAMINE 6G


分子量: 443.557 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C28H31N2O3
#3: 化合物 ChemComp-P4P / TETRAPHENYLPHOSPHONIUM / テトラフェニルホスホニウム


分子量: 339.389 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H20P
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 95 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.49 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 2.4 M ammonium sulfate, 0.1 M Tris pH 8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E SUPERBRIGHT / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2015年2月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.86→36.86 Å / Num. obs: 15185 / % possible obs: 96.28 % / 冗長度: 11.6 % / Net I/σ(I): 19.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化解像度: 1.86→36.86 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 20.59
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1938 742 4.89 %
Rwork0.1652 --
obs0.1667 15181 96.27 %
溶媒の処理減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.86→36.86 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1300 0 94 95 1489
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0051438
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9781943
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.24506
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.037197
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003242
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8611-2.00480.29211300.26682373X-RAY DIFFRACTION82
2.0048-2.20650.23021520.17612930X-RAY DIFFRACTION99
2.2065-2.52570.21771490.15822967X-RAY DIFFRACTION100
2.5257-3.18190.19841600.15772998X-RAY DIFFRACTION100
3.1819-36.86920.15611510.15283171X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.84390.1073-0.53140.6455-0.69563.2918-0.0907-0.23630.1422-0.09920.10680.075-0.3356-0.19520.10670.1872-0.00070.00540.2274-0.04050.1714-8.6036-19.4213-12.723
23.7530.9579-0.91821.6832-0.51632.0597-0.0787-0.05150.10490.05330.07230.0308-0.06150.1377-0.01770.0817-0.002-0.01290.1201-0.00060.11470.9058-19.5907-12.6733
34.53134.36070.39835.08611.76283.05820.0757-0.4707-1.04480.1340.084-0.72970.41670.3918-0.21210.19770.01480.03340.19590.04220.26410.2806-31.5886-11.0242
41.88550.0968-0.65711.1301-0.37061.7926-0.05380.37310.1613-0.06720.05840.1845-0.2547-0.35610.01220.16430.0186-0.0270.22090.03080.1685-14.9044-14.1514-18.2504
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 26 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 27 through 76 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 77 through 93 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 94 through 165 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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