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- PDB-5k9d: Crystal structure of human dihydroorotate dehydrogenase at 1.7 A ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5k9d
タイトルCrystal structure of human dihydroorotate dehydrogenase at 1.7 A resolution
要素Dihydroorotate dehydrogenase (quinone), mitochondrial
キーワードOXIDOREDUCTASE / alpha/beta barrel
機能・相同性
機能・相同性情報


pyrimidine ribonucleotide biosynthetic process / dihydroorotate dehydrogenase (quinone) / dihydroorotate dehydrogenase (quinone) activity / dihydroorotate dehydrogenase activity / dihydroorotase activity / Pyrimidine biosynthesis / UDP biosynthetic process / 'de novo' UMP biosynthetic process / 'de novo' pyrimidine nucleobase biosynthetic process / mitochondrial inner membrane ...pyrimidine ribonucleotide biosynthetic process / dihydroorotate dehydrogenase (quinone) / dihydroorotate dehydrogenase (quinone) activity / dihydroorotate dehydrogenase activity / dihydroorotase activity / Pyrimidine biosynthesis / UDP biosynthetic process / 'de novo' UMP biosynthetic process / 'de novo' pyrimidine nucleobase biosynthetic process / mitochondrial inner membrane / mitochondrion / nucleoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Dihydroorotate dehydrogenase, class 2 / Dihydroorotate dehydrogenase signature 1. / Dihydroorotate dehydrogenase signature 2. / Dihydroorotate dehydrogenase, conserved site / : / Dihydroorotate dehydrogenase domain / Dihydroorotate dehydrogenase / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel ...Dihydroorotate dehydrogenase, class 2 / Dihydroorotate dehydrogenase signature 1. / Dihydroorotate dehydrogenase signature 2. / Dihydroorotate dehydrogenase, conserved site / : / Dihydroorotate dehydrogenase domain / Dihydroorotate dehydrogenase / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / DODECYL NONA ETHYLENE GLYCOL ETHER / Chem-FNR / OROTIC ACID / Dihydroorotate dehydrogenase (quinone), mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Lewis, T.A. / Sykes, D.B. / Law, J.M. / Munoz, B. / Scadden, D.T. / Rustiguel, J.K. / Nonato, M.C. / Schreiber, S.L.
引用ジャーナル: ACS Med Chem Lett / 年: 2016
タイトル: Development of ML390: A Human DHODH Inhibitor That Induces Differentiation in Acute Myeloid Leukemia.
著者: Lewis, T.A. / Sykes, D.B. / Law, J.M. / Munoz, B. / Rustiguel, J.K. / Nonato, M.C. / Scadden, D.T. / Schreiber, S.L.
履歴
登録2016年5月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年10月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年1月4日Group: Database references
改定 1.22023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dihydroorotate dehydrogenase (quinone), mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,70913
ポリマ－39,9441
非ポリマー1,76512
水7,116395
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)90.140, 90.140, 122.152
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-895-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Dihydroorotate dehydrogenase (quinone), mitochondrial / DHOdehase / Dihydroorotate oxidase


分子量: 39943.613 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 29-395 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DHODH / プラスミド: pET28a / 詳細 (発現宿主): pET28a modified vector / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta(DE3)
参照: UniProt: Q02127, dihydroorotate dehydrogenase (quinone)

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非ポリマー , 8種, 407分子

#2: 化合物 ChemComp-FNR / 1-DEOXY-1-(7,8-DIMETHYL-2,4-DIOXO-3,4-DIHYDRO-2H-BENZO[G]PTERIDIN-1-ID-10(5H)-YL)-5-O-PHOSPHONATO-D-RIBITOL / TWO ELECTRON REDUCED FLAVIN MONONUCLEOTIDE


分子量: 458.360 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H23N4O9P
#3: 化合物 ChemComp-ORO / OROTIC ACID


分子量: 156.096 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H4N2O4
#4: 化合物 ChemComp-CE9 / DODECYL NONA ETHYLENE GLYCOL ETHER / POLYDOCANOL / THESIT


分子量: 582.807 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C30H62O10
#5: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION


分子量: 59.044 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#7: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#8: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 395 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.5 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.8
詳細: 0.1 M sodium acetate trihydrate pH 4.8 1.8 M ammonium sulfate 30% (v/v) glycerol
PH範囲: 4.8

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: LNLS / ビームライン: W01B-MX2 / 波長: 1.45867 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年3月10日
放射モノクロメーター: Si(111) double-crystal monochromator and toroidal bendable mirror
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.45867 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→28.18 Å / Num. obs: 63435 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 14.3 % / Biso Wilson estimate: 12.56 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.108 / Rsym value: 0.108 / Net I/av σ(I): 4.864 / Net I/σ(I): 16.3
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsDiffraction-ID% possible all
1.7-1.795.40.4131.7198.1
1.79-1.910.40.342.11100
1.9-2.0312.10.2462.71100
2.03-2.1914.70.16741100
2.19-2.4180.1444.51100
2.4-2.6918.30.1254.81100
2.69-3.119.40.0966.11100
3.1-3.819.10.0816.81100
3.8-5.38190.0747.41100
5.38-26.56818.50.0767.4199.2

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation7.26 Å26.57 Å
Translation7.26 Å26.57 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
iMOSFLM7.2.1データ削減
SCALA3.3.22データスケーリング
PHASER2.6.0位相決定
PHENIX1.10.1_2155精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1D3G

1d3g


解像度: 1.7→26.568 Å / SU ML: 0.13 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 13.92
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1601 3122 4.93 %random selection
Rwork0.1363 ---
obs0.1375 63348 99.61 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 117.19 Å2 / Biso mean: 19.4203 Å2 / Biso min: 3.14 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.7→26.568 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2681 0 200 399 3280
Biso mean--28.04 33.15 -
残基数----359
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0092940
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0793998
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.07450
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008524
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.1661115
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 22

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.7-1.72660.23521210.22412533265494
1.7266-1.75490.22661300.20072683281399
1.7549-1.78510.23981740.178826582832100
1.7851-1.81760.17991850.16726802865100
1.8176-1.85250.16911500.149727222872100
1.8525-1.89030.15421240.147127102834100
1.8903-1.93140.20871510.16526982849100
1.9314-1.97640.13971310.136627432874100
1.9764-2.02580.14431180.12827462864100
2.0258-2.08050.15941380.140227442882100
2.0805-2.14170.13651590.12127432902100
2.1417-2.21080.14921250.11527142839100
2.2108-2.28980.13751280.125427412869100
2.2898-2.38140.14121340.111327522886100
2.3814-2.48970.15161530.114227412894100
2.4897-2.62090.12951430.115127632906100
2.6209-2.78490.14811320.120927512883100
2.7849-2.99970.13631420.122327702912100
2.9997-3.3010.15481650.127427692934100
3.301-3.77750.14891130.126628182931100
3.7775-4.75480.1511540.126428122966100
4.7548-26.57080.20341520.177329353087100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.1029-0.03230.08050.0187-0.05430.2071-0.06370.06810.04640.0003-0.0201-0.0159-0.04210.0439-0.03530.0594-0.0151-0.00650.08270.00510.06995.5374126.5194249.6849
20.0834-0.0540.06640.0981-0.02350.0670.0089-0.021-0.0115-0.0049-0.01-0.00770.0003-0.00120.03390.02040.0103-0.00940.0589-0.00010.039-4.9985117.8618256.5116
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 38 through 94 )A38 - 94
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 95 through 396 )A95 - 396

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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