PDB-5k99: Crystal structure of microcin immunity protein MccF from Bacillus...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5k99

タイトル

Crystal structure of microcin immunity protein MccF from Bacillus anthracis in complex with McC

要素

Microcin C
Microcin C7 self-immunity protein mccF

キーワード

HYDROLASE/ANTIBIOTIC / MccF / McC / Immunity protein / Microcin C / S66 hydrolase / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / HYDROLASE-ANTIBIOTIC complex

機能・相同性

機能・相同性情報

hydrolase activity / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacillus anthracis str. Sterne (炭疽菌)
synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Nocek, B. / Kulikovsky, A. / Severinov, K. / Dubiley, S. / Joachimiak, A. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of microcin immunity protein MccF from Bacillus anthracis in complex with McC
著者: Nocek, B. / Kulikovsky, A. / Severinov, K. / Dubiley, S. / Joachimiak, A. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

履歴

登録	2016年5月31日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年3月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年7月10日	Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: pdbx_molecule_features
改定 1.2	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.3	2023年11月15日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 2.0	2024年5月15日	Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Polymer sequence / Source and taxonomy / Structure summary カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / entity / entity_name_com / entity_poly / entity_poly_seq / entity_src_gen / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_entity_src_syn / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_mod_residue / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_symm_contact / struct_asym / struct_conn / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.group_PDB / _atom_site.label_alt_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.label_seq_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.pdbx_formal_charge / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.id / _entity_name_com.name / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_gene / _pdbx_entity_src_syn.ncbi_taxonomy_id / _pdbx_entity_src_syn.pdbx_end_seq_num / _pdbx_struct_assembly.details / _pdbx_struct_assembly.method_details / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _pdbx_validate_symm_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref.db_code / _struct_ref.pdbx_align_begin / _struct_ref.pdbx_db_accession / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.db_align_end / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end / _struct_ref_seq.pdbx_db_accession / _struct_ref_seq.seq_align_beg / _struct_ref_seq.seq_align_end

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5k99.cif.gz	419 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5k99.ent.gz	349.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5k99.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5k99_validation.pdf.gz	1023.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5k99_full_validation.pdf.gz	1 MB	表示
XML形式データ	5k99_validation.xml.gz	36.1 KB	表示
CIF形式データ	5k99_validation.cif.gz	56.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k9/5k99 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k9/5k99	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4jvoS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1ndy-d 4w87-1 3p82-d 5f5x-2 5k1u-d 5byw-1 3buv-1 4okz-3 5fip-4 3azr-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: CSGID-idp00038

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#215 - 2017年11月アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase) 類似性 (1) #129 - 2010年9月イソクエン酸脱水素酵素 (Isocitrate Dehydrogenase) 類似性 (1) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (1) #24 - 2001年12月グリコーゲンホスホリラーゼ (Glycogen Phosphorylase) 類似性 (1) #55 - 2004年7月 DNAリガーゼ (DNA Ligase) 類似性 (1) #57 - 2004年9月カタラーゼ (Catalase) 類似性 (1) #16 - 2001年4月アミノアシル転移RNA合成酵素 (Aminoacyl-tRNA Synthetases) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#215 - 2017年11月
アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase)
類似性 (1)
#129 - 2010年9月
イソクエン酸脱水素酵素 (Isocitrate Dehydrogenase)
類似性 (1)
#154 - 2012年10月
クエン酸回路 (Citric Acid Cycle)
類似性 (1)
#24 - 2001年12月
グリコーゲンホスホリラーゼ (Glycogen Phosphorylase)
類似性 (1)
#55 - 2004年7月
DNAリガーゼ (DNA Ligase)
類似性 (1)
#57 - 2004年9月
カタラーゼ (Catalase)
類似性 (1)
#16 - 2001年4月
アミノアシル転移RNA合成酵素 (Aminoacyl-tRNA Synthetases)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Microcin C7 self-immunity protein mccF

C: Microcin C

B: Microcin C7 self-immunity protein mccF

D: Microcin C

ヘテロ分子

79 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Microcin C7 self-immunity protein mccF

C: Microcin C

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
39.5 kDa, 2 ポリマー
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2

B: Microcin C7 self-immunity protein mccF

D: Microcin C

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
39.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	118.275, 118.275, 55.698
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	78
Space group name H-M	P4₃

#1: タンパク質	Microcin C7 self-immunity protein mccF / Microcin immunity protein MccF 分子量: 38398.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bacillus anthracis str. Sterne (炭疽菌) 遺伝子: mccF, BA_1949, BASH2_03908 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A348A2T3, UniProt: A0A6L8PEJ7*PLUS
#2: タンパク質・ペプチド	Microcin C 分子量: 763.844 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 化合物	ChemComp-AMP / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / AMP 分子量: 347.221 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₄N₅O₇P / コメント: AMP*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 967 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.53 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.46 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 0.1 M Succinic acid ph 7.0, 15% Peg 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9794 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年11月18日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.5→28.266 Å / Num. obs: 189029 / % possible obs: 96 % / 冗長度: 2.6 % / R_merge(I) obs: 0.032 / Net I/σ(I): 19

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10.1_2155: ???)	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4jvo

4jvo

解像度: 1.5→28.266 Å / SU ML: 0.11 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.01 / 位相誤差: 16.33 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1533	9518	5.04 %	0.132
R_work	0.132	-	-	-
obs	0.1331	189029	88.26 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.5→28.266 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5457	0	0	973	6430

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.011	5698
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.216	7765
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.034	3436
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.066	826
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	997

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.5004-1.5174	0.2047	200	0.1801	3561	X-RAY DIFFRACTION	46
1.5174-1.5353	0.2052	205	0.1722	3870	X-RAY DIFFRACTION	51
1.5353-1.554	0.1888	296	0.1739	4014	X-RAY DIFFRACTION	54
1.554-1.5737	0.2139	216	0.1779	4472	X-RAY DIFFRACTION	58
1.5737-1.5944	0.2043	229	0.1764	4718	X-RAY DIFFRACTION	61
1.5944-1.6162	0.2092	222	0.1708	4983	X-RAY DIFFRACTION	65
1.6162-1.6393	0.1877	297	0.1709	5383	X-RAY DIFFRACTION	70
1.6393-1.6638	0.2001	240	0.1694	5572	X-RAY DIFFRACTION	73
1.6638-1.6898	0.1846	296	0.1714	5810	X-RAY DIFFRACTION	75
1.6898-1.7175	0.1997	283	0.1698	5832	X-RAY DIFFRACTION	77
1.7175-1.7471	0.1732	310	0.1604	6086	X-RAY DIFFRACTION	78
1.7471-1.7789	0.1808	293	0.1637	6015	X-RAY DIFFRACTION	79
1.7789-1.8131	0.1726	315	0.1583	6125	X-RAY DIFFRACTION	80
1.8131-1.8501	0.1817	299	0.1541	6321	X-RAY DIFFRACTION	82
1.8501-1.8903	0.1805	329	0.1547	6249	X-RAY DIFFRACTION	82
1.8903-1.9342	0.149	313	0.1513	6390	X-RAY DIFFRACTION	83
1.9342-1.9826	0.1705	389	0.1435	6318	X-RAY DIFFRACTION	83
1.9826-2.0362	0.1743	427	0.1386	6279	X-RAY DIFFRACTION	84
2.0362-2.0961	0.1466	366	0.132	6479	X-RAY DIFFRACTION	85
2.0961-2.1637	0.1316	383	0.1295	6397	X-RAY DIFFRACTION	84
2.1637-2.241	0.1495	328	0.1226	6539	X-RAY DIFFRACTION	85
2.241-2.3307	0.1592	326	0.1164	6651	X-RAY DIFFRACTION	86
2.3307-2.4367	0.1486	366	0.1239	6587	X-RAY DIFFRACTION	86
2.4367-2.5651	0.1513	315	0.1282	6705	X-RAY DIFFRACTION	87
2.5651-2.7257	0.1365	352	0.1242	6737	X-RAY DIFFRACTION	88
2.7257-2.936	0.1559	395	0.1277	6792	X-RAY DIFFRACTION	89
2.936-3.2311	0.146	481	0.126	7061	X-RAY DIFFRACTION	94
3.2311-3.6977	0.1352	393	0.1173	7288	X-RAY DIFFRACTION	95
3.6977-4.6554	0.1211	348	0.1019	7371	X-RAY DIFFRACTION	95
4.6554-28.2706	0.1513	306	0.1307	6906	X-RAY DIFFRACTION	90

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.469	-0.1019	-0.18	0.2098	0.123	0.6667	0.1209	-0.0433	0.1997	0.0507	-0.0731	0.093	-0.1324	0.0253	-0.0566	0.1736	0.008	0.0301	0.1329	-0.0378	0.1893	-22.4915	62.1704	14.261
2	0.4714	0.1002	0.0513	0.6237	0.1447	0.3841	0.0361	-0.1441	0.2533	0.0987	-0.0915	0.2112	-0.1075	-0.0872	0.0359	0.1655	0.0124	0.039	0.1381	-0.0544	0.2124	-30.6445	59.3073	18.2432
3	0.5384	0.1427	0.0304	0.4564	0.0989	0.3423	0.0181	0.0281	0.1615	-0.0236	-0.018	0.1511	-0.114	-0.03	-0.0003	0.1558	0.0126	-0.0024	0.1065	-0.0037	0.1475	-24.3657	56.0041	6.5973
4	0.3699	0.0546	0.0359	0.2892	0.0384	0.3699	0.0706	-0.1158	0.1094	0.1187	-0.0747	0.027	-0.0402	0.0363	0.0064	0.1818	-0.0167	0.0136	0.1448	-0.0279	0.1278	-11.3767	58.2621	21.6632
5	0.7094	-0.0478	-0.1604	0.2194	0.1106	0.7107	0.0442	-0.2837	-0.0817	0.1712	-0.0398	0.0381	0.0269	0.0068	0.0049	0.1967	-0.0301	0.0075	0.1862	-0.0129	0.1114	-10.3999	46.9557	29.4484
6	0.498	0.124	0.1121	0.5551	0.2066	0.2166	0.0203	0.0191	-0	0.0195	-0.0037	-0.0176	-0.0323	0.0198	-0.0107	0.1197	0.0018	-0.0065	0.1073	-0.0092	0.098	-8.786	43.2409	9.572
7	2.4752	-1.1301	-0.0419	1.2655	0.3937	0.7728	0.071	-0.0119	0.1571	-0.0471	0.0074	-0.0383	-0.1565	0.0582	-0.0118	0.1681	-0.0115	0.0034	0.1193	0.0035	0.1167	-2.5549	59.9248	10.8236
8	1.07	0.4186	0.2152	1.0811	0.862	1.3491	-0.0393	0.1281	-0.0796	-0.0392	0.0654	-0.0974	-0.0256	0.0577	0.0034	0.1017	-0.001	0.0028	0.0907	-0.0141	0.1253	-19.8873	12.38	-0.1875
9	0.4488	0.2747	-0.0484	0.6096	0.0408	0.2675	-0.0103	0.017	-0.1751	0.0826	0.0054	-0.1482	0.0504	-0.0017	0.0024	0.131	0.0022	-0.0098	0.1073	-0.0153	0.1591	-15.519	12.0569	5.5623
10	0.7539	0.3609	-0.0033	0.8355	0.0503	0.3657	-0.0629	0.0683	-0.0775	-0.0329	0.02	-0.0147	0.0102	-0.0237	0.0436	0.0981	-0.0025	0.0047	0.1007	-0.0277	0.112	-22.6624	18.232	-1.322
11	0.5894	-0.0948	-0.287	0.5947	0.175	0.9093	-0.0295	0.089	-0.0789	-0.021	-0.0786	0.1406	0.0121	-0.1699	0.0867	0.128	-0.0147	0.0116	0.1526	-0.0468	0.1821	-39.1428	15.5692	-1.5098
12	0.9614	0.1858	-0.0251	0.7686	-0.044	0.4547	-0.0412	-0.1882	-0.1599	0.1739	0.0426	0.2518	0.011	-0.2054	-0.0092	0.1535	-0.0083	0.0504	0.1723	-0.0314	0.1762	-40.17	18.2649	12.0935
13	1.4201	0.3177	0.3737	0.4288	0.1901	0.2775	-0.0749	0.1679	0.1242	-0.1006	0.0378	0.0812	-0.0891	-0.0381	0.05	0.1328	0.003	-0.028	0.1379	-0.0052	0.1314	-26.9388	33.1352	-6.4367
14	0.5965	0.1707	0.1432	1.0467	0.2256	0.4903	-0.0074	0.0072	0.0684	0.0367	-0.0367	0.1715	-0.0012	-0.0489	0.0442	0.1103	0.0073	-0.0098	0.1177	-0.0217	0.142	-33.8676	35.6771	4.4588
15	0.7265	0.2212	-0.2712	2.4897	0.4591	0.7476	-0.0126	0.0549	0.1166	-0.1199	-0.0576	0.289	-0.1003	-0.1488	0.0496	0.1088	0.0174	-0.0309	0.1549	-0.0361	0.1856	-40.3689	35.9584	0.3309
16	0.5045	0.0984	-0.2935	0.5669	0.151	0.2458	-0.0251	0.1121	0.0466	-0.0615	-0.0636	0.1526	-0.1671	-0.0304	0.0526	0.1346	-0.0025	-0.0185	0.1746	-0.0359	0.1586	-34.8416	22.1639	-4.7866
17	1.5587	-0.7254	0.2436	1.3792	-0.1052	0.2249	0.0241	0.1881	0.0003	-0.1752	-0.119	0.1258	0.0185	-0.1294	0.0666	0.1339	-0.0082	-0.0274	0.1761	-0.052	0.1579	-37.3177	20.6491	-12.1588

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid -2 through 26 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 27 through 82 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 83 through 125 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 126 through 177 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 178 through 198 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 199 through 319 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 320 through 333 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 1 through 26 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 27 through 82 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 83 through 157 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 158 through 177 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 178 through 198 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 199 through 230 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 231 through 279 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 280 through 302 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 303 through 319 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'B' and (resid 320 through 333 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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