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- PDB-5k8z: Crystal structure of dimeric chlorite dismutase from Cyanothece s... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5k8z
タイトルCrystal structure of dimeric chlorite dismutase from Cyanothece sp. PCC7425 (pH 8.5)
要素Chlorite dismutase
キーワードOXIDOREDUCTASE / chlorite dismutase / cyanobacteria / heme / ferredoxin-like fold
機能・相同性
機能・相同性情報


oxidoreductase activity / heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Alpha-Beta Plaits - #3420 / Heme-dependent peroxidase ChdC/CLD / Chlorite dismutase / Dimeric alpha-beta barrel / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HYDROXIDE ION / Chlorite dismutase
類似検索 - 構成要素
生物種Cyanothece sp.
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.55 Å
データ登録者Puehringer, D. / Schaffner, I. / Mlynek, G. / Obinger, C. / Djinovic-Carugo, K.
資金援助 オーストリア, 3件
組織認可番号国
Austrian Science FundFWF W1224 (Doctoral Program on Biomolecular Technology of Proteins, BioToP) オーストリア
Austrian Science FundFWF P25270 オーストリア
Austrian Science FundFWF P22276 オーストリア
引用ジャーナル: ACS Catal / 年: 2017
タイトル: Molecular Mechanism of Enzymatic Chlorite Detoxification: Insights from Structural and Kinetic Studies.
著者: Schaffner, I. / Mlynek, G. / Flego, N. / Puhringer, D. / Libiseller-Egger, J. / Coates, L. / Hofbauer, S. / Bellei, M. / Furtmuller, P.G. / Battistuzzi, G. / Smulevich, G. / Djinovic-Carugo, K. / Obinger, C.
履歴
登録2016年5月31日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年6月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年1月31日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.22024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_radiation_wavelength / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Chlorite dismutase
B: Chlorite dismutase
C: Chlorite dismutase
D: Chlorite dismutase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,33016
ポリマ－87,3244
非ポリマー3,00712
水14,232790
1
A: Chlorite dismutase
B: Chlorite dismutase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,1658
ポリマ－43,6622
非ポリマー1,5036
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Chlorite dismutase
D: Chlorite dismutase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,1658
ポリマ－43,6622
非ポリマー1,5036
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)54.858, 72.833, 112.494
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 94.570, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Chlorite dismutase


分子量: 21830.881 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Cyanothece sp. (strain PCC 7425 / ATCC 29141) (バクテリア)
遺伝子: Cyan7425_1434 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Gold / 参照: UniProt: B8HNS6

-
非ポリマー , 5種, 802分子

#2: 化合物 ChemComp-MRD / (4R)-2-METHYLPENTANE-2,4-DIOL / (4R)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#4: 化合物
ChemComp-OH / HYDROXIDE ION / ヒドロキシド


分子量: 17.007 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: HO
#5: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 790 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.6 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 0.2 M MgCl2, 0.1 M Tris pH 8.5, 20% (w/v) PEG4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.8726 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年9月24日 / 詳細: KB-mirror
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8726 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.55→44.428 Å / Num. obs: 127776 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 4.3 % / Biso Wilson estimate: 15.07 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.1482 / Net I/σ(I): 6.24
反射 シェル解像度: 1.55→1.605 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 1.21 / Mean I/σ(I) obs: 0.89 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXdev_2712精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHENIX位相決定
EDNAデータ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3QPI

3qpi


解像度: 1.55→44.428 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 28.14 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2279 1311 1.03 %
Rwork0.1981 126337 -
obs0.1984 127648 99.69 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 165.73 Å2 / Biso mean: 29.4213 Å2 / Biso min: 8.2 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.55→44.428 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5968 0 388 790 7146
Biso mean--22.23 30.9 -
残基数----724
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0056385
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7268713
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.047889
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041110
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.1363711
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 9

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.5498-1.61190.36131370.34311400714144100
1.6119-1.68530.3191500.31081398914139100
1.6853-1.77410.29261470.29231394714094100
1.7741-1.88530.2991460.2551399414140100
1.8853-2.03080.25391460.21311404814194100
2.0308-2.23520.2111490.18881399814147100
2.2352-2.55860.22231440.17921405914203100
2.5586-3.22340.20591420.17511411214254100
3.2234-44.44660.18431500.1517141831433399

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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