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- PDB-5k8p: Zn2+/Tetrahedral intermediate-bound R289A 5-nitroanthranilate ami... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5k8p
タイトルZn2+/Tetrahedral intermediate-bound R289A 5-nitroanthranilate aminohydrolase
要素5-nitroanthranilic acid aminohydrolase
キーワードHYDROLASE / Nitroaromatics / deaminase / metalloenzyme
機能・相同性
機能・相同性情報


5-nitroanthranilic acid aminohydrolase / hydrolase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Alpha-Beta Plaits - #360 / Peptidase M20, dimerisation domain / Peptidase dimerisation domain / Peptidase M20 / Peptidase family M20/M25/M40 / Zn peptidases / Aminopeptidase / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich ...: / Alpha-Beta Plaits - #360 / Peptidase M20, dimerisation domain / Peptidase dimerisation domain / Peptidase M20 / Peptidase family M20/M25/M40 / Zn peptidases / Aminopeptidase / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-6R8 / 5-nitroanthranilic acid aminohydrolase
類似検索 - 構成要素
生物種Bradyrhizobium sp. (根粒菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Kalyoncu, S.
引用ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2016
タイトル: Enzymatic hydrolysis by transition-metal-dependent nucleophilic aromatic substitution.
著者: Kalyoncu, S. / Heaner, D.P. / Kurt, Z. / Bethel, C.M. / Ukachukwu, C.U. / Chakravarthy, S. / Spain, J.C. / Lieberman, R.L.
履歴
登録2016年5月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年10月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年10月19日Group: Database references
改定 1.22016年11月23日Group: Database references
改定 1.32023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5-nitroanthranilic acid aminohydrolase
B: 5-nitroanthranilic acid aminohydrolase
C: 5-nitroanthranilic acid aminohydrolase
D: 5-nitroanthranilic acid aminohydrolase
E: 5-nitroanthranilic acid aminohydrolase
F: 5-nitroanthranilic acid aminohydrolase
G: 5-nitroanthranilic acid aminohydrolase
H: 5-nitroanthranilic acid aminohydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)372,97630
ポリマ－370,5168
非ポリマー2,46122
水31,3821742
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area42340 Å2
ΔGint-239 kcal/mol
Surface area101140 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)185.884, 247.634, 247.870
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11C-841-

HOH

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要素

#1: タンパク質
5-nitroanthranilic acid aminohydrolase / 5-nitroanthranilic acid degradation protein A / 5NAA deaminase


分子量: 46314.438 Da / 分子数: 8 / 変異: R289A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bradyrhizobium sp. (根粒菌) / 遺伝子: naaA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta 2 (DE3)
参照: UniProt: D3WZ85, 5-nitroanthranilic acid aminohydrolase
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物
ChemComp-6R8 / (6~{R})-6-azanyl-3-nitro-6-oxidanyl-cyclohexa-1,3-diene-1-carboxylic acid


分子量: 200.149 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H8N2O5
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1742 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.05 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1 M sodium cacodylate pH 6.5, 0.65 M trisodium citrate, 12 mM zinc acetate, 0.22 mM 5-nitroanthranilic acid

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年6月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→37.16 Å / Num. obs: 337936 / % possible obs: 98.31 % / 冗長度: 5.7 % / Net I/σ(I): 14.63

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5K8O

5k8o


解像度: 2.2→37.16 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.67
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2039 2396 0.71 %
Rwork0.1737 --
obs0.1739 337936 60.26 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→37.16 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数25900 0 140 1742 27782
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01226658
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.11836127
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.9889743
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0443863
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0054768
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2002-2.24510.28881170.227716293X-RAY DIFFRACTION50
2.2451-2.29390.24331180.213516518X-RAY DIFFRACTION51
2.2939-2.34730.22131180.204916591X-RAY DIFFRACTION51
2.3473-2.4060.25581200.201916539X-RAY DIFFRACTION51
2.406-2.4710.21741190.203516582X-RAY DIFFRACTION51
2.471-2.54370.25741190.204616617X-RAY DIFFRACTION51
2.5437-2.62580.2381200.211316621X-RAY DIFFRACTION51
2.6258-2.71960.21471190.206516730X-RAY DIFFRACTION51
2.7196-2.82840.23691200.20616875X-RAY DIFFRACTION52
2.8284-2.95710.2351270.207817428X-RAY DIFFRACTION53
2.9571-3.1130.25661350.211118583X-RAY DIFFRACTION57
3.113-3.30790.21591500.196620715X-RAY DIFFRACTION63
3.3079-3.56310.21621690.183123866X-RAY DIFFRACTION73
3.5631-3.92130.20671690.165124967X-RAY DIFFRACTION76
3.9213-4.48790.17021830.137425190X-RAY DIFFRACTION77
4.4879-5.65110.16581960.137226998X-RAY DIFFRACTION82
5.6511-37.17070.16891970.149328427X-RAY DIFFRACTION87

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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