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- PDB-5k8f: Crystal structure of Acetyl-CoA Synthetase in complex with ATP an... -

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登録情報
データベース: PDB / ID: 5k8f
タイトルCrystal structure of Acetyl-CoA Synthetase in complex with ATP and Acetyl-AMP from Cryptococcus neoformans H99
要素Acetyl-coenzyme A synthetase
キーワードLIGASE / SSGCID / NIH / NIAID / Synthetase / ACS1 / Acetyl-AMP / ATP / Adenosine TriPhosphate / Acetyl Adenylate / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease
機能・相同性
機能・相同性情報


acetate-CoA ligase / acetate-CoA ligase activity / acetyl-CoA biosynthetic process from acetate / AMP binding / ATP binding / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Acetate-CoA ligase / Acetyl-coenzyme A synthetase, N-terminal domain / Acetyl-coenzyme A synthetase N-terminus / ANL, N-terminal domain / ANL, C-terminal domain / ANL, N-terminal domain / AMP-binding enzyme C-terminal domain / AMP-binding enzyme, C-terminal domain / AMP-binding, conserved site / Putative AMP-binding domain signature. ...Acetate-CoA ligase / Acetyl-coenzyme A synthetase, N-terminal domain / Acetyl-coenzyme A synthetase N-terminus / ANL, N-terminal domain / ANL, C-terminal domain / ANL, N-terminal domain / AMP-binding enzyme C-terminal domain / AMP-binding enzyme, C-terminal domain / AMP-binding, conserved site / Putative AMP-binding domain signature. / AMP-dependent synthetase/ligase / AMP-binding enzyme / GMP Synthetase; Chain A, domain 3 / AMP-binding enzyme, C-terminal domain superfamily / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-6R9 / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / PHOSPHATE ION / Acetyl-coenzyme A synthetase
類似検索 - 構成要素
生物種Cryptococcus neoformans var. grubii serotype A (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.45 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) / Fox III, D. / Delker, S.L. / Potts, K.T. / Lorimer, D.D. / Edwards, T.E. / Mutz, M.W.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of Acetyl-CoA Synthetase in complex with ATP and Acetyl-AMP from Cryptococcus neoformans H99
著者: Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) / Fox III, D. / Delker, S.L. / Potts, K.T. / Numa, M.M. / Edwards, T.E. / Lorimer, D.D. / Mutz, M.W. / Krysan, D.J.
履歴
登録2016年5月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年7月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02021年4月28日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Author supporting evidence / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / audit_author / citation_author / diffrn / entity / entity_src_gen / pdbx_entity_instance_feature / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_entry_details / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_prerelease_seq / pdbx_refine_tls / pdbx_refine_tls_group / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / pdbx_struct_sheet_hbond / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_peptide_omega / pdbx_validate_torsion / refine / refine_hist / refine_ls_restr / refine_ls_shell / reflns / reflns_shell / software / struct_asym / struct_conf / struct_conn / struct_mon_prot_cis / struct_ref_seq_dif / struct_sheet_range / struct_site / struct_site_gen
Item: _diffrn.pdbx_serial_crystal_experiment / _entity.formula_weight ..._diffrn.pdbx_serial_crystal_experiment / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity_src_gen.gene_src_common_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain / _pdbx_entity_nonpoly.comp_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_refine_tls.L[1][1] / _pdbx_refine_tls.L[1][2] / _pdbx_refine_tls.L[1][3] / _pdbx_refine_tls.L[2][2] / _pdbx_refine_tls.L[2][3] / _pdbx_refine_tls.L[3][3] / _pdbx_refine_tls.S[1][1] / _pdbx_refine_tls.S[1][2] / _pdbx_refine_tls.S[1][3] / _pdbx_refine_tls.S[2][1] / _pdbx_refine_tls.S[2][2] / _pdbx_refine_tls.S[2][3] / _pdbx_refine_tls.S[3][1] / _pdbx_refine_tls.S[3][2] / _pdbx_refine_tls.S[3][3] / _pdbx_refine_tls.T[1][1] / _pdbx_refine_tls.T[1][2] / _pdbx_refine_tls.T[1][3] / _pdbx_refine_tls.T[2][2] / _pdbx_refine_tls.T[2][3] / _pdbx_refine_tls.T[3][3] / _pdbx_refine_tls.origin_x / _pdbx_refine_tls.origin_y / _pdbx_refine_tls.origin_z / _pdbx_struct_assembly.details / _pdbx_struct_assembly.method_details / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_seq_id / _refine.B_iso_max / _refine.B_iso_mean / _refine.B_iso_min / _refine.ls_R_factor_R_free / _refine.ls_R_factor_R_work / _refine.ls_R_factor_obs / _refine.ls_number_reflns_R_work / _refine.ls_number_reflns_obs / _refine.ls_percent_reflns_obs / _refine.pdbx_ls_sigma_F / _refine.pdbx_overall_phase_error / _refine.pdbx_stereochemistry_target_values / _refine.solvent_model_details / _refine_hist.cycle_id / _refine_hist.number_atoms_solvent / _refine_hist.number_atoms_total / _refine_hist.pdbx_B_iso_mean_ligand / _refine_hist.pdbx_B_iso_mean_solvent / _refine_hist.pdbx_number_atoms_ligand / _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein / _refine_hist.pdbx_number_residues_total / _refine_ls_restr.dev_ideal / _refine_ls_restr.number / _reflns.B_iso_Wilson_estimate / _reflns.pdbx_CC_half / _reflns.pdbx_Rrim_I_all / _reflns.pdbx_chi_squared / _reflns.pdbx_redundancy / _struct_conf.beg_auth_asym_id / _struct_conf.beg_auth_comp_id / _struct_conf.beg_auth_seq_id / _struct_conf.beg_label_asym_id / _struct_conf.beg_label_comp_id / _struct_conf.beg_label_seq_id / _struct_conf.end_auth_asym_id / _struct_conf.end_auth_comp_id / _struct_conf.end_auth_seq_id / _struct_conf.end_label_asym_id / _struct_conf.end_label_comp_id / _struct_conf.end_label_seq_id / _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class / _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length / _struct_mon_prot_cis.pdbx_omega_angle / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_sheet_range.beg_auth_comp_id / _struct_sheet_range.beg_auth_seq_id / _struct_sheet_range.beg_label_comp_id / _struct_sheet_range.beg_label_seq_id / _struct_sheet_range.end_auth_comp_id / _struct_sheet_range.end_auth_seq_id / _struct_sheet_range.end_label_comp_id / _struct_sheet_range.end_label_seq_id
解説: Ligand identity
詳細: Removed low occupancy Mg atom and alt loop conformation near ATP.
Provider: author / タイプ: Coordinate replacement
改定 2.12023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Acetyl-coenzyme A synthetase
B: Acetyl-coenzyme A synthetase
C: Acetyl-coenzyme A synthetase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)235,86723
ポリマ－232,4273
非ポリマー3,44020
水6,684371
1
A: Acetyl-coenzyme A synthetase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,6458
ポリマ－77,4761
非ポリマー1,1697
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Acetyl-coenzyme A synthetase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,5837
ポリマ－77,4761
非ポリマー1,1076
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Acetyl-coenzyme A synthetase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,6408
ポリマ－77,4761
非ポリマー1,1647
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)71.370, 83.920, 101.570
Angle α, β, γ (deg.)110.060, 105.240, 87.650
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 Acetyl-coenzyme A synthetase


分子量: 77475.750 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Cryptococcus neoformans var. grubii serotype A (strain H99 / ATCC 208821 / CBS 10515 / FGSC 9487) (菌類)
株: H99 / ATCC 208821 / CBS 10515 / FGSC 9487 / 遺伝子: CNAG_00797 / プラスミド: PEMB7013 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: J9VFT1, acetate-CoA ligase

-
非ポリマー , 6種, 391分子

#2: 化合物 ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP


分子量: 507.181 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物 ChemComp-6R9 / [[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] ethanoate / アデニル酸アセチル


分子量: 389.258 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H16N5O8P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 371 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.07 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.2
詳細: ACETYL COA SYNTHETASE FROM CRYPTOCOCCUS NEOFORMANS (CRNEC.00629.A.FS11.PD00402) AT 10MG/ ML (IN 10 MM TRIS, PH = 7.5, 20 MM NACL) WAS SET UP IN SPARSE CRYSTALLIZATION TRIALS AT 16C. 1MM ATP ...詳細: ACETYL COA SYNTHETASE FROM CRYPTOCOCCUS NEOFORMANS (CRNEC.00629.A.FS11.PD00402) AT 10MG/ ML (IN 10 MM TRIS, PH = 7.5, 20 MM NACL) WAS SET UP IN SPARSE CRYSTALLIZATION TRIALS AT 16C. 1MM ATP AND 1MM MGCL2 WERE ADDED TO THE PROTEIN SOLUTION AND INCUBATED FOR 5 MINUTES BEFORE SETTING UP TRIALS. CRYSTALS WERE PRODUCED BY SITTING DROP VAPOR DIFFUSION WITH AN EQUAL VOLUME COMBINATION OF THE PROTEIN/LIGAND IN WIZARD 1 AND 2 SCREEN CONDITION E8 (10% W/V PEG8,000, 0.1M NA/K PHOSPHATE PH6.2) AND CRYO-PROTECTED IN 20% ETHYLENE GLYCOL. CRYSTAL ID 271854A7 GJX4-8 APS21-ID-G), PH 6.20, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 289K
PH範囲: 6.2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年4月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.45→50 Å / Num. obs: 77299 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 37.68 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.076 / Rrim(I) all: 0.088 / Χ2: 0.975 / Net I/σ(I): 14.19
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.45-2.510.5172.5656460.8610.59797.8
2.51-2.580.4512.9755240.8820.52197.7
2.58-2.660.3783.554010.9170.43798.2
2.66-2.740.3174.2552760.940.36698.1
2.74-2.830.265.1150860.9560.398.3
2.83-2.930.2036.4748880.9710.23598.2
2.93-3.040.1717.7347840.9770.19798.3
3.04-3.160.12510.1145970.9870.14498.6
3.16-3.30.09413.2143850.9920.10998.5
3.3-3.460.07516.3742420.9950.08798.8
3.46-3.650.06219.239690.9960.07298.6
3.65-3.870.05521.4738230.9970.06498.9
3.87-4.140.04624.9135740.9970.05399
4.14-4.470.0428.4433380.9980.04798.9
4.47-4.90.03730.5530530.9980.04299.2
4.9-5.480.03730.8327620.9980.04399
5.48-6.330.03830.0924540.9980.04499.4
6.33-7.750.03432.8120650.9980.0499
7.75-10.960.02739.1215770.9990.03198.9
10.96-500.02637.368550.9990.03196.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19rc4_4035精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5IFI

5ifi


解像度: 2.45→26.62 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.98 / 位相誤差: 24.84 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2242 1997 2.59 %
Rwork0.1879 75209 -
obs0.1889 77206 98.59 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 130.47 Å2 / Biso mean: 52.7124 Å2 / Biso min: 20.5 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.45→26.62 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14907 0 216 377 15500
Biso mean--49.38 39.02 -
残基数----1962
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00215682
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.46721462
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.7025484
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0422329
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0042766
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.45-2.510.27811400.26025301544198
2.51-2.580.26461420.24795315545798
2.58-2.650.30861420.23995355549798
2.65-2.740.29091430.24455374551798
2.74-2.840.27841420.23595355549798
2.84-2.950.26481420.22615342548498
2.95-3.090.25921440.22215418556299
3.09-3.250.24321430.21785372551599
3.25-3.450.2271420.20175371551399
3.45-3.720.22361440.18245408555299
3.72-4.090.20481430.16735377552099
4.09-4.680.19871450.14595439558499
4.68-5.880.18491430.15215403554699
5.89-26.620.18371420.16115379552199
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.0538-0.4756-0.88011.0730.18591.7920.08370.06980.139-0.1861-0.08260.011-0.1952-0.1454-0.00580.2097-0.0037-0.04710.1728-0.02030.2236-9.424112.3094-2.3171
22.6637-0.6995-1.38110.7992-0.29132.93360.1147-0.07930.1177-0.1123-0.1536-0.1195-0.25850.14520.03610.2076-0.0141-0.02530.1472-0.01380.2572-0.559212.1362-4.8149
32.1924-0.5648-0.76951.19640.45861.83730.11160.21340.2086-0.1634-0.08660.1569-0.3071-0.4792-0.02960.21680.0604-0.03950.30370.00420.3283-19.748420.88611.9543
43.1221-0.4888-0.22517.0624-1.63482.66810.24660.10280.8893-0.0938-0.266-0.8349-0.8308-0.12970.03330.60120.1901-0.0050.462-0.05310.7257-19.715141.89418.6471
50.9516-0.16070.361.2036-0.33021.5146-0.2418-0.6045-0.53140.34860.20090.18210.5324-0.1401-0.1120.54160.11430.15680.60690.28440.53527.6847-20.615629.356
61.52770.2020.22611.4021-0.061.2183-0.2219-0.47920.05820.22080.2266-0.12230.02980.2752-0.00050.22850.0815-0.04120.4698-0.01440.257317.96855.034522.198
70.02750.36090.09496.0786-0.69244.8247-0.1243-0.6391-0.45330.24330.2785-0.46490.41590.3542-0.26430.36270.16060.04710.50320.13830.373917.4983-14.695522.3884
80.94150.23220.16981.3622-0.59631.2426-0.2296-0.7271-0.34360.6030.2346-0.06580.2672-0.1229-0.01190.65190.24960.0640.84290.2710.448816.504-17.27440.0888
91.0626-0.46790.59182.264-0.73922.24580.1271-0.4807-0.39110.1423-0.0033-0.09240.64320.4251-0.15170.61180.21780.06750.5720.22260.598327.8289-27.148725.9459
102.89611.49870.98581.28662.00416.4632-0.6886-0.3808-0.03570.45670.5518-0.3407-0.56880.12320.07720.92510.3039-0.11720.98490.13540.57840.447-18.720646.0254
110.6742-0.1046-0.78321.00320.24510.9287-0.44190.4061-0.6536-0.2308-0.17250.01560.8353-0.38650.20961.1092-0.36370.32220.6214-0.35530.93860.4643-35.4285-30.7547
121.3302-0.2387-0.08650.72-0.0641.8551-0.1503-0.0183-0.2935-0.0722-0.04-0.15130.48540.30.14820.41960.07640.11360.22290.04110.407220.5449-15.964-8.6875
130.97790.06420.09990.89610.1181.1316-0.34010.3716-0.6463-0.1311-0.01410.02620.91990.10580.140.85060.0260.2660.2743-0.09620.615615.8214-29.3228-23.9256
141.8007-0.462-0.42484.670.50252.2848-0.0120.5516-0.2099-0.5175-0.31760.52930.2999-0.58780.2520.4191-0.02410.0220.414-0.11990.31011.6291-11.7892-31.2927
155.1275-0.23453.04363.24830.73292.84990.05650.64480.0333-0.8419-0.5153-0.00450.3414-0.2250.48420.8557-0.03860.18870.5108-0.17830.496312.379-21.8216-44.8553
166.33360.13010.80213.53570.75816.7650.03440.6167-0.4478-0.07670.1576-0.2341-0.3020.7386-0.17380.7889-0.0170.20410.6329-0.10190.471725.8537-20.7034-48.4122
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 11 through 245 )A11 - 245
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 246 through 317 )A246 - 317
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 318 through 526 )A318 - 526
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 527 through 681 )A527 - 681
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 11 through 132 )B11 - 132
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 133 through 278 )B133 - 278
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 279 through 317 )B279 - 317
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 318 through 493 )B318 - 493
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 494 through 555 )B494 - 555
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 556 through 681 )B556 - 681
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resid 11 through 63 )C11 - 63
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 64 through 278 )C64 - 278
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 279 through 463 )C279 - 463
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 464 through 526 )C464 - 526
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 527 through 579 )C527 - 579
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 580 through 681 )C580 - 681

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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