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万見
- PDB-5k85: Crystal Structure of Acetyl-CoA Synthetase in Complex with Adenos... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5k85
タイトルCrystal Structure of Acetyl-CoA Synthetase in Complex with Adenosine-5'-propylphosphate and Coenzyme A from Cryptococcus neoformans H99
要素Acetyl-coenzyme A synthetase
キーワードLIGASE / SSGCID / NIH / NIAID / SYNTHETASE / ACS1 / ACETYL-COA / PRX / PROPYL-AMP / COENZYME A / COA / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease
機能・相同性
機能・相同性情報


acetate-CoA ligase / acetate-CoA ligase activity / acetyl-CoA biosynthetic process from acetate / AMP binding / ATP binding / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Acetate-CoA ligase / Acetyl-coenzyme A synthetase, N-terminal domain / Acetyl-coenzyme A synthetase N-terminus / ANL, N-terminal domain / ANL, C-terminal domain / ANL, N-terminal domain / AMP-binding enzyme C-terminal domain / AMP-binding enzyme, C-terminal domain / AMP-binding, conserved site / Putative AMP-binding domain signature. ...Acetate-CoA ligase / Acetyl-coenzyme A synthetase, N-terminal domain / Acetyl-coenzyme A synthetase N-terminus / ANL, N-terminal domain / ANL, C-terminal domain / ANL, N-terminal domain / AMP-binding enzyme C-terminal domain / AMP-binding enzyme, C-terminal domain / AMP-binding, conserved site / Putative AMP-binding domain signature. / AMP-dependent synthetase/ligase / AMP-binding enzyme / GMP Synthetase; Chain A, domain 3 / AMP-binding enzyme, C-terminal domain superfamily / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
COENZYME A / PHOSPHATE ION / ADENOSINE-5'-MONOPHOSPHATE-PROPYL ESTER / Acetyl-coenzyme A synthetase
類似検索 - 構成要素
生物種Cryptococcus neoformans var. grubii serotype A (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) / Fox III, D. / Delker, S.L. / Potts, K.T. / Lorimer, D.D. / Edwards, T.E. / Mutz, M.W. / SSGCID
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: CRYSTAL STRUCTURE OF ACETYL-COA SYNTHETASE IN COMPLEX WITH ADENOSINE-5'-PROPYLPHOSPHATE AND COENZYME A FROM CRYPTOCOCCUS NEOFORMANS H99
著者: Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) / SSGCID / Fox III, D. / Delker, S.L. / Potts, K.T. / Numa, M.M. / Edwards, T.E. / Lorimer, D.D. / Mutz, M.W. / Krysan, D.J.
履歴
登録2016年5月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年8月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Acetyl-coenzyme A synthetase
B: Acetyl-coenzyme A synthetase
C: Acetyl-coenzyme A synthetase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)235,07818
ポリマ－232,4273
非ポリマー2,65115
水13,349741
1
A: Acetyl-coenzyme A synthetase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,3009
ポリマ－77,4761
非ポリマー8248
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Acetyl-coenzyme A synthetase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,0845
ポリマ－77,4761
非ポリマー6084
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Acetyl-coenzyme A synthetase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,6954
ポリマ－77,4761
非ポリマー1,2193
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)72.800, 186.090, 85.320
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 93.80, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 Acetyl-coenzyme A synthetase


分子量: 77475.750 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Cryptococcus neoformans var. grubii serotype A (strain H99 / ATCC 208821 / CBS 10515 / FGSC 9487) (菌類)
株: H99 / ATCC 208821 / CBS 10515 / FGSC 9487 / 遺伝子: CNAG_00797 / プラスミド: PEMB7013 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: J9VFT1, acetate-CoA ligase

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非ポリマー , 5種, 756分子

#2: 化合物 ChemComp-PRX / ADENOSINE-5'-MONOPHOSPHATE-PROPYL ESTER / ADENOSINE-5'-PROPYLPHOSPHATE


分子量: 389.301 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C13H20N5O7P
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#5: 化合物 ChemComp-COA / COENZYME A


分子量: 767.534 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H36N7O16P3S
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 741 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.42 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.2
詳細: ACETYL COA SYNTHETASE FROM CRYPTOCOCCUS NEOFORMANS (CRNEC.00629.A.FS11.PD00402) AT 10MG/ ML (IN 10 MM TRIS, PH = 7.5, 20 MM NACL) WAS SET UP IN SPARSE CRYSTALLIZATION TRIALS AT 16C. 1MM ...詳細: ACETYL COA SYNTHETASE FROM CRYPTOCOCCUS NEOFORMANS (CRNEC.00629.A.FS11.PD00402) AT 10MG/ ML (IN 10 MM TRIS, PH = 7.5, 20 MM NACL) WAS SET UP IN SPARSE CRYSTALLIZATION TRIALS AT 16C. 1MM ADENOSINE-5'- PROPYLPHOSPHATE AND 2MM COA WERE ADDED TO THE PROTEIN SOLUTION AND INCUBATED FOR 5 MINUTES BEFORE SETTING UP TRIALS. CRYSTALS WERE PRODUCED BY SITTING DROP VAPOR DIFFUSION WITH AN EQUAL VOLUME COMBINATION OF THE PROTEIN/LIGAND IN WIZARD 1 AND 2 SCREEN CONDITION E8 (10% W/V PEG8,000, 0.1M NA/K PHOSPHATE PH6.2) AND CRYO-PROTECTED IN 20% ETHYLENE GLYCOL. CRYSTAL ID 271854A7 MNJ8-1 APS21-ID-G), PH 6.20, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 289K
PH範囲: 6.2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年4月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 97753 / % possible obs: 97.5 % / 冗長度: 3.2 % / Biso Wilson estimate: 43.56 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.072 / Net I/σ(I): 12.14
反射 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.549 / Mean I/σ(I) obs: 2.01 / % possible all: 99.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(DEV_2443: ???)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5IFI

5ifi


解像度: 2.3→27.57 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / 位相誤差: 22.7 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.217 1994 2.04 %
Rwork0.179 --
obs0.179 97663 97.5 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 48.65 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→27.57 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14444 0 171 741 15356
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00615225
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.75320807
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.9828899
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.052241
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0062685
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.3355-0.63120.46681.6961-0.65711.28220.14390.1229-0.1124-0.34030.01480.19390.2887-0.0434-0.13770.245-0.0164-0.01660.26930.00090.2364-9.4118-4.7522-13.1884
21.77120.75640.44192.7154-0.47721.33280.08020.0872-0.0507-0.38220.12220.40330.1711-0.2095-0.16580.23120.0024-0.05670.3540.04670.3193-20.93739.0289-23.9011
34.89951.44550.67755.30962.10023.0740.03770.3637-0.2621-0.86360.2136-0.06380.1664-0.0178-0.24010.6531-0.0546-0.10920.54490.05670.3754-19.05934.8695-45.7069
40.8371-0.18940.22512.015-0.51990.7715-0.105-0.0909-0.03580.42270.0789-0.0491-0.04370.02380.02470.30970.06660.0150.2604-0.01420.19113.3726-19.256723.3157
53.118-0.53620.88764.46480.63643.19060.02650.1987-0.0066-0.23890.2792-0.6924-0.40170.3259-0.2870.3717-0.04570.0680.3026-0.0650.371518.1501-47.705924.3451
61.71860.58790.01641.4930.85010.6164-0.082-0.35520.84590.3276-0.29650.3715-0.5711-0.12630.35951.16950.1968-0.28720.711-0.3010.87514.799836.823629.6334
71.3753-0.19420.26481.1829-0.17621.1047-0.22120.17120.46130.1651-0.0719-0.3355-0.27590.15570.23950.2587-0.0238-0.110.29520.07010.476914.304921.59891.0015
80.34830.5601-0.20030.9466-0.23980.5955-0.2774-0.08820.72940.6132-0.0665-0.2686-0.74930.15330.25710.7848-0.0496-0.3790.3853-0.01170.910115.087337.540212.4224
91.64780.07510.12992.83740.9961.3421-0.1618-0.44520.59520.3565-0.0709-0.3221-0.58980.11870.12350.7824-0.0203-0.32760.4911-0.08640.683323.346427.458228.382
101.07831.85741.05193.92970.02675.5714-0.0918-0.19530.6609-0.0196-0.013-0.221-0.11240.53380.09460.51520.02920.01280.78950.0260.997644.400333.76678.5484
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 11 through 382 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 383 through 555 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 556 through 681 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 11 through 526 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 527 through 681 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'C' and (resid 25 through 63 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'C' and (resid 64 through 278 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'C' and (resid 279 through 443 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'C' and (resid 444 through 551 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'C' and (resid 552 through 630 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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