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- PDB-5k7x: Fully ligated Adenylosuccinate Synthetase from Pyrococcus horikos... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5k7x
タイトルFully ligated Adenylosuccinate Synthetase from Pyrococcus horikoshii OT3 with GTP, IMP and Hadacidin
要素Adenylosuccinate synthetase
キーワードLIGASE / Adenylosuccinate synthetase / Pyrococcus horikoshii OT3 / GTP / IMP / Hadacidin
機能・相同性
機能・相同性情報


adenylosuccinate synthase / adenylosuccinate synthase activity / IMP metabolic process / 'de novo' AMP biosynthetic process / GTP binding / magnesium ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Adenylosuccinate synthase, GTP-binding site / Adenylosuccinate synthetase, domain 2 / Adenylosuccinate synthetase, domain 3 / Adenylosuccinate synthetase GTP-binding site. / Adenylosuccinate synthetase / Adenylosuccinate synthetase, domain 1 / Adenylosuccinate synthetase / Adenylosuccinate synthetase / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / HADACIDIN / INOSINIC ACID / Adenylosuccinate synthetase
類似検索 - 構成要素
生物種Pyrococcus horikoshii OT3 (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.803 Å
データ登録者Xie, Y. / Cheng, Z.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China81473114 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of hypothetical adenylosuccinate synthetase, PH0438 from Pyrococcus horikoshii OT3
著者: Xie, Y. / Kishisita, S. / Murayama, K. / Shirouzu, M. / Yokoyama, S.
履歴
登録2016年5月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年12月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年8月16日Group: Database references / カテゴリ: pdbx_related_exp_data_set
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Adenylosuccinate synthetase
B: Adenylosuccinate synthetase
C: Adenylosuccinate synthetase
D: Adenylosuccinate synthetase
E: Adenylosuccinate synthetase
F: Adenylosuccinate synthetase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)230,60030
ポリマ－224,5116
非ポリマー6,08924
水1,04558
1
A: Adenylosuccinate synthetase
B: Adenylosuccinate synthetase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,86710
ポリマ－74,8372
非ポリマー2,0308
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8660 Å2
ΔGint-55 kcal/mol
Surface area22750 Å2
手法PISA
2
C: Adenylosuccinate synthetase
D: Adenylosuccinate synthetase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,86710
ポリマ－74,8372
非ポリマー2,0308
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8610 Å2
ΔGint-56 kcal/mol
Surface area23200 Å2
手法PISA
3
E: Adenylosuccinate synthetase
F: Adenylosuccinate synthetase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,86710
ポリマ－74,8372
非ポリマー2,0308
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8640 Å2
ΔGint-56 kcal/mol
Surface area22980 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)105.348, 130.549, 168.673
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 6分子 ABCDEF

#1: タンパク質
Adenylosuccinate synthetase / AdSS / IMP--aspartate ligase


分子量: 37418.543 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pyrococcus horikoshii OT3 (古細菌)
株: OT3 / 遺伝子: purA, PH0438 / プラスミド: pET19b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O58187, adenylosuccinate synthase

-
非ポリマー , 5種, 82分子

#2: 化合物
ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP


分子量: 523.180 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O14P3 / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物
ChemComp-IMP / INOSINIC ACID / IMP


分子量: 348.206 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H13N4O8P
#4: 化合物
ChemComp-HDA / HADACIDIN / ハダシジン


分子量: 119.076 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H5NO4 / コメント: 抗がん剤, 薬剤*YM
#5: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 58 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.73 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: MES, PEG550

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年1月21日 / 詳細: Silicon
放射モノクロメーター: Zr filter / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→50 Å / Num. obs: 55976 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 0.072 / Rsym value: 0.072 / Net I/σ(I): 11.7
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 0.354 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
HKL-2000データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
PHASER位相決定
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2D7U

2d7u


解像度: 2.803→39.123 Å / SU ML: 0.36 / 交差検証法: NONE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 27.34 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2634 2690 4.88 %
Rwork0.2062 --
obs0.2089 55164 95.47 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.803→39.123 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15624 0 384 58 16066
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00716314
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.11122116
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.9116102
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0612436
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0052838
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.8025-2.85350.33921090.27551933X-RAY DIFFRACTION68
2.8535-2.90830.3011090.2632254X-RAY DIFFRACTION79
2.9083-2.96770.30571220.26162455X-RAY DIFFRACTION85
2.9677-3.03220.35211340.26512656X-RAY DIFFRACTION94
3.0322-3.10270.3261380.26872817X-RAY DIFFRACTION97
3.1027-3.18030.33051320.26522845X-RAY DIFFRACTION99
3.1803-3.26620.37331450.2572859X-RAY DIFFRACTION100
3.2662-3.36230.27651560.24442831X-RAY DIFFRACTION100
3.3623-3.47070.28441440.23052865X-RAY DIFFRACTION100
3.4707-3.59470.26391580.20932862X-RAY DIFFRACTION100
3.5947-3.73850.27881410.20662896X-RAY DIFFRACTION100
3.7385-3.90850.2421660.20142850X-RAY DIFFRACTION99
3.9085-4.11440.29791300.19292880X-RAY DIFFRACTION99
4.1144-4.37180.24581640.18692857X-RAY DIFFRACTION99
4.3718-4.70890.23521460.1682871X-RAY DIFFRACTION99
4.7089-5.18180.23331400.17962899X-RAY DIFFRACTION99
5.1818-5.92940.24841490.19132918X-RAY DIFFRACTION99
5.9294-7.46190.23971750.20362928X-RAY DIFFRACTION100
7.4619-39.1270.1921320.1642998X-RAY DIFFRACTION96
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -10.1182 Å / Origin y: 30.2758 Å / Origin z: -34.7333 Å
111213212223313233
T0.2349 Å20.0763 Å2-0.0315 Å2-0.2945 Å2-0.031 Å2--0.306 Å2
L0.1846 °2-0.1667 °20.0796 °2-0.3892 °2-0.0137 °2--0.1313 °2
S0.0691 Å °-0.0017 Å °-0.0742 Å °-0.1007 Å °-0.0159 Å °0.0148 Å °-0.0229 Å °-0.0399 Å °-0.0477 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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