PDB-5k7e: The structure of pistol ribozyme, soaked with Mn2+

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5k7e

タイトル

The structure of pistol ribozyme, soaked with Mn2+

要素

DNA/RNA 11-MER
RNA 47-MER

キーワード

RNA/DNA / ribozyme / RNA structure / pistol / RNA-DNA complex

機能・相同性

: / DNA/RNA hybrid / DNA/RNA hybrid (> 10)

機能・相同性情報

生物種

synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.27 Å

データ登録者

Ren, A. / Patel, D.

引用

ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2016
タイトル: Pistol ribozyme adopts a pseudoknot fold facilitating site-specific in-line cleavage.
著者: Ren, A. / Vusurovic, N. / Gebetsberger, J. / Gao, P. / Juen, M. / Kreutz, C. / Micura, R. / Patel, D.J.

履歴

登録	2016年5月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年7月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年7月27日	Group: Database references
改定 1.2	2016年8月31日	Group: Database references
改定 1.3	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5k7e.cif.gz	42.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5k7e.ent.gz	29.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5k7e.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k7/5k7e ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k7/5k7e	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5k7cC 5k7dSC C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5k7c-d 6tol-d 6toj-d 3ew1-6 3lph-1 6too-d 4e97-2 6l7r-d 6ryo-d 2adq-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#130 - 2010年10月リボスイッチ (Riboswitches) 類似性 (1) #65 - 2005年5月自己スプライシングRNA (Self-splicing RNA) 類似性 (1)

登録構造単位

A: RNA 47-MER

B: DNA/RNA 11-MER

ヘテロ分子

18.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	55.986, 55.986, 89.460
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

#1: DNA/RNAハイブリッド	RNA 47-MER 分子量: 15096.936 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: DNA/RNAハイブリッド	DNA/RNA 11-MER 分子量: 3514.178 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 化合物	ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION 分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.17 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.25 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: containing 0.1 M Na-cacodylate, pH 6.5, 0.05 M Mg(OAc)2 and 32% MPD and supplemented with 150 mM MnCl2

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 1.7712 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年3月22日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.7712 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.27→89.5 Å / Num. obs: 3743 / % possible obs: 95.7 % / 冗長度: 3.1 % / Net I/σ(I): 9.4
反射シェル	解像度: 3.27→3.53 Å / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 3.2 % / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / R_pim(I) all: 0.589

-
解析

ソフトウェア

名称	分類
PHENIX	精密化
XDS	データ削減
XDS	データスケーリング
PHASER	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5K7D

5k7d

解像度: 3.27→48.5 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.29	194	-
R_work	0.24	-	-
obs	-	3743	95.7 %

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.27→48.5 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	0	1237	2	2	1241

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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