PDB-5k7d: The structure of native pistol ribozyme, bound to Iridium

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5k7d

タイトル

The structure of native pistol ribozyme, bound to Iridium

要素

DNA/RNA 11-MER
RNA 47-MER

キーワード

RNA/DNA / ribozyme / RNA structure / pistol / RNA-DNA complex

機能・相同性

IRIDIUM HEXAMMINE ION / DNA/RNA hybrid / DNA/RNA hybrid (> 10)

機能・相同性情報

生物種

synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.68 Å

データ登録者

Ren, A. / Patel, D.

引用

ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2016
タイトル: Pistol ribozyme adopts a pseudoknot fold facilitating site-specific in-line cleavage.
著者: Ren, A. / Vusurovic, N. / Gebetsberger, J. / Gao, P. / Juen, M. / Kreutz, C. / Micura, R. / Patel, D.J.

履歴

登録	2016年5月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年7月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年7月27日	Group: Database references
改定 1.2	2016年8月31日	Group: Database references
改定 1.3	2024年3月6日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5k7d.cif.gz	77.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5k7d.ent.gz	59.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5k7d.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k7/5k7d ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k7/5k7d	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5k7cC 5k7eC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6wpg-1 1e6c-2 2lq3-d 6s2w-2 5k7c-d 4mli-d 3kus-d 4p1g-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#130 - 2010年10月リボスイッチ (Riboswitches) 類似性 (2) #65 - 2005年5月自己スプライシングRNA (Self-splicing RNA) 類似性 (1)

登録構造単位

A: RNA 47-MER

B: DNA/RNA 11-MER

ヘテロ分子

19.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	56.573, 56.573, 88.297
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

#1: DNA/RNAハイブリッド	RNA 47-MER 分子量: 15096.936 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: DNA/RNAハイブリッド	DNA/RNA 11-MER 分子量: 3514.178 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 化合物	ChemComp-IRI / IRIDIUM HEXAMMINE ION 分子量: 294.400 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: H₁₈IrN₆
#4: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION 分子量: 24.305 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.18 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.69 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.1 M Na-cacodylate, pH 6.5, Mg(OAc)2 0.2 M and 32% MPD and supplemented with 5 mM Ir(NH3)63+Cl3

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 1.1052 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年3月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.1052 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.68→88.3 Å / Num. obs: 8819 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.2 % / R_pim(I) all: 0.038 / Net I/σ(I): 14.9
反射シェル	解像度: 2.68→2.81 Å / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.4 % / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / R_pim(I) all: 0.618

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解析

ソフトウェア

名称	分類
PHENIX	精密化
XDS	データ削減
XDS	データスケーリング
AutoSol	位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.68→49 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.24	451	-
R_work	0.19	-	-
obs	-	8819	99.8 %

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.68→49 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	0	1237	19	15	1271

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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