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- PDB-5k65: Crystal structure of VEGF binding IgG1-Fc (Fcab CT6) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5k65
タイトルCrystal structure of VEGF binding IgG1-Fc (Fcab CT6)
要素Ig gamma-1 chain C region
キーワードIMMUNE SYSTEM / antibody engineering / immunoglobulin G1 / Fc fragment / glycosylations / CH3 domain / Fcab / VEGF / vascular endothelial growth factor
機能・相同性
機能・相同性情報


Fc-gamma receptor I complex binding / complement-dependent cytotoxicity / IgG immunoglobulin complex / antibody-dependent cellular cytotoxicity / Classical antibody-mediated complement activation / Initial triggering of complement / immunoglobulin complex, circulating / immunoglobulin receptor binding / FCGR activation / Role of phospholipids in phagocytosis ...Fc-gamma receptor I complex binding / complement-dependent cytotoxicity / IgG immunoglobulin complex / antibody-dependent cellular cytotoxicity / Classical antibody-mediated complement activation / Initial triggering of complement / immunoglobulin complex, circulating / immunoglobulin receptor binding / FCGR activation / Role of phospholipids in phagocytosis / complement activation, classical pathway / antigen binding / FCGR3A-mediated IL10 synthesis / Regulation of Complement cascade / FCGR3A-mediated phagocytosis / B cell receptor signaling pathway / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / antibacterial humoral response / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / blood microparticle / adaptive immune response / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins ...: / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Immunoglobulin heavy constant gamma 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Humm, A. / Lobner, E. / Kitzmuller, M. / Mlynek, G. / Obinger, C. / Djinovic-Carugo, K.
資金援助 オーストリア, 2件
組織認可番号国
Organization Christian Doppler Research AssociationChristian Doppler Laboratory for Antibody Engineering オーストリア
Austrian Science FundFWF W1224 (Doctoral Program on Biomolecular Technology of Proteins, BioTop) オーストリア
引用ジャーナル: MAbs / 年: 2017
タイトル: Two-faced Fcab prevents polymerization with VEGF and reveals thermodynamics and the 2.15 angstrom crystal structure of the complex.
著者: Lobner, E. / Humm, A.S. / Mlynek, G. / Kubinger, K. / Kitzmuller, M. / Traxlmayr, M.W. / Djinovic-Carugo, K. / Obinger, C.
履歴
登録2016年5月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年9月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月13日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.22017年10月11日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_special_symmetry / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.occupancy / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_special_symmetry.label_asym_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_asym_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_seq_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_asym_id / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.22024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ig gamma-1 chain C region
B: Ig gamma-1 chain C region
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,1884
ポリマ－52,0172
非ポリマー2,1712
水1,45981
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6170 Å2
ΔGint33 kcal/mol
Surface area22740 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.490, 72.000, 168.300
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP22121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-632-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Ig gamma-1 chain C region


分子量: 26008.578 Da / 分子数: 2
変異: T359R, K360F, N361Y, E388D, N389I, 389aF, 389bP, 389cN, 389dG, 389eL, D413P, K414Y, S415P, R416S, Q418L, Q419M, N421T, V422R, S440H. S442E, L443Y, S444Q, P445W, G446P, K447T
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IGHG1 / 細胞株 (発現宿主): HEK293-6E / 器官 (発現宿主): Kidney / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P01857
#2: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose- ...2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1260.157 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-2DManpa1-6[DManpa1-3]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/4,7,6/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5][a1221m-1a_1-5]/1-1-2-3-3-1-4/a4-b1_a6-g1_b4-c1_c3-d1_c6-e1_e2-f1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 910.823 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3[DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,5,4/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-e1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 81 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.6 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: Morpheus_C6 0.03M of each NPS: (sodium nitrate, disodium hydrogen phosphate, ammonium sulfate). 0.1M MOPS/HEPES-Na pH 7.5 10% w/v PEG 8000, 20% v/v ethylene glycol

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-3 / 波長: 0.9677 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年11月5日 / 詳細: CRL
放射モノクロメーター: C(110) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9677 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→48.028 Å / Num. obs: 25171 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 4.4 % / Biso Wilson estimate: 64.62 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.1254 / Net I/σ(I): 7.69
反射 シェル解像度: 2.5→2.589 Å / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 1.871 / Mean I/σ(I) obs: 0.74 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
EDNAデータ収集
XDSv.Oct-2015データ削減
XDSv.Oct-2015データスケーリング
PHENIX1.10-2247位相決定
PHENIX1.10-2247精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5K64

5k64


解像度: 2.5→48.028 Å / SU ML: 0.43 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.2 / 位相誤差: 27.48 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2463 3709 7.97 %
Rwork0.221 --
obs0.223 46529 97.96 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→48.028 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3469 0 146 81 3696
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0033743
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6335130
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.4462253
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.045584
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003632
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5-2.53290.3481390.37391655X-RAY DIFFRACTION99
2.5329-2.56760.45271480.36041664X-RAY DIFFRACTION99
2.5676-2.60430.32681370.35261645X-RAY DIFFRACTION99
2.6043-2.64320.33631460.36541695X-RAY DIFFRACTION98
2.6432-2.68450.38591350.3331619X-RAY DIFFRACTION98
2.6845-2.72850.34841460.34611675X-RAY DIFFRACTION98
2.7285-2.77550.37431430.33641665X-RAY DIFFRACTION99
2.7755-2.8260.36561440.33521671X-RAY DIFFRACTION99
2.826-2.88030.32431450.32271650X-RAY DIFFRACTION98
2.8803-2.93910.34551420.32781628X-RAY DIFFRACTION98
2.9391-3.0030.35471390.32571643X-RAY DIFFRACTION97
3.003-3.07290.29941430.31181614X-RAY DIFFRACTION96
3.0729-3.14970.27841450.30521617X-RAY DIFFRACTION97
3.1497-3.23480.30171440.26791660X-RAY DIFFRACTION98
3.2348-3.330.25211470.24581647X-RAY DIFFRACTION98
3.33-3.43740.27511470.2391694X-RAY DIFFRACTION98
3.4374-3.56030.27911410.22861625X-RAY DIFFRACTION98
3.5603-3.70280.26881430.22051670X-RAY DIFFRACTION99
3.7028-3.87120.22321410.22341685X-RAY DIFFRACTION99
3.8712-4.07520.2121390.18971636X-RAY DIFFRACTION99
4.0752-4.33040.22591470.16691629X-RAY DIFFRACTION98
4.3304-4.66450.17331450.14661636X-RAY DIFFRACTION97
4.6645-5.13340.16091380.1471633X-RAY DIFFRACTION96
5.1334-5.87510.21891350.16121591X-RAY DIFFRACTION95
5.8751-7.39760.20311420.1971660X-RAY DIFFRACTION98
7.3976-48.03670.21551480.1931613X-RAY DIFFRACTION97
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.257-0.8618-1.48165.0549-1.05892.7094-0.241-0.3144-0.12550.9662-0.14830.0301-0.24180.20360.00010.9962-0.10050.02640.76-0.00270.6584-24.6262-24.451546.5917
22.66580.59150.54973.59611.67643.1345-0.0485-0.06480.12160.078-0.30330.4813-0.3905-0.3424-00.52930.0218-0.02880.5359-0.03140.6112-32.463-20.816714.4172
33.6810.27850.21122.38831.09040.71730.0297-1.6088-0.48030.8947-0.0179-0.33170.0130.05960.00020.8946-0.0596-0.16991.34950.11891.02515.3933-32.86327.0691
42.7197-0.59280.38333.4101-0.30083.2834-0.04160.2210.0562-0.0804-0.0546-0.3502-0.52410.301600.5848-0.0815-0.02180.5663-0.02470.6071-16.857-18.99796.5434
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 236 through 340 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 341 through 445 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid 239 through 340 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 341 through 445 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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