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- PDB-5k5t: Crystal structure of the inactive form of human calcium-sensing r... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5k5t
タイトルCrystal structure of the inactive form of human calcium-sensing receptor extracellular domain
要素Extracellular calcium-sensing receptor
キーワードSIGNALING PROTEIN / Venus Flytrap module / cysteine rich domain / homodimer
機能・相同性
機能・相同性情報


bile acid secretion / chemosensory behavior / cellular response to peptide / response to fibroblast growth factor / cellular response to vitamin D / phosphatidylinositol phospholipase C activity / Class C/3 (Metabotropic glutamate/pheromone receptors) / calcium ion import / positive regulation of positive chemotaxis / fat pad development ...bile acid secretion / chemosensory behavior / cellular response to peptide / response to fibroblast growth factor / cellular response to vitamin D / phosphatidylinositol phospholipase C activity / Class C/3 (Metabotropic glutamate/pheromone receptors) / calcium ion import / positive regulation of positive chemotaxis / fat pad development / amino acid binding / cellular response to hepatocyte growth factor stimulus / branching morphogenesis of an epithelial tube / positive regulation of calcium ion import / regulation of calcium ion transport / cellular response to low-density lipoprotein particle stimulus / detection of calcium ion / anatomical structure morphogenesis / axon terminus / JNK cascade / positive regulation of vasoconstriction / chloride transmembrane transport / adenylate cyclase-inhibiting G protein-coupled receptor signaling pathway / ossification / response to ischemia / G protein-coupled receptor activity / cellular response to glucose stimulus / positive regulation of insulin secretion / intracellular calcium ion homeostasis / vasodilation / integrin binding / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / G alpha (i) signalling events / cellular response to hypoxia / G alpha (q) signalling events / basolateral plasma membrane / transmembrane transporter binding / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / G protein-coupled receptor signaling pathway / apical plasma membrane / neuronal cell body / calcium ion binding / positive regulation of cell population proliferation / positive regulation of gene expression / protein kinase binding / cell surface / protein homodimerization activity / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
GPCR, family 3, extracellular calcium-sensing receptor-related / G-protein coupled receptors family 3 signature 1. / G-protein coupled receptors family 3 signature 2. / GPCR, family 3, nine cysteines domain / GPCR, family 3, nine cysteines domain superfamily / Nine Cysteines Domain of family 3 GPCR / GPCR, family 3, conserved site / G-protein coupled receptors family 3 signature 3. / GPCR, family 3 / G-protein coupled receptors family 3 profile. ...GPCR, family 3, extracellular calcium-sensing receptor-related / G-protein coupled receptors family 3 signature 1. / G-protein coupled receptors family 3 signature 2. / GPCR, family 3, nine cysteines domain / GPCR, family 3, nine cysteines domain superfamily / Nine Cysteines Domain of family 3 GPCR / GPCR, family 3, conserved site / G-protein coupled receptors family 3 signature 3. / GPCR, family 3 / G-protein coupled receptors family 3 profile. / GPCR family 3, C-terminal / 7 transmembrane sweet-taste receptor of 3 GCPR / Receptor, ligand binding region / Receptor family ligand binding region / Periplasmic binding protein-like I
類似検索 - ドメイン・相同性
Extracellular calcium-sensing receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Geng, Y. / Mosyak, L. / Kurinov, I. / Zuo, H. / Sturchler, E. / Cheng, T.C. / Subramanyam, P. / Brown, A.P. / Brennan, S.C. / Mun, H.-C. ...Geng, Y. / Mosyak, L. / Kurinov, I. / Zuo, H. / Sturchler, E. / Cheng, T.C. / Subramanyam, P. / Brown, A.P. / Brennan, S.C. / Mun, H.-C. / Bush, M. / Chen, Y. / Nguyen, T. / Cao, B. / Chang, D. / Quick, M. / Conigrave, A. / Colecraft, H.M. / McDonald, P. / Fan, Q.R.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
American Heart Association15GRNT25420002 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM112973 米国
引用ジャーナル: Elife / 年: 2016
タイトル: Structural mechanism of ligand activation in human calcium-sensing receptor.
著者: Geng, Y. / Mosyak, L. / Kurinov, I. / Zuo, H. / Sturchler, E. / Cheng, T.C. / Subramanyam, P. / Brown, A.P. / Brennan, S.C. / Mun, H.C. / Bush, M. / Chen, Y. / Nguyen, T.X. / Cao, B. / Chang, ...著者: Geng, Y. / Mosyak, L. / Kurinov, I. / Zuo, H. / Sturchler, E. / Cheng, T.C. / Subramanyam, P. / Brown, A.P. / Brennan, S.C. / Mun, H.C. / Bush, M. / Chen, Y. / Nguyen, T.X. / Cao, B. / Chang, D.D. / Quick, M. / Conigrave, A.D. / Colecraft, H.M. / McDonald, P. / Fan, Q.R.
履歴
登録2016年5月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年8月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月20日Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22019年12月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_conn_type.id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Extracellular calcium-sensing receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,10412
ポリマ－69,2281
非ポリマー1,87711
水77543
1
A: Extracellular calcium-sensing receptor
ヘテロ分子

A: Extracellular calcium-sensing receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)142,20924
ポリマ－138,4552
非ポリマー3,75322
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation11_554-x+1/2,y,-z-1/21
Buried area9870 Å2
ΔGint-107 kcal/mol
Surface area55810 Å2
手法PISA
2
A: Extracellular calcium-sensing receptor
ヘテロ分子

A: Extracellular calcium-sensing receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)142,20924
ポリマ－138,4552
非ポリマー3,75322
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
Buried area8810 Å2
ΔGint-84 kcal/mol
Surface area56860 Å2
手法PISA
3
A: Extracellular calcium-sensing receptor
ヘテロ分子

A: Extracellular calcium-sensing receptor
ヘテロ分子

A: Extracellular calcium-sensing receptor
ヘテロ分子

A: Extracellular calcium-sensing receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)284,41748
ポリマ－276,9104
非ポリマー7,50744
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
Buried area21350 Å2
ΔGint-177 kcal/mol
Surface area110010 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)126.330, 150.150, 214.580
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number22
Space group name H-MF222

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要素

#1: タンパク質 Extracellular calcium-sensing receptor / CaSR / Parathyroid cell calcium-sensing receptor 1 / PCaR1


分子量: 69227.617 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CASR, GPRC2A, PCAR1
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P41180
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 43 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.59 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 1.5 M Li2SO4, 100 mM Tris pH 8.5, 2 mM CaCl2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年11月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→107.21 Å / Biso Wilson estimate: 130.17 Å2
反射 シェル解像度: 3.1→3.6 Å / 冗長度: 6.8 % / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.1精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.1→107.21 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9241 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.918 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.397
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2386 845 5.05 %RANDOM
Rwork0.2222 ---
obs0.223 16747 89.53 %-
原子変位パラメータBiso mean: 110.92 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--5.1523 Å20 Å20 Å2
2--3.0765 Å20 Å2
3---2.0758 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.755 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.1→107.21 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4564 0 114 43 4721
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0084800HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.156526HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1663SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes127HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes700HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it4800HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.62
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion16.69
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion643SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact5388SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 3.1→3.31 Å / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3562 83 5.05 %
Rwork0.2681 1560 -
all0.2726 1643 -
obs--89.53 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 5.4621 Å / Origin y: -18.773 Å / Origin z: -43.8814 Å
111213212223313233
T0.003 Å2-0.0086 Å20.0368 Å2--0.0144 Å2-0.0311 Å2---0.0085 Å2
L0.6923 °20.213 °2-0.4193 °2-0.3836 °2-0.1036 °2--0.237 °2
S-0.0037 Å °0.0095 Å °-0.0105 Å °-0.0124 Å °0.0025 Å °0.0282 Å °0.0044 Å °0.0057 Å °0.0012 Å °
精密化 TLSグループSelection details: { A|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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