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- PDB-5k5l: Homo sapiens CCCTC-binding factor (CTCF) ZnF6-8 and H19 sequence ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5k5l
タイトルHomo sapiens CCCTC-binding factor (CTCF) ZnF6-8 and H19 sequence DNA complex structure
要素
  • DNA (5'-D(*GP*TP*TP*GP*CP*CP*GP*CP*GP*TP*G)-3')
  • DNA (5'-D(P*AP*CP*GP*CP*GP*GP*CP*AP*AP*C)-3')
  • Transcriptional repressor CTCF
キーワードTRANSCRIPTION/DNA / CCCTC-binding factor / CTCF / zinc finger / TRANSCRIPTION-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


chromatin insulator sequence binding / regulation of centromeric sister chromatid cohesion / protein localization to chromosome, centromeric region / genomic imprinting / chromatin looping / cardiac muscle cell development / DNA methylation-dependent constitutive heterochromatin formation / negative regulation of gene expression via chromosomal CpG island methylation / chromosome, centromeric region / condensed chromosome ...chromatin insulator sequence binding / regulation of centromeric sister chromatid cohesion / protein localization to chromosome, centromeric region / genomic imprinting / chromatin looping / cardiac muscle cell development / DNA methylation-dependent constitutive heterochromatin formation / negative regulation of gene expression via chromosomal CpG island methylation / chromosome, centromeric region / condensed chromosome / epigenetic regulation of gene expression / transcription coregulator binding / male germ cell nucleus / mitochondrion organization / chromosome segregation / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis / sequence-specific DNA binding / gene expression / in utero embryonic development / transcription cis-regulatory region binding / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of cell population proliferation / negative regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of gene expression / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / nucleolus / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
: / : / C2H2 zinc finger / Zinc finger, C2H2 type / zinc finger / Zinc finger C2H2 type domain profile. / Zinc finger C2H2 superfamily / Zinc finger C2H2 type domain signature. / Zinc finger C2H2-type
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Transcriptional repressor CTCF
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 3.125 Å
データ登録者Hashimoto, H. / Cheng, X.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM049245 米国
引用ジャーナル: Mol. Cell / 年: 2017
タイトル: Structural Basis for the Versatile and Methylation-Dependent Binding of CTCF to DNA.
著者: Hashimoto, H. / Wang, D. / Horton, J.R. / Zhang, X. / Corces, V.G. / Cheng, X.
履歴
登録2016年5月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年5月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年6月7日Group: Database references
改定 1.22017年6月14日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_id_ASTM ..._citation.country / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32017年9月20日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42019年12月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52024年3月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA (5'-D(*GP*TP*TP*GP*CP*CP*GP*CP*GP*TP*G)-3')
B: DNA (5'-D(P*AP*CP*GP*CP*GP*GP*CP*AP*AP*C)-3')
C: DNA (5'-D(*GP*TP*TP*GP*CP*CP*GP*CP*GP*TP*G)-3')
D: DNA (5'-D(P*AP*CP*GP*CP*GP*GP*CP*AP*AP*C)-3')
E: Transcriptional repressor CTCF
F: Transcriptional repressor CTCF
G: Transcriptional repressor CTCF
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,58714
ポリマ－46,1307
非ポリマー4587
水362
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6610 Å2
ΔGint-35 kcal/mol
Surface area19720 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)126.792, 52.397, 69.135
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*TP*TP*GP*CP*CP*GP*CP*GP*TP*G)-3')


分子量: 3381.195 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(P*AP*CP*GP*CP*GP*GP*CP*AP*AP*C)-3')


分子量: 3328.189 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: タンパク質 Transcriptional repressor CTCF / 11-zinc finger protein / CCCTC-binding factor / CTCFL paralog


分子量: 10903.598 Da / 分子数: 3 / Fragment: unp residues 405-492 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CTCF / プラスミド: pXC1197 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) RIL-codon plus / 参照: UniProt: P49711
#4: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.59 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9.5
詳細: 20% (w/v) polyethylene glycol 8,000 0.1 M CHES-NaOH pH 9.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1.2829 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2013年10月26日
放射モノクロメーター: Si (1 1 1) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.2829 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.125→46.725 Å / Num. obs: 15139 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.5 % / Biso Wilson estimate: 70.25 Å2 / CC1/2: 0.98 / Rmerge(I) obs: 0.114 / Net I/σ(I): 14.917
反射 シェル解像度: 3.125→3.21 Å / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.392 / Mean I/σ(I) obs: 3.556 / % possible all: 91.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(dev_2313: ???)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
AutoSol位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 3.125→46.725 Å / SU ML: 0.43 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 27.49
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2702 756 4.99 %Random
Rwork0.2362 ---
obs0.2379 15139 96.05 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.125→46.725 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1642 856 7 2 2507
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0052670
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5353718
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.6731422
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.039393
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003329
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / % reflection Rfree: 5 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
3.1255-3.23720.3705630.3326114177
3.2372-3.36680.3127730.2934142395
3.3668-3.51990.3259770.2708146998
3.5199-3.70540.3147810.2643146298
3.7054-3.93750.3213810.26221493100
3.9375-4.24130.2512770.2491485100
4.2413-4.66780.3046800.23371515100
4.6678-5.34240.272770.21611498100
5.3424-6.72760.2311770.2178148399
6.7276-46.70.2085700.1957141494
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.76034.2461-4.07657.3747-5.21284.0190.52681.1759-0.8011-1.1930.41290.5844-0.2101-0.5093-0.73621.42670.1186-0.21891.2891-0.02750.7105144.263617.9628-13.1148
25.9264-0.80842.72844.82083.46594.36730.65981.5506-0.2714-0.74470.62460.20381.063-0.0331-1.13321.6305-0.2043-0.041.27350.16660.6611144.941117.3357-11.9992
35.1597-4.41071.53325.49871.44436.07840.317-1.23390.40671.03490.32090.1747-0.98390.7817-0.50021.1175-0.39190.14541.5947-0.00060.6288143.382717.410523.1053
44.0358-2.847-4.78766.8622.90338.45790.7895-1.16670.16840.9909-0.0745-0.2901-0.7748-0.9273-0.44310.9518-0.2181-0.03471.41290.0070.5825143.46217.139821.8367
57.74131.37670.74687.6693-3.40231.7565-0.28410.37070.06640.51760.5263-1.31661.4471-1.30790.18320.944-0.3728-0.06691.1994-0.12980.5201152.574932.3687-22.2442
61.57010.33260.46183.87960.55057.8097-0.32910.9137-0.0947-0.4814-0.11850.32720.9401-0.27330.41770.7595-0.0707-0.10530.9172-0.04630.4389142.600135.1647-9.3621
77.2022-0.0773.71623.15911.84348.29370.6026-0.6131-0.8830.9675-0.26750.1729-0.33690.309-0.44750.4106-0.2073-0.04150.55190.16020.8731130.89668.54116.7004
84.87860.9828-0.14323.1361-0.25934.96140.165-0.3223-3.07990.1038-0.4477-1.19180.80970.94290.08120.62810.0836-0.07840.88920.09521.2711128.23615.5763.8407
97.5913-5.52053.16076.421-6.64329.15080.40061.014-0.0232-2.31181.7033.1325-0.0764-3.07292.50170.8193-0.0122-0.22430.72470.44320.8296141.2718-4.4528-11.8544
105.913-5.60162.07387.3372-0.82341.3717-0.1974-0.980.92331.87031.06751.9666-0.7849-0.97190.05960.78350.17910.42990.68830.36811.2288145.22021.9732-4.8448
112.4253-0.9408-2.33364.0645-0.18917.25150.24-1.15030.14620.7664-0.24340.1816-0.35040.6025-0.14940.5889-0.17220.0170.7513-0.03630.2452160.612518.658113.647
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 1:11)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain B and resid 2:11)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain C and resid 1:11)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain D and resid 1:11)
5X-RAY DIFFRACTION5(chain E and resid 436:448)
6X-RAY DIFFRACTION6(chain E and resid 449:491)
7X-RAY DIFFRACTION7(chain F and resid 436:471)
8X-RAY DIFFRACTION8(chain F and resid 472:492)
9X-RAY DIFFRACTION9(chain G and resid 408:417)
10X-RAY DIFFRACTION10(chain G and resid 418:436)
11X-RAY DIFFRACTION11(chain G and resid 437:491)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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