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- PDB-5k5c: Structure of Mycobacterium thermoresistibile trehalose-6-phosphat... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5k5c
タイトルStructure of Mycobacterium thermoresistibile trehalose-6-phosphate synthase in a complex with Trehalose.
要素Alpha,alpha-trehalose-phosphate synthase
キーワードTRANSFERASE / OtsA trehalose-6-phosphate synthase / Trehalose
機能・相同性
機能・相同性情報


alpha,alpha-trehalose-phosphate synthase (ADP-forming) / alpha,alpha-trehalose-phosphate synthase (UDP-forming) activity / trehalose biosynthetic process / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
Glycosyl transferase, family 20 / Glycosyltransferase family 20 / Glycogen Phosphorylase B; / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
trehalose / alpha,alpha-trehalose-phosphate synthase (ADP-forming)
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium thermoresistibile (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.848 Å
データ登録者Mendes, V. / Verma, N. / Blaszczyk, M. / Blundell, T.L.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Bill & Melinda Gates Foundation 米国
引用ジャーナル: Mbio / 年: 2019
タイトル: Mycobacterial OtsA Structures Unveil Substrate Preference Mechanism and Allosteric Regulation by 2-Oxoglutarate and 2-Phosphoglycerate.
著者: Mendes, V. / Acebron-Garcia-de-Eulate, M. / Verma, N. / Blaszczyk, M. / Dias, M.V.B. / Blundell, T.L.
履歴
登録2016年5月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年6月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月13日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22020年1月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.src_method / _entity.type
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Alpha,alpha-trehalose-phosphate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,93412
ポリマ－54,6811
非ポリマー1,25311
水6,684371
1
A: Alpha,alpha-trehalose-phosphate synthase
ヘテロ分子

A: Alpha,alpha-trehalose-phosphate synthase
ヘテロ分子

A: Alpha,alpha-trehalose-phosphate synthase
ヘテロ分子

A: Alpha,alpha-trehalose-phosphate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)223,73848
ポリマ－218,7244
非ポリマー5,01444
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_545y+1/2,x-1/2,-z+1/21
crystal symmetry operation10_875-x+3,-y+2,z1
crystal symmetry operation16_775-y+5/2,-x+5/2,-z+1/21
単位格子
Length a, b, c (Å)127.318, 127.318, 207.387
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number98
Space group name H-MI4122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-886-

HOH

21A-942-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Alpha,alpha-trehalose-phosphate synthase


分子量: 54681.047 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium thermoresistibile (バクテリア)
遺伝子: RMCT_1906, OtsA / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A117IMA6
#2: 多糖 alpha-D-glucopyranose-(1-1)-alpha-D-glucopyranose / trehalose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 栄養素 / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: oligosaccharide with reducing-end-to-reducing-end glycosidic bond
参照: trehalose
記述子タイププログラム
DGlcpa1-1DGlcpaGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1a_1-5]/1-1/a1-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Glcp]{[(1+1)][a-D-Glcp]{}}LINUCSPDB-CARE
#3: 化合物 ChemComp-NHE / 2-[N-CYCLOHEXYLAMINO]ETHANE SULFONIC ACID / N-CYCLOHEXYLTAURINE / CHES / 2-(シクロヘキシルアミノ)エタンスルホン酸


分子量: 207.290 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H17NO3S / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 371 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.99 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 10
詳細: 0.1M CHES pH 10 0.7M sodium potassium tartrate 10% v/v ethylene glycol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.96862 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年3月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.96862 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.848→103.69 Å / Num. obs: 72774 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.7 % / Biso Wilson estimate: 28.44 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.078 / Net I/σ(I): 20.1
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsDiffraction-ID% possible all
1.85-2.0210.70.81100
4.53-103.6912.40.0391100

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation7.45 Å90.03 Å
Translation7.45 Å90.03 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
Aimless0.2.17データスケーリング
PHASER2.5.3位相決定
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5JIJ

5jij


解像度: 1.848→41.578 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 18.27
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1747 3595 4.95 %
Rwork0.1509 --
obs0.152 72668 99.89 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.848→41.578 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3645 0 81 371 4097
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0073864
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0285256
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.0221442
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.043586
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004684
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8484-1.87270.31871380.29092635X-RAY DIFFRACTION100
1.8727-1.89840.28671310.25162626X-RAY DIFFRACTION100
1.8984-1.92550.26521350.23222599X-RAY DIFFRACTION100
1.9255-1.95420.23811480.2162608X-RAY DIFFRACTION100
1.9542-1.98480.25321120.20392626X-RAY DIFFRACTION100
1.9848-2.01730.20321500.18792637X-RAY DIFFRACTION100
2.0173-2.05210.2011440.18142620X-RAY DIFFRACTION100
2.0521-2.08940.19071480.17642605X-RAY DIFFRACTION100
2.0894-2.12960.18551530.16322610X-RAY DIFFRACTION100
2.1296-2.17310.18411190.15312665X-RAY DIFFRACTION100
2.1731-2.22030.16641540.15252599X-RAY DIFFRACTION100
2.2203-2.2720.18941340.14722639X-RAY DIFFRACTION100
2.272-2.32880.18221340.14322645X-RAY DIFFRACTION100
2.3288-2.39170.1721350.15442637X-RAY DIFFRACTION100
2.3917-2.46210.18391420.15562641X-RAY DIFFRACTION100
2.4621-2.54160.18441400.15932663X-RAY DIFFRACTION100
2.5416-2.63240.19231340.15992637X-RAY DIFFRACTION100
2.6324-2.73780.19141540.16332638X-RAY DIFFRACTION100
2.7378-2.86230.24051370.16922685X-RAY DIFFRACTION100
2.8623-3.01320.18531350.16412657X-RAY DIFFRACTION100
3.0132-3.20190.19971220.16412685X-RAY DIFFRACTION100
3.2019-3.4490.17441310.15642687X-RAY DIFFRACTION100
3.449-3.79590.16231400.13372689X-RAY DIFFRACTION100
3.7959-4.34470.13171240.11492731X-RAY DIFFRACTION100
4.3447-5.47190.13141470.11472740X-RAY DIFFRACTION100
5.4719-41.58820.1511540.14422869X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.9774-0.07260.39831.34770.28231.9605-0.13580.06040.2777-0.1115-0.00860.2667-0.3796-0.79310.10270.25710.1364-0.02270.4993-0.01860.295155.3639122.939944.6332
21.15060.2703-0.38460.8513-0.19981.8696-0.02720.04680.0593-0.08280.00460.06060.0274-0.33180.01580.20840.0073-0.00790.1772-0.02330.199173.2448113.566629.0699
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 8 through 213 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 214 through 477 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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