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- PDB-5k5b: Wild-type PAS-GAF fragment from Deinococcus radiodurans BphP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5k5b
タイトルWild-type PAS-GAF fragment from Deinococcus radiodurans BphP
要素Bacteriophytochrome
キーワードTRANSFERASE / Kinase Photosensor Transferase Phytochrome
機能・相同性
機能・相同性情報


osmosensory signaling via phosphorelay pathway / detection of visible light / phosphorelay response regulator activity / protein kinase activator activity / histidine kinase / photoreceptor activity / phosphorelay sensor kinase activity / regulation of DNA-templated transcription / ATP binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Phytochrome, PHY domain superfamily / PAS fold-2 / PAS fold / Phytochrome, central region / Phytochrome region / Phytochrome chromophore attachment domain / Phytochrome chromophore attachment site domain profile. / GAF domain / PAS domain / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain superfamily ...Phytochrome, PHY domain superfamily / PAS fold-2 / PAS fold / Phytochrome, central region / Phytochrome region / Phytochrome chromophore attachment domain / Phytochrome chromophore attachment site domain profile. / GAF domain / PAS domain / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain superfamily / Signal transduction histidine kinase-related protein, C-terminal / Histidine kinase domain / Histidine kinase domain profile. / GAF domain / Domain present in phytochromes and cGMP-specific phosphodiesterases. / GAF domain / GAF-like domain superfamily / Beta-Lactamase / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / PAS domain superfamily / Histidine kinase-like ATPases / Histidine kinase/HSP90-like ATPase / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Chem-LBV / Bacteriophytochrome
類似検索 - 構成要素
生物種Deinococcus radiodurans (放射線耐性)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.35 Å
データ登録者Takala, H. / Edlund, P. / Claesson, E. / Ihalainen, J.A. / Westenhoff, S.
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2016
タイトル: The room temperature crystal structure of a bacterial phytochrome determined by serial femtosecond crystallography.
著者: Edlund, P. / Takala, H. / Claesson, E. / Henry, L. / Dods, R. / Lehtivuori, H. / Panman, M. / Pande, K. / White, T. / Nakane, T. / Berntsson, O. / Gustavsson, E. / Bath, P. / Modi, V. / Roy- ...著者: Edlund, P. / Takala, H. / Claesson, E. / Henry, L. / Dods, R. / Lehtivuori, H. / Panman, M. / Pande, K. / White, T. / Nakane, T. / Berntsson, O. / Gustavsson, E. / Bath, P. / Modi, V. / Roy-Chowdhury, S. / Zook, J. / Berntsen, P. / Pandey, S. / Poudyal, I. / Tenboer, J. / Kupitz, C. / Barty, A. / Fromme, P. / Koralek, J.D. / Tanaka, T. / Spence, J. / Liang, M. / Hunter, M.S. / Boutet, S. / Nango, E. / Moffat, K. / Groenhof, G. / Ihalainen, J. / Stojkovic, E.A. / Schmidt, M. / Westenhoff, S.
履歴
登録2016年5月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年10月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年11月2日Group: Database references
改定 1.22024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bacteriophytochrome
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,1106
ポリマ－37,2291
非ポリマー8815
水5,801322
1
A: Bacteriophytochrome
ヘテロ分子

A: Bacteriophytochrome
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,22112
ポリマ－74,4592
非ポリマー1,76210
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area5450 Å2
ΔGint-56 kcal/mol
Surface area27130 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)93.760, 54.280, 70.150
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 92.200, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Bacteriophytochrome / Phytochrome-like protein


分子量: 37229.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Deinococcus radiodurans (放射線耐性)
株: ATCC 13939 / DSM 20539 / JCM 16871 / LMG 4051 / NBRC 15346 / NCIMB 9279 / R1 / VKM B-1422
遺伝子: bphP, DR_A0050 / プラスミド: PET21B / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9RZA4, histidine kinase
#2: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#3: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-LBV / 3-[2-[(Z)-[3-(2-carboxyethyl)-5-[(Z)-(4-ethenyl-3-methyl-5-oxidanylidene-pyrrol-2-ylidene)methyl]-4-methyl-pyrrol-1-ium -2-ylidene]methyl]-5-[(Z)-[(3E)-3-ethylidene-4-methyl-5-oxidanylidene-pyrrolidin-2-ylidene]methyl]-4-methyl-1H-pyrrol-3- yl]propanoic acid / 2(R),3(E)- PHYTOCHROMOBILIN


分子量: 585.670 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C33H37N4O6
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 322 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.66 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.95
詳細: sodium acetate, PEG 400, DTT, 2-methyl-2, 4-pentanediol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.972957 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年11月12日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.972957 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.35→46.97 Å / Num. obs: 75872 / % possible obs: 98.1 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.36 % / Biso Wilson estimate: 25.092 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.036 / Net I/σ(I): 18.37
反射 シェル
解像度 (Å)最高解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsDiffraction-ID% possible all
1.35-1.384.230.562.31195.7
1.38-20.1119.69197.8
2-2.40.03630.68199
2.4-30.02940.38199.6
3-40.02647.74199.3
4-80.02951.24199.4
8-150.03453.421100
150.03648.35189.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XSCALEOct 15, 2015データスケーリング
PHASER2.5.7位相決定
REFMAC5.8.0135精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4Q0H

4q0h


解像度: 1.35→39.37 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.977 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.97 / SU B: 1.483 / SU ML: 0.027 / SU R Cruickshank DPI: 0.0479 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.048 / ESU R Free: 0.047
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1709 3795 5 %RANDOM
Rwork0.1407 ---
obs0.1422 72086 98.07 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 78.41 Å2 / Biso mean: 25.474 Å2 / Biso min: 11.78 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.08 Å20 Å2-0.2 Å2
2--0 Å20 Å2
3----0.07 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.35→39.37 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2335 0 63 322 2720
Biso mean--21.22 36.73 -
残基数----306
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0192576
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5062.0063537
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3275326
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.03923.143105
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.68415390
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.911520
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0850.2401
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0221996
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.6752.2161279
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.2353.3111606
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.1342.4811296
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr1.65432575
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free30.668583
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded13.88852744
LS精密化 シェル解像度: 1.35→1.385 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.288 275 -
Rwork0.26 5211 -
all-5486 -
obs--95.69 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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