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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5k52 | ||||||
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タイトル | Crystal structures of aldehyde deformylating oxygenase from Limnothrix sp. KNUA012 | ||||||
要素 | Aldehyde decarbonylase | ||||||
キーワード | METAL BINDING PROTEIN / ferritin-like di-iron protein | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Limnothrix sp. KNUA012 (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å | ||||||
データ登録者 | Park, A.K. / Kim, H-.W. | ||||||
資金援助 | 韓国, 1件
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引用 | ジャーナル: Biochem. Biophys. Res. Commun. / 年: 2016 タイトル: Crystal structures of aldehyde deformylating oxygenase from Limnothrix sp. KNUA012 and Oscillatoria sp. KNUA011. 著者: Park, A.K. / Kim, I.S. / Jeon, B.W. / Roh, S.J. / Ryu, M.Y. / Baek, H.R. / Jo, S.W. / Kim, Y.S. / Park, H. / Lee, J.H. / Yoon, H.S. / Kim, H.W. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5k52.cif.gz | 188.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5k52.ent.gz | 149.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5k52.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5k52_validation.pdf.gz | 830.1 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 5k52_full_validation.pdf.gz | 843.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | 5k52_validation.xml.gz | 32.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5k52_validation.cif.gz | 45.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k5/5k52 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k5/5k52 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 29417.166 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Limnothrix sp. KNUA012 (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: A0A193CDY9, aldehyde oxygenase (deformylating) #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | 配列の詳細 | A sequence reference for this protein does not currently exist. | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.18 % |
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結晶化 | 温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Bis-Tris propane, sodium chloride |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 5C (4A) / 波長: 0.9795 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年5月14日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9795 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.4→50 Å / Num. obs: 52273 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 12 % / Rmerge(I) obs: 0.192 / Rpim(I) all: 0.071 / Rrim(I) all: 0.202 / Χ2: 2.423 / Net I/av σ(I): 24.037 / Net I/σ(I): 4.7 / Num. measured all: 628548 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1 / Rejects: _
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4QUW 解像度: 2.4→50.01 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.928 / SU B: 9.784 / SU ML: 0.213 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.31 / ESU R Free: 0.246 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | |||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 147.05 Å2 / Biso mean: 59.6935 Å2 / Biso min: 28.73 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.4→50.01 Å
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.4→2.462 Å / Total num. of bins used: 20
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