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- PDB-5k4y: Three-dimensional structure of L-threonine 3-dehydrogenase from T... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5k4y
タイトルThree-dimensional structure of L-threonine 3-dehydrogenase from Trypanosoma brucei refined to 1.77 angstroms
要素L-threonine 3-dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Short-chain dehydrogenase / threonine / holo
機能・相同性
機能・相同性情報


L-threonine 3-dehydrogenase / L-threonine 3-dehydrogenase activity / L-threonine catabolic process / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
: / NAD-dependent epimerase/dehydratase / NAD dependent epimerase/dehydratase family / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / L-threonine 3-dehydrogenase, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Trypanosoma brucei (トリパノソーマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.77 Å
データ登録者Adjogatse, E.A. / Erskine, P.T. / Cooper, J.B.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2018
タイトル: Structure and function of L-threonine-3-dehydrogenase from the parasitic protozoan Trypanosoma brucei revealed by X-ray crystallography and geometric simulations.
著者: Adjogatse, E. / Erskine, P. / Wells, S.A. / Kelly, J.M. / Wilden, J.D. / Chan, A.W.E. / Selwood, D. / Coker, A. / Wood, S. / Cooper, J.B.
履歴
登録2016年5月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年1月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年9月19日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.22018年10月10日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: L-threonine 3-dehydrogenase
B: L-threonine 3-dehydrogenase
C: L-threonine 3-dehydrogenase
D: L-threonine 3-dehydrogenase
E: L-threonine 3-dehydrogenase
F: L-threonine 3-dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)219,09133
ポリマ－214,2556
非ポリマー4,83627
水26,0861448
1
C: L-threonine 3-dehydrogenase
ヘテロ分子

A: L-threonine 3-dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,98010
ポリマ－71,4182
非ポリマー1,5628
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_575x+1/2,-y+5/2,-z1
2
B: L-threonine 3-dehydrogenase
ヘテロ分子

D: L-threonine 3-dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,03912
ポリマ－71,4182
非ポリマー1,62010
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_475x-1/2,-y+5/2,-z1
3
E: L-threonine 3-dehydrogenase
ヘテロ分子

F: L-threonine 3-dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,07211
ポリマ－71,4182
非ポリマー1,6549
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_676-x+1,-y+2,z+11
4
A: L-threonine 3-dehydrogenase
ヘテロ分子

C: L-threonine 3-dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,98010
ポリマ－71,4182
非ポリマー1,5628
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_475x-1/2,-y+5/2,-z1
Buried area6050 Å2
ΔGint-83 kcal/mol
Surface area24780 Å2
手法PISA
5
D: L-threonine 3-dehydrogenase
ヘテロ分子

B: L-threonine 3-dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,03912
ポリマ－71,4182
非ポリマー1,62010
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_575x+1/2,-y+5/2,-z1
Buried area6360 Å2
ΔGint-109 kcal/mol
Surface area24520 Å2
手法PISA
6
F: L-threonine 3-dehydrogenase
ヘテロ分子

E: L-threonine 3-dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,07211
ポリマ－71,4182
非ポリマー1,6549
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_674-x+1,-y+2,z-11
Buried area6350 Å2
ΔGint-82 kcal/mol
Surface area24400 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)133.451, 278.630, 56.270
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

-
タンパク質 , 1種, 6分子 ABCDEF

#1: タンパク質
L-threonine 3-dehydrogenase


分子量: 35709.160 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trypanosoma brucei (トリパノソーマ)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q7YW97, L-threonine 3-dehydrogenase

-
非ポリマー , 6種, 1475分子

#2: 化合物
ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / コメント: NAD*YM
#3: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION


分子量: 59.044 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION


分子量: 22.990 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1448 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.7 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 0.1M tri-sodium citrate, 25% w/v PEG 4K, 0.2M sodium acetate, NAD+ (10mM)

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.92001 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年4月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.92001 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.77→40.12 Å / Num. obs: 203411 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.2 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.086 / Net I/σ(I): 12.7
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsDiffraction-ID% possible all
1.77-1.86.30.414199.9
9.72-40.126.50.037198.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.1.26データスケーリング
REFMAC5.7.0032精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
MOLREP位相決定
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.77→39.6 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.946 / SU B: 2.129 / SU ML: 0.068 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.107 / ESU R Free: 0.107
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2007 10231 5 %RANDOM
Rwork0.1607 ---
obs0.1627 193067 99.78 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 85.03 Å2 / Biso mean: 19.218 Å2 / Biso min: 6.3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.04 Å2-0 Å2-0 Å2
2--0.02 Å20 Å2
3----0.06 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.77→39.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14998 0 308 1448 16754
Biso mean--13.37 25.84 -
残基数----1919
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.020.0215871
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0215135
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9752.00821625
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9533.00234868
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.7851980
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.18223.873630
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.545152743
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.9861594
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.130.22455
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.02117516
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.023318
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.8031.6967770
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.8011.6957763
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.5572.5339715
LS精密化 シェル解像度: 1.774→1.82 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.239 736 -
Rwork0.182 14203 -
all-14939 -
obs--99.93 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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