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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5k3q | |||||||||
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タイトル | Rhesus macaques Trim5alpha Bbox2 domain | |||||||||
![]() | Tripartite motif-containing protein 5,Tripartite motif-containing protein 5 | |||||||||
![]() | LIGASE / Zinc finger Bbox2 Antiretroviral | |||||||||
機能・相同性 | ![]() regulation of viral entry into host cell / regulation of lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / suppression of viral release by host / negative regulation of viral entry into host cell / negative regulation of viral transcription / pattern recognition receptor activity / negative regulation of viral genome replication / protein K63-linked ubiquitination / positive regulation of autophagy / activation of innate immune response ...regulation of viral entry into host cell / regulation of lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / suppression of viral release by host / negative regulation of viral entry into host cell / negative regulation of viral transcription / pattern recognition receptor activity / negative regulation of viral genome replication / protein K63-linked ubiquitination / positive regulation of autophagy / activation of innate immune response / P-body / RING-type E3 ubiquitin transferase / positive regulation of DNA-binding transcription factor activity / autophagy / protein polyubiquitination / ubiquitin-protein transferase activity / regulation of protein localization / ubiquitin protein ligase activity / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / defense response to virus / positive regulation of MAPK cascade / innate immune response / protein kinase binding / protein homodimerization activity / zinc ion binding / nucleoplasm / identical protein binding / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Keown, J.K. / Goldstone, D.C. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of the Trim5 alpha Bbox2 domain from rhesus macaques describes a plastic oligomerisation interface. 著者: Keown, J.R. / Goldstone, D.C. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 91.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 67 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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詳細 | Dimer confirmed analytical ultracentrifugation |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 11746.503 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: Q0PF16, 合成酵素; C-N結合を形成; 酸-D-アミノ酸リガーゼ(ペプチド合成) #2: 化合物 | ChemComp-ZN / #3: 化合物 | ChemComp-NO3 / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 配列の詳細 | While no protease is present, the authors are confident that the crystal is a fragment comprising ...While no protease is present, the authors are confident that the crystal is a fragment comprising residues 94-136 of the original construct. | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45 % / 解説: 100 micron rectangular plate |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 24% (w/v) PE3350, 0.4 M LiNO3 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2016年2月25日 | |||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Si (111) double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9537 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.8→38.25 Å / Num. obs: 16550 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.6 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.089 / Net I/σ(I): 17.6 | |||||||||||||||
反射 シェル |
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-位相決定
位相決定 | 手法: ![]() |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 64.88 Å2 / Biso mean: 27.984 Å2 / Biso min: 14.54 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.8→38.25 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20
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