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- PDB-5k2y: Crystal structure of M. tuberculosis UspC (monoclinic crystal form) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5k2y
タイトルCrystal structure of M. tuberculosis UspC (monoclinic crystal form)
要素Probable periplasmic sugar-binding lipoprotein UspC
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Mycobacterium tuberculosis / ABC transporter / solute binding protein
機能・相同性: / cell envelope / Bacterial extracellular solute-binding protein / Bacterial extracellular solute-binding protein / Periplasmic binding protein-like II / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / Probable periplasmic sugar-binding lipoprotein UspC
機能・相同性情報
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.41 Å
データ登録者Futterer, K. / Fullam, E. / Besra, G.S.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Wellcome Trust / Royal society104193/Z/14/Z 英国
引用ジャーナル: Open Biology / 年: 2016
タイトル: Structural and functional analysis of the solute-binding protein UspC from Mycobacterium tuberculosis that is specific for amino sugars.
著者: Fullam, E. / Prokes, I. / Futterer, K. / Besra, G.S.
履歴
登録2016年5月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年6月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年7月6日Group: Database references
改定 1.22024年5月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Probable periplasmic sugar-binding lipoprotein UspC
B: Probable periplasmic sugar-binding lipoprotein UspC


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,4592
ポリマ－89,4592
非ポリマー00
水93752
1
A: Probable periplasmic sugar-binding lipoprotein UspC


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,7301
ポリマ－44,7301
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Probable periplasmic sugar-binding lipoprotein UspC


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,7301
ポリマ－44,7301
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)86.990, 52.350, 87.890
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.880, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ILE / Beg label comp-ID: ILE / End auth comp-ID: THR / End label comp-ID: THR / Refine code: _ / Auth seq-ID: 39 - 438 / Label seq-ID: 1 - 400

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

-
要素

#1: タンパク質 Probable periplasmic sugar-binding lipoprotein UspC


分子量: 44729.539 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: N-terminally truncated UspC from Mycobacterium tuberculosis with C-terminal hexa-histidine tag from pET23b plasmid
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
遺伝子: uspC, Rv2318 / プラスミド: pET23b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P71894
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 52 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.24 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: Precipitant mix: 25% v/v MPD; 25% PEG 1000; 25% w/v PEG 3350 Halogen mix: 0.3M Sodium fluoride; 0.3M Sodium bromide; 0.3M Sodium iodide Buffer: 1.0 M Imidazole; MES monohydrate (acid)

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年10月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.41→87.9 Å / Num. obs: 30838 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / 冗長度: 7.3 % / Biso Wilson estimate: 38.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.113 / Rsym value: 0.113 / Net I/σ(I): 14.3
反射 シェル解像度: 2.41→2.47 Å / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.664 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 95.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0135精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
SHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.41→87.88 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.934 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.888 / SU B: 22.395 / SU ML: 0.234 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.514 / ESU R Free: 0.288
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2607 1551 5 %RANDOM
Rwork0.2025 ---
obs0.2054 29276 99.53 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 84.68 Å2 / Biso mean: 34.667 Å2 / Biso min: 7.98 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.14 Å20 Å2-0.48 Å2
2---0.01 Å20 Å2
3----0.12 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.41→87.88 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5878 0 0 52 5930
Biso mean---24.54 -
残基数----800
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0196036
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7441.9258275
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.6145798
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.69423.684266
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.50715744
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.551534
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1230.2909
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0214833
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0312.1273198
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.8183.1873994
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.9842.1112838
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 994 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.15 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 2.41→2.473 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.359 106 -
Rwork0.289 2049 -
all-2155 -
obs--94.48 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.5295-0.42340.11310.8127-0.01830.24630.0333-0.0319-0.0002-0.01380.0176-0.03520.01320.0326-0.05090.0779-0.0274-0.01330.09430.00880.113413.310.37913.801
20.20450.45310.50251.21670.89281.6997-0.05760.116-0.0801-0.11890.2303-0.0897-0.14370.3015-0.17260.0294-0.01820.00720.2297-0.05510.141955.72913.26729.399
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A39 - 438
2X-RAY DIFFRACTION2B39 - 438

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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