PDB-5k2s: Lysozyme with nano particles

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5k2s

タイトル

Lysozyme with nano particles

要素

Lysozyme C

キーワード

HYDROLASE / lysozyme / nano particles

機能・相同性

機能・相同性情報

Lactose synthesis / Antimicrobial peptides / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / defense response to Gram-negative bacterium / killing of cells of another organism / defense response to Gram-positive bacterium ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Gallus gallus (ニワトリ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 1.55 Å

データ登録者

Ko, S. / Choe, J.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of lysozyme with nano particles
著者: Ko, S. / Choe, J.

履歴

登録	2016年5月19日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2017年5月31日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年10月23日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / refine_hist Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _refine_hist.d_res_low

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5k2s.cif.gz	41.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5k2s.ent.gz	27.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5k2s.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k2/5k2s ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k2/5k2s	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5k2rC 5k2k 5k2n 5k2p 5k2q C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4etd-d 3a94-d 2ybj-d 7cdp-d 5k2k-d 3aw7-d 2a7f-d 4rln-d 1lsy-d 7byp-d 2lyo-d 7cdq-d 6ig6-d 5e9r-d 4zix-d 6muz-d 5wr9-d 1qio-d 5fel-d 1lse-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (3) #9 - 2000年9月リゾチーム (Lysozyme) 類似性 (4) #136 - 2011年4月ナノボディ (Nanobodies) 類似性 (3) #222 - 2018年6月タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles) 類似性 (3) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Lysozyme C

14.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	77.388, 77.388, 37.711
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

#1: タンパク質	Lysozyme C / 1 / 4-beta-N-acetylmuramidase C / Allergen Gal d IV 分子量: 14331.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 遺伝子: LYZ / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00698, lysozyme
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 133 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.97 Å³/Da / 溶媒含有率: 37.56 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.2M Sodium Chloride, 0.1M Sodium Citrate-Citric Acid pH5.5, 1.0M Ammonium Phosphate Dibasic

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト: PAL/PLS

/ ビームライン: 5C (4A) / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年4月2日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.55→20 Å / Num. obs: 17200 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.4 % / R_merge(I) obs: 0.071 / R_pim(I) all: 0.021 / R_rim(I) all: 0.074 / Χ²: 0.952 / Net I/av σ(I): 39.108 / Net I/σ(I): 7.5 / Num. measured all: 212688

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
1.55-1.58	12.8	0.397	854	0.959	0.115	0.413	0.702	100
1.58-1.61	12.7	0.338	829	0.968	0.098	0.352	0.797	100
1.61-1.64	12.6	0.317	846	0.968	0.093	0.33	0.761	100
1.64-1.67	12.4	0.266	829	0.982	0.078	0.278	0.86	100
1.67-1.71	12	0.256	846	0.978	0.077	0.268	0.891	100
1.71-1.75	11	0.236	845	0.978	0.074	0.247	0.93	100
1.75-1.79	11.6	0.196	840	0.985	0.06	0.205	0.879	100
1.79-1.84	12.8	0.186	846	0.988	0.054	0.194	0.959	100
1.84-1.89	13.2	0.161	852	0.991	0.046	0.168	1.044	100
1.89-1.95	13.2	0.162	838	0.991	0.046	0.169	1.21	100
1.95-2.02	13	0.12	856	0.995	0.035	0.125	1.145	100
2.02-2.1	12.8	0.118	862	0.994	0.034	0.123	1.289	100
2.1-2.2	12.8	0.093	847	0.996	0.027	0.097	1.157	100
2.2-2.31	12.4	0.087	849	0.996	0.026	0.09	1.205	100
2.31-2.46	11.1	0.073	874	0.997	0.023	0.077	1.096	100
2.46-2.65	11.8	0.064	857	0.997	0.019	0.067	1.006	100
2.65-2.91	13.2	0.058	881	0.998	0.016	0.061	0.991	99.9
2.91-3.33	13	0.045	873	0.999	0.013	0.047	0.873	100
3.33-4.2	11.9	0.037	906	0.999	0.011	0.039	0.797	100
4.2-20	11.2	0.026	970	0.999	0.008	0.028	0.433	100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0123	精密化
HKL-2000		データスケーリング
MOLREP		位相決定
PDB_EXTRACT	3.2	データ抽出
HKL-2000		データ削減

精密化

解像度: 1.55→19.347 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.964 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.96 / SU B: 1.18 / SU ML: 0.044 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.076 / ESU R Free: 0.077 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1853	889	5.2 %	RANDOM
R_work	0.1555	-	-	-
obs	0.157	16272	99.92 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 54.65 Å² / B_iso mean: 15.083 Å² / B_iso min: 4.49 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	0 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.55→19.347 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1001	0	0	133	1134
B_iso mean	-	-	-	24.47	-
残基数	-	-	-	-	129

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.017	0.019	1025
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	940
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.754	1.903	1389
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.117	3	2140
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.153	5	128
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.404	23	50
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.987	15	166
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	22.503	15	11
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.122	0.2	144
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.02	1206
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	271
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.358	1.237	514
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.344	1.236	514
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.087	1.857	642

LS精密化シェル

解像度: 1.55→1.591 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.232	68	-
R_work	0.167	1190	-
all	-	1258	-
obs	-	-	100 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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