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万見
- PDB-5k2i: Crystal structure of Oxidized Prx3 from Vibrio vulnificus -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5k2i
タイトルCrystal structure of Oxidized Prx3 from Vibrio vulnificus
要素1-Cys peroxiredoxin
キーワードOXIDOREDUCTASE / 1-Cys Prx / Vibrio vulnificus / hydrogen peroxide / nitric oxide
機能・相同性
機能・相同性情報


glutathione-dependent peroxiredoxin / thioredoxin peroxidase activity / cell redox homeostasis / hydrogen peroxide catabolic process / cellular response to oxidative stress / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Peroxiredoxin-5-like / Redoxin / Redoxin / Thioredoxin domain profile. / Thioredoxin domain / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Glutathione-dependent peroxiredoxin
類似検索 - 構成要素
生物種Vibrio vulnificus MO6-24/O (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.481 Å
データ登録者Ahn, J. / Ha, N.-C.
引用ジャーナル: IUCrJ / 年: 2018
タイトル: Crystal structure of peroxiredoxin 3 fromVibrio vulnificusand its implications for scavenging peroxides and nitric oxide.
著者: Ahn, J. / Jang, K.K. / Jo, I. / Nurhasni, H. / Lim, J.G. / Yoo, J.W. / Choi, S.H. / Ha, N.C.
履歴
登録2016年5月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年5月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年3月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 1-Cys peroxiredoxin
B: 1-Cys peroxiredoxin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,0682
ポリマ－35,0682
非ポリマー00
水4,161231
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1090 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area13960 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)39.455, 57.443, 124.374
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 1-Cys peroxiredoxin


分子量: 17534.025 Da / 分子数: 2 / 変異: C73S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Vibrio vulnificus MO6-24/O (バクテリア)
株: MO6-24/O / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1Z0YU24*PLUS
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 231 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細The reference database is GenBank ADV89163. This protein is C73S mutant, and residues 158-164 are ...The reference database is GenBank ADV89163. This protein is C73S mutant, and residues 158-164 are expression tag.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.79 %
結晶化温度: 287.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 0.1 M sodium citrate, 0.2 M ammonium acetate, 22%(w/v) PEG 4000
PH範囲: 5.4-6.4

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データ収集

回折平均測定温度: 100.15 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 5C (4A) / 波長: 0.9796 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年6月2日
放射モノクロメーター: Double mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9796 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.48→50 Å / Num. obs: 48083 / % possible obs: 97.1 % / 冗長度: 10 % / Rmerge(I) obs: 0.071 / Net I/σ(I): 25.9
反射 シェル解像度: 1.48→1.51 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5K1G

5k1g


解像度: 1.481→18.925 Å / SU ML: 0.13 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.52 / 位相誤差: 17.33
Rfactor反射数%反射
Rfree0.198 2048 4.31 %
Rwork0.1806 --
obs0.1814 47559 97 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.481→18.925 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2322 0 0 231 2553
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0072380
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.143238
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.98850
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.043393
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006416
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.4808-1.51520.20151140.18042539X-RAY DIFFRACTION43
1.5152-1.55310.20271240.17212773X-RAY DIFFRACTION48
1.5531-1.5950.17891310.16492914X-RAY DIFFRACTION50
1.595-1.64190.18891320.17022944X-RAY DIFFRACTION51
1.6419-1.69490.20321330.16832970X-RAY DIFFRACTION51
1.6949-1.75540.20171340.17562986X-RAY DIFFRACTION52
1.7554-1.82570.20831340.17343000X-RAY DIFFRACTION52
1.8257-1.90870.21791350.17263001X-RAY DIFFRACTION52
1.9087-2.00920.19321360.17323033X-RAY DIFFRACTION52
2.0092-2.13490.20871360.17363042X-RAY DIFFRACTION52
2.1349-2.29950.19851360.1743057X-RAY DIFFRACTION53
2.2995-2.53050.18281400.18563113X-RAY DIFFRACTION54
2.5305-2.89550.22351550.20053324X-RAY DIFFRACTION57
2.8955-3.64370.20981530.18673392X-RAY DIFFRACTION59
3.6437-18.92620.17551550.18263423X-RAY DIFFRACTION59

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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