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- PDB-5k2c: 1.9 angstrom A2a adenosine receptor structure with sulfur SAD pha... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5k2c
タイトル1.9 angstrom A2a adenosine receptor structure with sulfur SAD phasing and phase extension using XFEL data
要素Adenosine receptor A2a/Soluble cytochrome b562 chimera
キーワードMEMBRANE PROTEIN / A2a Adenosine Receptor / sulfur SAD / GPCR / Structural Genomics / PSI-Biology / GPCR Network
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of norepinephrine secretion / positive regulation of circadian sleep/wake cycle, sleep / positive regulation of acetylcholine secretion, neurotransmission / negative regulation of alpha-beta T cell activation / Adenosine P1 receptors / G protein-coupled adenosine receptor activity / response to purine-containing compound / G protein-coupled adenosine receptor signaling pathway / NGF-independant TRKA activation / sensory perception ...regulation of norepinephrine secretion / positive regulation of circadian sleep/wake cycle, sleep / positive regulation of acetylcholine secretion, neurotransmission / negative regulation of alpha-beta T cell activation / Adenosine P1 receptors / G protein-coupled adenosine receptor activity / response to purine-containing compound / G protein-coupled adenosine receptor signaling pathway / NGF-independant TRKA activation / sensory perception / Surfactant metabolism / positive regulation of urine volume / synaptic transmission, dopaminergic / inhibitory postsynaptic potential / type 5 metabotropic glutamate receptor binding / negative regulation of vascular permeability / positive regulation of glutamate secretion / synaptic transmission, cholinergic / response to caffeine / blood circulation / intermediate filament / eating behavior / alpha-actinin binding / presynaptic active zone / regulation of calcium ion transport / membrane depolarization / asymmetric synapse / axolemma / phagocytosis / prepulse inhibition / cellular defense response / presynaptic modulation of chemical synaptic transmission / response to amphetamine / positive regulation of synaptic transmission, glutamatergic / neuron projection morphogenesis / regulation of mitochondrial membrane potential / central nervous system development / positive regulation of apoptotic signaling pathway / positive regulation of long-term synaptic potentiation / excitatory postsynaptic potential / positive regulation of synaptic transmission, GABAergic / synaptic transmission, glutamatergic / positive regulation of protein secretion / locomotory behavior / astrocyte activation / apoptotic signaling pathway / electron transport chain / adenylate cyclase-modulating G protein-coupled receptor signaling pathway / negative regulation of inflammatory response / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / blood coagulation / vasodilation / cell-cell signaling / presynaptic membrane / G alpha (s) signalling events / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / negative regulation of neuron apoptotic process / postsynaptic membrane / periplasmic space / electron transfer activity / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / calmodulin binding / inflammatory response / iron ion binding / response to xenobiotic stimulus / negative regulation of cell population proliferation / neuronal cell body / apoptotic process / lipid binding / heme binding / dendrite / regulation of DNA-templated transcription / protein-containing complex binding / glutamatergic synapse / enzyme binding / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Adenosine A2A receptor / Adenosine receptor / Cytochrome b562 / Cytochrome b562 / Cytochrome c/b562 / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family)
類似検索 - ドメイン・相同性
CHOLESTEROL / OLEIC ACID / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Chem-ZMA / Soluble cytochrome b562 / Adenosine receptor A2a
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / 自由電子レーザー / 単波長異常分散 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Batyuk, A. / Galli, L. / Ishchenko, A. / Han, G.W. / Gati, C. / Popov, P. / Lee, M.-Y. / Stauch, B. / White, T.A. / Barty, A. ...Batyuk, A. / Galli, L. / Ishchenko, A. / Han, G.W. / Gati, C. / Popov, P. / Lee, M.-Y. / Stauch, B. / White, T.A. / Barty, A. / Aquila, A. / Hunter, M.S. / Liang, M. / Boutet, S. / Pu, M. / Liu, Z.-J. / Nelson, G. / James, D. / Li, C. / Zhao, Y. / Spence, J.C.H. / Liu, W. / Fromme, P. / Katritch, V. / Weierstall, U. / Stevens, R.C. / Cherezov, V. / GPCR Network (GPCR)
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2016
タイトル: Native phasing of x-ray free-electron laser data for a G protein-coupled receptor.
著者: Batyuk, A. / Galli, L. / Ishchenko, A. / Han, G.W. / Gati, C. / Popov, P.A. / Lee, M.Y. / Stauch, B. / White, T.A. / Barty, A. / Aquila, A. / Hunter, M.S. / Liang, M. / Boutet, S. / Pu, M. / ...著者: Batyuk, A. / Galli, L. / Ishchenko, A. / Han, G.W. / Gati, C. / Popov, P.A. / Lee, M.Y. / Stauch, B. / White, T.A. / Barty, A. / Aquila, A. / Hunter, M.S. / Liang, M. / Boutet, S. / Pu, M. / Liu, Z.J. / Nelson, G. / James, D. / Li, C. / Zhao, Y. / Spence, J.C. / Liu, W. / Fromme, P. / Katritch, V. / Weierstall, U. / Stevens, R.C. / Cherezov, V.
履歴
登録2016年5月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年9月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年10月12日Group: Database references
改定 1.22016年11月23日Group: Structure summary
改定 1.32017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42018年2月14日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_beamline / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.52018年11月28日Group: Data collection
カテゴリ: diffrn / pdbx_serial_crystallography_data_reduction ...diffrn / pdbx_serial_crystallography_data_reduction / pdbx_serial_crystallography_measurement / pdbx_serial_crystallography_sample_delivery / pdbx_serial_crystallography_sample_delivery_injection
Item: _diffrn.pdbx_serial_crystal_experiment
改定 1.62024年11月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Adenosine receptor A2a/Soluble cytochrome b562 chimera
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,27328
ポリマ－49,9741
非ポリマー8,29927
水1,892105
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)40.360, 180.740, 142.800
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Adenosine receptor A2a/Soluble cytochrome b562 chimera / Cytochrome b-562


分子量: 49974.281 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens, Escherichia coli / 遺伝子: ADORA2A, ADORA2, cybC
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P29274, UniProt: P0ABE7

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非ポリマー , 7種, 132分子

#2: 化合物 ChemComp-ZMA / 4-{2-[(7-amino-2-furan-2-yl[1,2,4]triazolo[1,5-a][1,3,5]triazin-5-yl)amino]ethyl}phenol / ZM-241385


分子量: 337.336 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H15N7O2 / コメント: アンタゴニスト*YM
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物 ChemComp-CLR / CHOLESTEROL / コレステロ-ル


分子量: 386.654 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H46O
#5: 化合物
ChemComp-OLC / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / 1-Oleoyl-R-glycerol / L-グリセロ-ル3-オレア-ト


分子量: 356.540 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H40O4
#6: 化合物
ChemComp-OLA / OLEIC ACID / オレイン酸


分子量: 282.461 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H34O2
#7: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 105 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.79 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 5
詳細: 28 % (v/v) PEG 400, 40 mM sodium thiocyanate and 100 mM sodium citrate buffer pH 5.0

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K / Serial crystal experiment: Y
放射光源由来: 自由電子レーザー / サイト: SLAC LCLS / ビームライン: CXI / 波長: 1.27 Å
検出器タイプ: CS-PAD CXI-1 / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年4月1日 / 詳細: K-B mirrors
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.27 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→24 Å / Num. obs: 41882 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 291 % / Biso Wilson estimate: 46.9 Å2 / Net I/σ(I): 6
反射 シェル解像度: 1.9→2 Å / 冗長度: 62 % / Mean I/σ(I) obs: 0.6 / % possible all: 100
Serial crystallography measurementFocal spot size: 1.5 µm2 / Photons per pulse: 64000000000 Tphotons/pulse / Pulse duration: 35 fsec. / Pulse energy: 2.18 µJ / Pulse photon energy: 9.8 keV / XFEL pulse repetition rate: 120 Hz
Serial crystallography sample delivery手法: injection
Serial crystallography sample delivery injectionFlow rate: 220 µL/min
Serial crystallography data reductionCrystal hits: 232283 / Frames indexed: 72735 / Frames total: 948961

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10_2155精密化
CrystFELデータ削減
CrystFELデータスケーリング
SHELXD位相決定
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.9→23.437 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 22.75 / 立体化学のターゲット値: MLHL
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2079 1988 4.75 %
Rwork0.1726 --
obs0.1743 41828 99.95 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→23.437 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3013 0 415 105 3533
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.013598
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1764848
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.0252166
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.059558
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006576
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9-1.94750.43351180.45192815X-RAY DIFFRACTION100
1.9475-2.00010.41541710.4182794X-RAY DIFFRACTION100
2.0001-2.05890.33051260.31672797X-RAY DIFFRACTION100
2.0589-2.12540.28881350.24982835X-RAY DIFFRACTION100
2.1254-2.20130.22181370.22392797X-RAY DIFFRACTION100
2.2013-2.28930.23511580.19662795X-RAY DIFFRACTION100
2.2893-2.39340.22731240.17222860X-RAY DIFFRACTION100
2.3934-2.51950.19541350.15242828X-RAY DIFFRACTION100
2.5195-2.67710.17951670.14162807X-RAY DIFFRACTION100
2.6771-2.88350.151350.13632861X-RAY DIFFRACTION100
2.8835-3.1730.21581440.13992826X-RAY DIFFRACTION100
3.173-3.63070.1651460.14392882X-RAY DIFFRACTION100
3.6307-4.56880.18781350.14422920X-RAY DIFFRACTION100
4.5688-23.43860.21881570.18643023X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.3440.25440.14452.197-0.14631.7016-0.00820.0495-0.0212-0.07130.0127-0.05490.05220.0898-0.00530.2298-0.00890.01520.2809-0.01070.2133.902184.328850.2567
23.6718-2.86530.99457.97563.03152.91040.3390.3484-0.26070.45110.15460.20840.2985-0.0893-0.56710.7951-0.1141-0.07580.55610.10811.2393-20.770935.76851.4366
31.2956-0.8150.32925.3643-0.49181.73080.0061-0.1086-0.15120.44160.01650.13080.2480.0098-0.0140.2576-0.0310.04560.2658-0.01080.1989-1.637479.219860.4654
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid -2 through 208 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 1001 through 1106 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 219 through 308)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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