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万見
- PDB-5k1w: Crystal structure of oxidized Shewanella Yellow Enzyme 4 (SYE4) i... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5k1w
タイトルCrystal structure of oxidized Shewanella Yellow Enzyme 4 (SYE4) in complex with trinitrophenol
要素NAD(P)H:flavin oxidoreductase Sye4
キーワードOXIDOREDUCTASE / COFACTOR-BINDING
機能・相同性
機能・相同性情報


flavin reductase (NADPH) / riboflavin reductase (NADPH) activity / FMN binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Oxidoreductase Oye-like / NADH:flavin oxidoreductase/NADH oxidase, N-terminal / NADH:flavin oxidoreductase / NADH oxidase family / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Octadecane / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / PICRIC ACID / NAD(P)H:flavin oxidoreductase Sye4
類似検索 - 構成要素
生物種Shewanella oneidensis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Elegheert, J. / Brige, A. / Savvides, S.N.
引用ジャーナル: FEBS Lett. / 年: 2017
タイトル: Structural dissection of Shewanella oneidensis old yellow enzyme 4 bound to a Meisenheimer complex and (nitro)phenolic ligands.
著者: Elegheert, J. / Brige, A. / Van Beeumen, J. / Savvides, S.N.
履歴
登録2016年5月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年6月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月27日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22017年11月8日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32019年7月17日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.42024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NAD(P)H:flavin oxidoreductase Sye4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,0694
ポリマ－39,1291
非ポリマー9403
水7,782432
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1360 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area13250 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.180, 54.770, 103.500
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 NAD(P)H:flavin oxidoreductase Sye4


分子量: 39129.043 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Shewanella oneidensis (strain MR-1) (バクテリア)
遺伝子: sye4, SO_3392 / プラスミド: PACYC-DUET / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8EBV3, flavin reductase (NADPH)
#2: 化合物 ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN


分子量: 456.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P
#3: 化合物 ChemComp-TNF / PICRIC ACID / 2,4,6-TRINITROPHENOL


分子量: 229.104 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H3N3O7
#4: 化合物 ChemComp-8K6 / Octadecane / N-Octadecane / オクタデカン


分子量: 254.494 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H38
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 432 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.92 % / 解説: clothes pin
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.3 / 詳細: 1.6 M sodium citrate tribasic dihydrate pH 6.3

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X11 / 波長: 0.8148 Å
検出器タイプ: MAR555 FLAT PANEL / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2007年12月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8148 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→25 Å / Num. obs: 39489 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 6.9 % / Rsym value: 0.066 / Net I/σ(I): 24.6
反射 シェル解像度: 1.6→1.64 Å / Rsym value: 0.423

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8_1069精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4B5N

4b5n


解像度: 1.6→24.248 Å / SU ML: 0.12 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 2.01 / 位相誤差: 14.69 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1695 1925 4.87 %
Rwork0.1383 --
obs0.1398 39489 98.96 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→24.248 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2745 0 65 432 3242
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0052987
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0294089
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.6111112
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.06456
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006533
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.6-1.640.24991260.22062588X-RAY DIFFRACTION97
1.64-1.68430.24321260.19412629X-RAY DIFFRACTION98
1.6843-1.73390.2331430.18272646X-RAY DIFFRACTION99
1.7339-1.78980.2121370.15992615X-RAY DIFFRACTION99
1.7898-1.85380.19441480.14952647X-RAY DIFFRACTION99
1.8538-1.9280.16451280.13292652X-RAY DIFFRACTION99
1.928-2.01570.17431410.12582653X-RAY DIFFRACTION99
2.0157-2.12190.14611400.12122670X-RAY DIFFRACTION99
2.1219-2.25480.16691130.11772706X-RAY DIFFRACTION99
2.2548-2.42870.18971410.12192687X-RAY DIFFRACTION99
2.4287-2.67280.1611430.12472699X-RAY DIFFRACTION100
2.6728-3.05890.14951490.12692732X-RAY DIFFRACTION100
3.0589-3.85140.12481470.11782732X-RAY DIFFRACTION99
3.8514-24.25120.16751430.14942908X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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