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- PDB-5k1l: Dehaloperoxidase B from Amphitrite ornata: benzimidazole complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5k1l
タイトルDehaloperoxidase B from Amphitrite ornata: benzimidazole complex
要素Dehaloperoxidase B
キーワードOXIDOREDUCTASE / globin / peroxidase / benzimidazole / azole
機能・相同性
機能・相同性情報


oxygen carrier activity / peroxidase activity / oxygen binding / heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Myoglobin-like, M family globin domain / Globin/Protoglobin / Globins / Globin-like / Globin / Globin / Globin-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
BENZIMIDAZOLE / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Dehaloperoxidase B
類似検索 - 構成要素
生物種Amphitrite ornata (無脊椎動物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.08 Å
データ登録者Moreno Chicano, T. / Hough, M.A.
資金援助 英国, 米国, 2件
組織認可番号国
Leverhulme TrustRPG-2014-355 英国
National Science FoundationCHE-1150709 米国
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Dehaloperoxidase B from Amphitrite ornata: benzimidazole complex
著者: Moreno Chicano, T. / Hough, M.A.
履歴
登録2016年5月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年6月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年12月19日Group: Author supporting evidence / Data collection ...Author supporting evidence / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / pdbx_audit_support ...citation / pdbx_audit_support / struct_conn / struct_conn_type
Item: _citation.title / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22024年1月10日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dehaloperoxidase B
B: Dehaloperoxidase B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,5869
ポリマ－30,8292
非ポリマー1,7577
水5,531307
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4480 Å2
ΔGint-57 kcal/mol
Surface area13720 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.790, 68.300, 68.530
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Dehaloperoxidase B


分子量: 15414.462 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Amphitrite ornata (無脊椎動物) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9NAV7
#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 化合物 ChemComp-BZI / BENZIMIDAZOLE / ベンゾイミダゾ-ル


分子量: 118.136 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H6N2
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 307 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.69 % / 解説: Prism
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 15 % PEG 4000 150 mM Ammonium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.9282 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年1月24日
放射モノクロメーター: Silicon / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9282 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.08→45.41 Å / Num. obs: 122447 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.9 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.049 / Net I/σ(I): 16.7
反射 シェル解像度: 1.08→1.11 Å / 冗長度: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 1.44 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimlessデータスケーリング
REFMAC5.8.0135精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3IXF

3ixf


解像度: 1.08→45.41 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.978 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.972 / SU B: 1.144 / SU ML: 0.024 / SU R Cruickshank DPI: 0.0285 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.028 / ESU R Free: 0.03
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1772 6171 5 %RANDOM
Rwork0.1507 ---
obs0.1521 116192 99.8 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 92.74 Å2 / Biso mean: 17.915 Å2 / Biso min: 8.89 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.52 Å20 Å20 Å2
2---0.88 Å20 Å2
3---0.36 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.08→45.41 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2162 0 119 308 2589
Biso mean--20.73 27.95 -
残基数----274
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.0192477
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022248
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7512.0153398
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg2.06435191
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.4455323
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.6124.609115
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.6415425
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg25.3071514
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1450.2350
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.022935
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0180.02621
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.4591.6121171
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.4591.6121170
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.8682.4291481
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr6.30534725
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free28.612564
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded11.42554892
LS精密化 シェル解像度: 1.08→1.108 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.28 483 -
Rwork0.286 8500 -
all-8983 -
obs--99.77 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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