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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5k1h | |||||||||
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タイトル | eIF3b relocated to the intersubunit face to interact with eIF1 and below the eIF2 ternary-complex. from the structure of a partial yeast 48S preinitiation complex in closed conformation. | |||||||||
要素 |
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キーワード | TRANSLATION / eukaryotic translation initiation / ribosome / eIF3 peripheral subunits / cryo-EM | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 viral translational termination-reinitiation / eukaryotic translation initiation factor 3 complex, eIF3m / IRES-dependent viral translational initiation / eukaryotic translation initiation factor 3 complex / formation of cytoplasmic translation initiation complex / eukaryotic 43S preinitiation complex / eukaryotic 48S preinitiation complex / regulation of translational initiation / Formation of the ternary complex, and subsequently, the 43S complex / Ribosomal scanning and start codon recognition ...viral translational termination-reinitiation / eukaryotic translation initiation factor 3 complex, eIF3m / IRES-dependent viral translational initiation / eukaryotic translation initiation factor 3 complex / formation of cytoplasmic translation initiation complex / eukaryotic 43S preinitiation complex / eukaryotic 48S preinitiation complex / regulation of translational initiation / Formation of the ternary complex, and subsequently, the 43S complex / Ribosomal scanning and start codon recognition / Translation initiation complex formation / Formation of a pool of free 40S subunits / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / translation initiation factor binding / translation initiation factor activity / translational initiation / cytoplasmic stress granule / molecular adaptor activity / synapse / RNA binding / extracellular exosome / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.9 Å | |||||||||
データ登録者 | Simonetti, A. / Brito Querido, J. / Myasnikov, A.G. / Mancera-Martinez, E. / Renaud, A. / Kuhn, L. / Hashem, Y. | |||||||||
引用 | ジャーナル: Mol Cell / 年: 2016 タイトル: eIF3 Peripheral Subunits Rearrangement after mRNA Binding and Start-Codon Recognition. 著者: Angelita Simonetti / Jailson Brito Querido / Alexander G Myasnikov / Eder Mancera-Martinez / Adeline Renaud / Lauriane Kuhn / Yaser Hashem / 要旨: mRNA translation initiation in eukaryotes requires the cooperation of a dozen eukaryotic initiation factors (eIFs) forming several complexes, which leads to mRNA attachment to the small ribosomal ...mRNA translation initiation in eukaryotes requires the cooperation of a dozen eukaryotic initiation factors (eIFs) forming several complexes, which leads to mRNA attachment to the small ribosomal 40S subunit, mRNA scanning for start codon, and accommodation of initiator tRNA at the 40S P site. eIF3, composed of 13 subunits, 8 core (a, c, e, f, h, l, k, and m) and 5 peripheral (b, d, g, i, and j), plays a central role during this process. Here we report a cryo-electron microscopy structure of a mammalian 48S initiation complex at 5.8 Å resolution. It shows the relocation of subunits eIF3i and eIF3g to the 40S intersubunit face on the GTPase binding site, at a late stage in initiation. On the basis of a previous study, we demonstrate the relocation of eIF3b to the 40S intersubunit face, binding below the eIF2-Met-tRNAi(Met) ternary complex upon mRNA attachment. Our analysis reveals the deep rearrangement of eIF3 and unravels the molecular mechanism underlying eIF3 function in mRNA scanning and timing of ribosomal subunit joining. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5k1h.cif.gz | 116.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5k1h.ent.gz | 85.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5k1h.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5k1h_validation.pdf.gz | 732.2 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 5k1h_full_validation.pdf.gz | 737.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | 5k1h_validation.xml.gz | 21.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5k1h_validation.cif.gz | 31.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k1/5k1h ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k1/5k1h | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 66975.109 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP Residues 170-745 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EIF3B, EIF3S9 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P55884 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 4613.678 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 発現宿主: Oryctolagus cuniculus (ウサギ) |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Structure of a partial yeast 48S preinitiation complex in closed conformation. タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: MULTIPLE SOURCES |
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分子量 | 値: 116 kDa/nm / 実験値: NO |
緩衝液 | pH: 6.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 27 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k) |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: NONE | |||||||||
3次元再構成 | 解像度: 4.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 254957 / 対称性のタイプ: POINT | |||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: FLEXIBLE FIT / 詳細: MDFF | |||||||||
原子モデル構築 | 3D fitting-ID: 1 / Accession code: 5A5U / Initial refinement model-ID: 1 / PDB-ID: 5A5U / Source name: PDB / タイプ: experimental model
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