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- PDB-5k0w: Crystal structure of the metallo-beta-lactamase GOB-18 from Eliza... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5k0w
タイトルCrystal structure of the metallo-beta-lactamase GOB-18 from Elizabethkingia meningoseptica
要素Class B carbapenemase GOB-18
キーワードHYDROLASE / metallo-beta-lactamase / B3 lactamase / zinc hydrolase / hydrolysis of beta-lactam antibiotics
機能・相同性
機能・相同性情報


: / Metallo-beta-lactamase superfamily / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / Metallo-beta-lactamase; Chain A / Metallo-beta-lactamase superfamily / Metallo-beta-lactamase / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / 4-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Class B carbapenemase GOB-18
類似検索 - 構成要素
生物種Elizabethkingia meningoseptica (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.61 Å
データ登録者Buschiazzo, A. / Larrieux, N. / Vila, A.J. / Lisa, M.N. / Moran-Barrio, J.
引用ジャーナル: Antimicrob.Agents Chemother. / 年: 2016
タイトル: Crystal Structure of the Metallo-beta-Lactamase GOB in the Periplasmic Dizinc Form Reveals an Unusual Metal Site.
著者: Moran-Barrio, J. / Lisa, M.N. / Larrieux, N. / Drusin, S.I. / Viale, A.M. / Moreno, D.M. / Buschiazzo, A. / Vila, A.J.
履歴
登録2016年5月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年8月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年8月10日Group: Database references
改定 1.22016年10月5日Group: Database references
改定 1.32017年9月27日Group: Author supporting evidence / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.42023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Class B carbapenemase GOB-18
B: Class B carbapenemase GOB-18
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,37415
ポリマ－66,7362
非ポリマー63713
水1,38777
1
A: Class B carbapenemase GOB-18
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,83911
ポリマ－33,3681
非ポリマー47110
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Class B carbapenemase GOB-18
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,5344
ポリマ－33,3681
非ポリマー1663
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)64.000, 48.510, 88.940
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 100.10, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Class B carbapenemase GOB-18


分子量: 33368.133 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Elizabethkingia meningoseptica (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C41 (DE3) / 参照: UniProt: Q4JRB6
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 77 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.61 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 2M NaCl, 2M (NH4)2SO4, 0.1M Tris.HCl

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データ収集

回折平均測定温度: 108 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2011年8月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.61→24.33 Å / Num. obs: 16108 / % possible obs: 96.9 % / 冗長度: 2.8 % / Biso Wilson estimate: 37.56 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.122 / Net I/σ(I): 9.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.0精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1K07

1k07


解像度: 2.61→24.33 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.8956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8484 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.327
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2422 955 5.93 %RANDOM
Rwork0.1919 ---
obs0.195 16107 96.74 %-
原子変位パラメータBiso mean: 29.64 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.1099 Å20 Å211.5317 Å2
2--4.475 Å20 Å2
3----4.5849 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.324 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.61→24.33 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4381 0 18 77 4476
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0094491HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.116064HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1579SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes119HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes631HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it4491HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.65
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion21.03
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion582SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance18HARMONIC1
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact5079SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.61→2.79 Å / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2892 151 5.43 %
Rwork0.2298 2628 -
all0.2331 2779 -
obs--96.74 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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