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- PDB-5k0b: Crystal Structure of COMT in complex with 2,4-dimethyl-5-[3-(1-ph... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5k0b
タイトルCrystal Structure of COMT in complex with 2,4-dimethyl-5-[3-(1-phenylethyl)-1H-pyrazol-5-yl]-1,3-thiazole
要素Catechol O-methyltransferase
キーワードTRANSFERASE / METHYLTRANSFERASE / NEUROTRANSMITTER DEGRADATION / CATECHOL
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of homocysteine metabolic process / Enzymatic degradation of dopamine by COMT / Enzymatic degradation of Dopamine by monoamine oxidase / Methylation / norepinephrine secretion / response to dopamine / mastication / catecholamine catabolic process / catechol O-methyltransferase activity / S-adenosylhomocysteine metabolic process ...positive regulation of homocysteine metabolic process / Enzymatic degradation of dopamine by COMT / Enzymatic degradation of Dopamine by monoamine oxidase / Methylation / norepinephrine secretion / response to dopamine / mastication / catecholamine catabolic process / catechol O-methyltransferase activity / S-adenosylhomocysteine metabolic process / catechol O-methyltransferase / developmental process / renal sodium excretion / renal filtration / negative regulation of dopamine metabolic process / S-adenosylmethionine metabolic process / renin secretion into blood stream / dopamine secretion / catecholamine metabolic process / renal albumin absorption / habituation / artery development / short-term memory / cerebellar cortex morphogenesis / response to salt / dopamine catabolic process / glomerulus development / norepinephrine metabolic process / fear response / synaptic transmission, dopaminergic / cellular response to phosphate starvation / response to angiotensin / cellular response to cocaine / estrogen metabolic process / exploration behavior / cholesterol efflux / response to food / prostaglandin metabolic process / response to corticosterone / response to temperature stimulus / response to pain / glycogen metabolic process / response to stress / startle response / dopamine metabolic process / detection of temperature stimulus involved in sensory perception of pain / behavioral fear response / multicellular organismal response to stress / response to amphetamine / response to cytokine / learning / kidney development / female pregnancy / negative regulation of smooth muscle cell proliferation / : / visual learning / multicellular organism growth / regulation of blood pressure / memory / response to wounding / cognition / response to estrogen / response to toxic substance / cell body / gene expression / methylation / vesicle / dendritic spine / response to oxidative stress / response to lipopolysaccharide / postsynaptic membrane / learning or memory / response to hypoxia / postsynapse / response to xenobiotic stimulus / axon / dendrite / glutamatergic synapse / magnesium ion binding / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Catechol O-methyltransferase, eukaryotic / Class I-like SAM-dependent O-methyltransferase / O-methyltransferase / SAM-dependent O-methyltransferase class I-type profile. / Vaccinia Virus protein VP39 / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-6PS / : / PHOSPHATE ION / Catechol O-methyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.36 Å
データ登録者Ehler, A. / Rodriguez-Sarmiento, R.M. / Rudolph, M.G.
引用ジャーナル: J. Med. Chem. / 年: 2016
タイトル: Design of Potent and Druglike Nonphenolic Inhibitors for Catechol O-Methyltransferase Derived from a Fragment Screening Approach Targeting the S-Adenosyl-l-methionine Pocket.
著者: Lerner, C. / Jakob-Roetne, R. / Buettelmann, B. / Ehler, A. / Rudolph, M. / Rodriguez Sarmiento, R.M.
履歴
登録2016年5月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年9月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年10月12日Group: Database references
改定 1.22016年12月21日Group: Database references
改定 1.32019年6月12日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: audit_author / database_PDB_rev / database_PDB_rev_record
Item: _audit_author.name
改定 1.42024年5月8日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Catechol O-methyltransferase
B: Catechol O-methyltransferase
C: Catechol O-methyltransferase
D: Catechol O-methyltransferase
E: Catechol O-methyltransferase
F: Catechol O-methyltransferase
G: Catechol O-methyltransferase
H: Catechol O-methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)200,65856
ポリマ－194,5508
非ポリマー6,10748
水12,412689
1
A: Catechol O-methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,9657
ポリマ－24,3191
非ポリマー6476
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Catechol O-methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,0969
ポリマ－24,3191
非ポリマー7778
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Catechol O-methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,3719
ポリマ－24,3191
非ポリマー1,0538
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Catechol O-methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,0827
ポリマ－24,3191
非ポリマー7636
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
E: Catechol O-methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,2508
ポリマ－24,3191
非ポリマー9317
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
F: Catechol O-methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,9184
ポリマ－24,3191
非ポリマー6003
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
7
G: Catechol O-methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,8875
ポリマ－24,3191
非ポリマー5684
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
8
H: Catechol O-methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,0887
ポリマ－24,3191
非ポリマー7696
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)222.095, 222.095, 123.085
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number169
Space group name H-MP61

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要素

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タンパク質 , 1種, 8分子 ABCDEFGH

#1: タンパク質
Catechol O-methyltransferase


分子量: 24318.801 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Comt / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P22734, catechol O-methyltransferase

-
非ポリマー , 7種, 737分子

#2: 化合物
ChemComp-6PS / 2,4-dimethyl-5-{3-[(1R)-1-phenylethyl]-1H-pyrazol-5-yl}-1,3-thiazole


分子量: 283.391 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H17N3S
#3: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 化合物
ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#5: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 化合物
ChemComp-CXS / 3-CYCLOHEXYL-1-PROPYLSULFONIC ACID / 3-(シクロヘキシルアミノ)-1-プロパンスルホン酸


分子量: 221.317 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H19NO3S / コメント: pH緩衝剤*YM
#7: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 689 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 72.76 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1 M TRIS-HCL pH 7, 1.8 M ammonium sulfate, 0.2 M NaCl

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.99998 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年2月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99998 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.36→48.95 Å / Num. obs: 141537 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 10.4 % / Biso Wilson estimate: 51.72 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.187 / Net I/σ(I): 11.09
反射 シェル
解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsDiffraction-ID% possible all
2.36-2.422.0091.19199.9
2.42-2.491.7131.43199.9
2.49-2.561.4581.73199.9
2.56-2.641.1942.19199.9
2.64-2.730.9942.74199.9
2.73-2.820.8153.51199.9
2.82-2.930.6684.311100
2.93-3.050.5275.51199.9
3.05-3.180.387.371100
3.18-3.340.26810.161100
3.34-3.520.19313.591100
3.52-3.730.1417.49199.9
3.73-3.990.11320.31100
3.99-4.310.08524.621100
4.31-4.720.07129.31100
4.72-5.280.07428.241100
5.28-6.090.08225.031100
6.09-7.460.0729.11100
7.46-10.550.04540.25199.6
10.550.03846.07198.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
PHENIX精密化
XDSデータ削減
PHENIX位相決定
精密化解像度: 2.36→48.085 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 22.62
Rfactor反射数%反射
Rfree0.195 7089 5.01 %
Rwork0.1547 --
obs0.1567 141376 99.85 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 158.96 Å2 / Biso mean: 51.5309 Å2 / Biso min: 17.79 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.36→48.085 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13494 0 368 689 14551
Biso mean--56.77 48.71 -
残基数----1722
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.5138-0.737-1.14084.34661.75575.28020.04580.27660.1336-0.41510.01630.5549-0.2133-0.1673-0.07630.485-0.06850.00010.27160.04280.371985.003350.2489-18.9878
28.22511.7966-2.03372.3182-0.68891.4748-0.60610.02660.3072-0.62040.23620.3735-0.07270.13120.41860.56-0.0419-0.01570.28550.00830.246794.435462.2206-18.2622
31.94430.41740.42581.75120.62662.0427-0.18590.0776-0.2659-0.18920.0954-0.04770.33590.21260.08780.47010.01630.09060.2908-0.00060.28101.337153.9128-13.8681
41.9851.40590.89343.11121.11142.05410.0159-0.0747-0.40970.21840.0461-0.24920.38730.1327-0.06040.41030.03170.06090.27780.06460.3189102.34150.7313-7.7953
58.0712-2.23620.02324.35020.86323.2835-0.0622-0.5864-0.11650.81130.0206-0.10830.00520.21190.01950.5180.0213-0.01480.30220.06990.2096104.264263.94010.8149
61.7906-0.09810.91911.6936-0.1921.8625-0.1102-0.0747-0.04650.0486-0.026-0.1994-0.11170.04420.12590.3097-0.00930.05260.23520.01890.1931104.310970.1428-7.4393
73.6191-1.1047-3.01563.34820.21423.4344-0.4126-0.3114-0.39650.2230.0790.38930.34390.39370.28810.2483-0.04360.0080.35860.04410.306275.796772.8795-1.7739
86.37521.89471.34020.65290.57742.1372-0.42390.32461.0406-0.16920.15140.2289-0.5415-0.14190.24810.30180.069-0.03020.2506-0.02610.406566.346541.81011.9216
97.92572.1364-4.34235.7619-1.76167.5509-0.19680.7792-0.5191-0.65860.00550.58440.2798-0.51640.20570.35720.0617-0.1360.3284-0.11680.455159.479733.7405-2.7529
102.10462.4914-0.77186.972-1.60321.75570.15310.0588-0.1211-0.6106-0.32650.4610.027-0.09050.15430.34380.0487-0.05030.3038-0.09010.428364.73722.3797-2.4815
111.1398-0.46610.96251.533-0.03461.39620.0448-0.07890.18940.0538-0.14320.44270.1314-0.20310.10210.30830.01340.03620.303-0.08520.454263.61922.90388.9144
120.732-0.16890.5940.0743-0.19870.5442-0.1420.2334-0.051-0.19950.0370.2108-0.07950.00990.05590.27640.0560.02050.3046-0.10570.39764.250534.97289.9082
139.3452-3.34462.3832.9527-1.30663.2419-0.2826-0.8483-0.0920.46390.1210.5632-0.0403-0.51670.14090.32780.00360.0770.3373-0.12130.471562.915627.414614.8504
143.23710.9328-0.15523.18880.02352.47090.0946-0.322-0.00710.4623-0.02530.11250.15080.0013-0.05320.30330.01440.03290.2146-0.04710.270374.241916.724314.4299
151.0258-0.4986-0.11540.45710.43142.4150.0665-0.0692-0.12750.1475-0.02080.1717-0.02560.06630.00720.2795-0.02720.03980.1898-0.04250.350872.571512.76825.5668
163.5939-2.50922.31212.0327-1.34874.09270.2275-0.116-0.2973-0.05610.08320.25410.21660.0898-0.3320.37810.00290.03460.2369-0.06650.360976.05327.1450.8836
171.33752.0953-0.80213.2269-0.87431.83940.0523-0.1291-0.0269-0.44660.0081-0.25770.09560.1911-0.04620.52360.00360.0770.29210.00590.673287.681628.7093-14.814
186.7052-2.21480.05483.09071.15922.56690.04351.12860.1139-0.42250.13330.4770.0928-0.3828-0.14750.3918-0.0742-0.05740.57920.09710.345166.529779.4793-22.9063
193.54051.19510.02292.27-0.05581.20730.08220.20580.34010.09280.02730.4387-0.0124-0.1817-0.1080.32070.00320.0630.35950.07270.378566.295882.5252-7.6207
206.72961.72292.89680.44450.72031.2708-0.33061.00970.973-0.44660.23130.168-0.17980.02350.08410.3732-0.03680.00850.4430.2130.447970.092289.1299-18.6617
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224.4858-0.1751-2.00082.96080.17473.42170.4583-0.16470.68770.3293-0.07950.1208-0.60750.0618-0.3940.4329-0.0140.16280.32890.01060.412975.008591.885-0.1978
233.5380.19450.95226.25570.51570.29480.2867-0.44190.3491-0.03740.0805-0.0853-0.40420.4112-0.38840.326-0.02990.07840.44190.02220.286281.036684.06263.8757
241.7316-0.1457-0.42352.5993-0.01920.83240.1468-0.50160.1198-0.10.06910.0231-0.23280.2832-0.21310.34-0.00450.07920.40620.01840.297273.192580.53563.3864
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363.48460.7617-0.74020.35020.27851.17990.22650.07050.0568-0.1827-0.0510.72460.19680.449-0.2510.3799-0.0086-0.01890.2132-0.07630.294274.074314.8626-3.4229
374.3691-0.5116-0.95434.04330.435.88250.0654-0.58890.27870.83480.0331-1.16760.0070.7254-0.07520.4252-0.0545-0.23320.4570.04030.5563118.1981102.3772-15.5674
382.77021.37781.05055.17712.06365.76750.0204-0.3325-0.13330.4469-0.3708-0.59840.00410.03920.33140.3107-0.0128-0.04370.35870.08420.3989110.193489.4492-17.4973
392.90740.0880.14113.5435-0.3260.8128-0.09540.15940.1453-0.09750.0332-0.1804-0.00380.07920.0450.2532-0.0235-0.02350.29870.04560.2071103.061598.9324-26.7094
404.24871.01820.51395.9171.22339.6007-0.11020.24090.30510.04040.19570.5915-0.1917-0.17550.00350.23850.00880.03930.28630.09070.282789.173493.1711-20.1076
412.0688-0.1646-0.57381.6325-1.25291.5738-0.0750.0037-0.0710.01150.1030.07950.1659-0.0627-0.02870.3264-0.0140.00780.28050.01920.21994.345584.3538-19.3236
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452.03380.57030.20443.3150.36161.381-0.12370.3639-0.1242-1.05960.1390.4027-0.1711-0.0452-0.02680.6695-0.0655-0.1450.3365-0.0980.500465.7857-10.3779-23.0274
462.39351.23670.38221.98-0.37962.1447-0.16550.28360.1123-0.92730.13090.346-0.340.01610.00890.6914-0.0614-0.08540.2756-0.07050.444971.58965.7092-19.8359
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511.98710.68660.55244.9186-1.2432.81150.08550.2284-0.0085-0.25150.0011-0.2409-0.19730.2531-0.0910.34860.01480.10130.3489-0.10310.4237103.63810.1389-14.2482
522.50371.80680.17761.95790.48060.87480.03930.11980.1669-0.69070.00170.14670.1050.0393-0.08950.54830.0012-0.00550.2807-0.09760.338575.73551.6011-11.2978
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 3 through 35 )A3 - 35
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 36 through 57 )A36 - 57
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 58 through 92 )A58 - 92
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 93 through 143 )A93 - 143
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 144 through 156 )A144 - 156
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 157 through 195 )A157 - 195
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 196 through 216 )A196 - 216
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 2 through 16 )B2 - 16
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 17 through 35 )B17 - 35
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 36 through 57 )B36 - 57
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 58 through 92 )B58 - 92
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 93 through 106 )B93 - 106
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 107 through 118 )B107 - 118
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 119 through 156 )B119 - 156
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 157 through 176 )B157 - 176
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resid 177 through 195 )B177 - 195
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'B' and (resid 196 through 216 )B196 - 216
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'C' and (resid 3 through 35 )C3 - 35
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'C' and (resid 36 through 92 )C36 - 92
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'C' and (resid 93 through 106 )C93 - 106
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'C' and (resid 107 through 118 )C107 - 118
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'C' and (resid 119 through 143 )C119 - 143
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'C' and (resid 144 through 156 )C144 - 156
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'C' and (resid 157 through 176 )C157 - 176
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'C' and (resid 177 through 195 )C177 - 195
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'C' and (resid 196 through 218 )C196 - 218
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'D' and (resid 3 through 35 )D3 - 35
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'D' and (resid 36 through 118 )D36 - 118
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'D' and (resid 119 through 156 )D119 - 156
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'D' and (resid 157 through 195 )D157 - 195
31X-RAY DIFFRACTION31chain 'D' and (resid 196 through 218 )D196 - 218
32X-RAY DIFFRACTION32chain 'E' and (resid 3 through 35 )E3 - 35
33X-RAY DIFFRACTION33chain 'E' and (resid 36 through 57 )E36 - 57
34X-RAY DIFFRACTION34chain 'E' and (resid 58 through 143 )E58 - 143
35X-RAY DIFFRACTION35chain 'E' and (resid 144 through 195 )E144 - 195
36X-RAY DIFFRACTION36chain 'E' and (resid 196 through 219 )E196 - 219
37X-RAY DIFFRACTION37chain 'F' and (resid 3 through 35 )F3 - 35
38X-RAY DIFFRACTION38chain 'F' and (resid 36 through 57 )F36 - 57
39X-RAY DIFFRACTION39chain 'F' and (resid 58 through 143 )F58 - 143
40X-RAY DIFFRACTION40chain 'F' and (resid 144 through 156 )F144 - 156
41X-RAY DIFFRACTION41chain 'F' and (resid 157 through 195 )F157 - 195
42X-RAY DIFFRACTION42chain 'F' and (resid 196 through 216 )F196 - 216
43X-RAY DIFFRACTION43chain 'G' and (resid 3 through 35 )G3 - 35
44X-RAY DIFFRACTION44chain 'G' and (resid 36 through 57 )G36 - 57
45X-RAY DIFFRACTION45chain 'G' and (resid 58 through 143 )G58 - 143
46X-RAY DIFFRACTION46chain 'G' and (resid 144 through 195 )G144 - 195
47X-RAY DIFFRACTION47chain 'G' and (resid 196 through 216 )G196 - 216
48X-RAY DIFFRACTION48chain 'H' and (resid 3 through 42 )H3 - 42
49X-RAY DIFFRACTION49chain 'H' and (resid 43 through 118 )H43 - 118
50X-RAY DIFFRACTION50chain 'H' and (resid 119 through 176 )H119 - 176
51X-RAY DIFFRACTION51chain 'H' and (resid 177 through 195 )H177 - 195
52X-RAY DIFFRACTION52chain 'H' and (resid 196 through 218 )H196 - 218

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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