PDB-5k0b: Crystal Structure of COMT in complex with 2,4-dimethyl-5-[3-(1-ph...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5k0b

タイトル

Crystal Structure of COMT in complex with 2,4-dimethyl-5-[3-(1-phenylethyl)-1H-pyrazol-5-yl]-1,3-thiazole

要素

Catechol O-methyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / METHYLTRANSFERASE / NEUROTRANSMITTER DEGRADATION / CATECHOL

機能・相同性

機能・相同性情報

positive regulation of homocysteine metabolic process / Enzymatic degradation of dopamine by COMT / Enzymatic degradation of Dopamine by monoamine oxidase / Methylation / norepinephrine secretion / response to dopamine / mastication / catecholamine catabolic process / catechol O-methyltransferase activity / S-adenosylhomocysteine metabolic process ...positive regulation of homocysteine metabolic process / Enzymatic degradation of dopamine by COMT / Enzymatic degradation of Dopamine by monoamine oxidase / Methylation / norepinephrine secretion / response to dopamine / mastication / catecholamine catabolic process / catechol O-methyltransferase activity / S-adenosylhomocysteine metabolic process / catechol O-methyltransferase / developmental process / renal sodium excretion / renal filtration / S-adenosylmethionine metabolic process / renin secretion into blood stream / dopamine secretion / catecholamine metabolic process / renal albumin absorption / artery development / habituation / cerebellar cortex morphogenesis / : / dopamine catabolic process / response to salt / glomerulus development / norepinephrine metabolic process / short-term memory / fear response / response to angiotensin / synaptic transmission, dopaminergic / cellular response to phosphate starvation / cellular response to cocaine / estrogen metabolic process / cholesterol efflux / prostaglandin metabolic process / response to pain / response to food / negative regulation of dopamine metabolic process / response to corticosterone / response to temperature stimulus / glycogen metabolic process / response to stress / startle response / exploration behavior / dopamine metabolic process / detection of temperature stimulus involved in sensory perception of pain / behavioral fear response / multicellular organismal response to stress / response to cytokine / response to amphetamine / learning / negative regulation of smooth muscle cell proliferation / kidney development / female pregnancy / visual learning / regulation of blood pressure / response to toxic substance / response to wounding / response to estrogen / multicellular organism growth / cognition / memory / cell body / vesicle / response to lipopolysaccharide / methylation / dendritic spine / response to oxidative stress / gene expression / postsynaptic membrane / response to hypoxia / learning or memory / postsynapse / response to xenobiotic stimulus / axon / dendrite / glutamatergic synapse / magnesium ion binding / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Rattus norvegicus (ドブネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 2.36 Å

データ登録者

Ehler, A. / Rodriguez-Sarmiento, R.M. / Rudolph, M.G.

引用

ジャーナル: J. Med. Chem. / 年: 2016
タイトル: Design of Potent and Druglike Nonphenolic Inhibitors for Catechol O-Methyltransferase Derived from a Fragment Screening Approach Targeting the S-Adenosyl-l-methionine Pocket.
著者: Lerner, C. / Jakob-Roetne, R. / Buettelmann, B. / Ehler, A. / Rudolph, M. / Rodriguez Sarmiento, R.M.

履歴

登録	2016年5月17日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年9月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年10月12日	Group: Database references
改定 1.2	2016年12月21日	Group: Database references
改定 1.3	2019年6月12日	Group: Data collection / Structure summary カテゴリ: audit_author / database_PDB_rev / database_PDB_rev_record Item: _audit_author.name
改定 1.4	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb5k0b.ent.gz	593.3 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5k0b_validation.pdf.gz	2.6 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5k0b_full_validation.pdf.gz	2.6 MB	表示
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関連構造データ

関連構造データ	5k03C 5k05C 5k09C 5k0cC 5k0fC 5k0gC 5k0jC 5k0lC 5k0nC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6aw7-1 3ekm-7 6aw9-2 3ejx-7 3ekm-5 1ysg-d 6aw8-1 6aw9-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Catechol O-methyltransferase

B: Catechol O-methyltransferase

C: Catechol O-methyltransferase

D: Catechol O-methyltransferase

E: Catechol O-methyltransferase

F: Catechol O-methyltransferase

G: Catechol O-methyltransferase

H: Catechol O-methyltransferase

ヘテロ分子

201 kDa, 8 ポリマー
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1

A: Catechol O-methyltransferase

ヘテロ分子

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2

B: Catechol O-methyltransferase

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3

C: Catechol O-methyltransferase

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4

D: Catechol O-methyltransferase

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5

E: Catechol O-methyltransferase

ヘテロ分子

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6

F: Catechol O-methyltransferase

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7

G: Catechol O-methyltransferase

ヘテロ分子

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8

H: Catechol O-methyltransferase

ヘテロ分子

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単位格子

Length a, b, c (Å)	222.095, 222.095, 123.085
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	169
Space group name H-M	P6₁

-
タンパク質 , 1種, 8分子 ABCDEFGH

#1: タンパク質	Catechol O-methyltransferase 分子量: 24318.801 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Comt / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P22734, catechol O-methyltransferase

-
非ポリマー , 7種, 737分子

#2: 化合物	ChemComp-6PS / 2,4-dimethyl-5-{3-[(1R)-1-phenylethyl]-1H-pyrazol-5-yl}-1,3-thiazole 分子量: 283.391 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₆H₁₇N₃S
#3: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#4: 化合物	ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン分子量: 39.098 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#5: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 化合物	ChemComp-CXS / 3-CYCLOHEXYL-1-PROPYLSULFONIC ACID / 3-(シクロヘキシルアミノ)-1-プロパンスルホン酸分子量: 221.317 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₉NO₃S / コメント: pH緩衝剤*YM
#7: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#8: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 689 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.52 Å³/Da / 溶媒含有率: 72.76 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.1 M TRIS-HCL pH 7, 1.8 M ammonium sulfate, 0.2 M NaCl

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SLS

/ ビームライン: X10SA / 波長: 0.99998 Å

検出器

タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年2月5日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.99998 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.36→48.95 Å / Num. obs: 141537 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 10.4 % / B_iso Wilson estimate: 51.72 Å² / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.187 / Net I/σ(I): 11.09

反射シェル

解像度 (Å)	最高解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Diffraction-ID	% possible all
2.36-2.42		2.009	1.19	1	99.9
2.42-2.49		1.713	1.43	1	99.9
2.49-2.56		1.458	1.73	1	99.9
2.56-2.64		1.194	2.19	1	99.9
2.64-2.73		0.994	2.74	1	99.9
2.73-2.82		0.815	3.51	1	99.9
2.82-2.93		0.668	4.31	1	100
2.93-3.05		0.527	5.51	1	99.9
3.05-3.18		0.38	7.37	1	100
3.18-3.34		0.268	10.16	1	100
3.34-3.52		0.193	13.59	1	100
3.52-3.73		0.14	17.49	1	99.9
3.73-3.99		0.113	20.3	1	100
3.99-4.31		0.085	24.62	1	100
4.31-4.72		0.071	29.3	1	100
4.72-5.28		0.074	28.24	1	100
5.28-6.09		0.082	25.03	1	100
6.09-7.46		0.07	29.1	1	100
7.46-10.55		0.045	40.25	1	99.6
	10.55	0.038	46.07	1	98.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.2	データ抽出
PHENIX		精密化
XDS		データ削減
PHENIX		位相決定

精密化

解像度: 2.36→48.085 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 22.62

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.195	7089	5.01 %
R_work	0.1547	-	-
obs	0.1567	141376	99.85 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 158.96 Å² / B_iso mean: 51.5309 Å² / B_iso min: 17.79 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.36→48.085 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	13494	0	368	689	14551
B_iso mean	-	-	56.77	48.71	-
残基数	-	-	-	-	1722

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.5138	-0.737	-1.1408	4.3466	1.7557	5.2802	0.0458	0.2766	0.1336	-0.4151	0.0163	0.5549	-0.2133	-0.1673	-0.0763	0.485	-0.0685	0.0001	0.2716	0.0428	0.3719	85.0033	50.2489	-18.9878
2	8.2251	1.7966	-2.0337	2.3182	-0.6889	1.4748	-0.6061	0.0266	0.3072	-0.6204	0.2362	0.3735	-0.0727	0.1312	0.4186	0.56	-0.0419	-0.0157	0.2855	0.0083	0.2467	94.4354	62.2206	-18.2622
3	1.9443	0.4174	0.4258	1.7512	0.6266	2.0427	-0.1859	0.0776	-0.2659	-0.1892	0.0954	-0.0477	0.3359	0.2126	0.0878	0.4701	0.0163	0.0906	0.2908	-0.0006	0.28	101.3371	53.9128	-13.8681
4	1.985	1.4059	0.8934	3.1112	1.1114	2.0541	0.0159	-0.0747	-0.4097	0.2184	0.0461	-0.2492	0.3873	0.1327	-0.0604	0.4103	0.0317	0.0609	0.2778	0.0646	0.3189	102.341	50.7313	-7.7953
5	8.0712	-2.2362	0.0232	4.3502	0.8632	3.2835	-0.0622	-0.5864	-0.1165	0.8113	0.0206	-0.1083	0.0052	0.2119	0.0195	0.518	0.0213	-0.0148	0.3022	0.0699	0.2096	104.2642	63.9401	0.8149
6	1.7906	-0.0981	0.9191	1.6936	-0.192	1.8625	-0.1102	-0.0747	-0.0465	0.0486	-0.026	-0.1994	-0.1117	0.0442	0.1259	0.3097	-0.0093	0.0526	0.2352	0.0189	0.1931	104.3109	70.1428	-7.4393
7	3.6191	-1.1047	-3.0156	3.3482	0.2142	3.4344	-0.4126	-0.3114	-0.3965	0.223	0.079	0.3893	0.3439	0.3937	0.2881	0.2483	-0.0436	0.008	0.3586	0.0441	0.3062	75.7967	72.8795	-1.7739
8	6.3752	1.8947	1.3402	0.6529	0.5774	2.1372	-0.4239	0.3246	1.0406	-0.1692	0.1514	0.2289	-0.5415	-0.1419	0.2481	0.3018	0.069	-0.0302	0.2506	-0.0261	0.4065	66.3465	41.8101	1.9216
9	7.9257	2.1364	-4.3423	5.7619	-1.7616	7.5509	-0.1968	0.7792	-0.5191	-0.6586	0.0055	0.5844	0.2798	-0.5164	0.2057	0.3572	0.0617	-0.136	0.3284	-0.1168	0.4551	59.4797	33.7405	-2.7529
10	2.1046	2.4914	-0.7718	6.972	-1.6032	1.7557	0.1531	0.0588	-0.1211	-0.6106	-0.3265	0.461	0.027	-0.0905	0.1543	0.3438	0.0487	-0.0503	0.3038	-0.0901	0.4283	64.737	22.3797	-2.4815
11	1.1398	-0.4661	0.9625	1.533	-0.0346	1.3962	0.0448	-0.0789	0.1894	0.0538	-0.1432	0.4427	0.1314	-0.2031	0.1021	0.3083	0.0134	0.0362	0.303	-0.0852	0.4542	63.619	22.9038	8.9144
12	0.732	-0.1689	0.594	0.0743	-0.1987	0.5442	-0.142	0.2334	-0.051	-0.1995	0.037	0.2108	-0.0795	0.0099	0.0559	0.2764	0.056	0.0205	0.3046	-0.1057	0.397	64.2505	34.9728	9.9082
13	9.3452	-3.3446	2.383	2.9527	-1.3066	3.2419	-0.2826	-0.8483	-0.092	0.4639	0.121	0.5632	-0.0403	-0.5167	0.1409	0.3278	0.0036	0.077	0.3373	-0.1213	0.4715	62.9156	27.4146	14.8504
14	3.2371	0.9328	-0.1552	3.1888	0.0235	2.4709	0.0946	-0.322	-0.0071	0.4623	-0.0253	0.1125	0.1508	0.0013	-0.0532	0.3033	0.0144	0.0329	0.2146	-0.0471	0.2703	74.2419	16.7243	14.4299
15	1.0258	-0.4986	-0.1154	0.4571	0.4314	2.415	0.0665	-0.0692	-0.1275	0.1475	-0.0208	0.1717	-0.0256	0.0663	0.0072	0.2795	-0.0272	0.0398	0.1898	-0.0425	0.3508	72.5715	12.7682	5.5668
16	3.5939	-2.5092	2.3121	2.0327	-1.3487	4.0927	0.2275	-0.116	-0.2973	-0.0561	0.0832	0.2541	0.2166	0.0898	-0.332	0.3781	0.0029	0.0346	0.2369	-0.0665	0.3609	76.0532	7.145	0.8836
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27	3.7902	0.3557	1.5253	2.2766	-0.8305	7.1615	-0.2581	0.2733	0.3231	0.4732	-0.0842	-0.5295	-0.4261	1.3361	0.3516	0.4852	-0.0979	-0.1732	0.5575	0.0773	0.5046	121.4798	82.0328	12.2783
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29	2.5039	-0.2078	-1.0073	1.2757	-0.0165	2.1013	-0.2627	-0.5624	0.0626	0.4911	-0.4986	0.897	0.6276	-1.045	0.5847	0.6677	-0.156	0.1163	0.8828	-0.2576	0.4817	93.6386	80.8374	15.1639
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45	2.0338	0.5703	0.2044	3.315	0.3616	1.381	-0.1237	0.3639	-0.1242	-1.0596	0.139	0.4027	-0.1711	-0.0452	-0.0268	0.6695	-0.0655	-0.145	0.3365	-0.098	0.5004	65.7857	-10.3779	-23.0274
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精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 3 through 35 )	A	3 - 35
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3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 58 through 92 )	A	58 - 92
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 93 through 143 )	A	93 - 143
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 144 through 156 )	A	144 - 156
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 157 through 195 )	A	157 - 195
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 196 through 216 )	A	196 - 216
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 2 through 16 )	B	2 - 16
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 17 through 35 )	B	17 - 35
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 36 through 57 )	B	36 - 57
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 58 through 92 )	B	58 - 92
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 93 through 106 )	B	93 - 106
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 107 through 118 )	B	107 - 118
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 119 through 156 )	B	119 - 156
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 157 through 176 )	B	157 - 176
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 177 through 195 )	B	177 - 195
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'B' and (resid 196 through 216 )	B	196 - 216
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'C' and (resid 3 through 35 )	C	3 - 35
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'C' and (resid 36 through 92 )	C	36 - 92
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'C' and (resid 93 through 106 )	C	93 - 106
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'C' and (resid 107 through 118 )	C	107 - 118
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'C' and (resid 119 through 143 )	C	119 - 143
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'C' and (resid 144 through 156 )	C	144 - 156
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'C' and (resid 157 through 176 )	C	157 - 176
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'C' and (resid 177 through 195 )	C	177 - 195
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'C' and (resid 196 through 218 )	C	196 - 218
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'D' and (resid 3 through 35 )	D	3 - 35
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'D' and (resid 36 through 118 )	D	36 - 118
29	X-RAY DIFFRACTION	29	chain 'D' and (resid 119 through 156 )	D	119 - 156
30	X-RAY DIFFRACTION	30	chain 'D' and (resid 157 through 195 )	D	157 - 195
31	X-RAY DIFFRACTION	31	chain 'D' and (resid 196 through 218 )	D	196 - 218
32	X-RAY DIFFRACTION	32	chain 'E' and (resid 3 through 35 )	E	3 - 35
33	X-RAY DIFFRACTION	33	chain 'E' and (resid 36 through 57 )	E	36 - 57
34	X-RAY DIFFRACTION	34	chain 'E' and (resid 58 through 143 )	E	58 - 143
35	X-RAY DIFFRACTION	35	chain 'E' and (resid 144 through 195 )	E	144 - 195
36	X-RAY DIFFRACTION	36	chain 'E' and (resid 196 through 219 )	E	196 - 219
37	X-RAY DIFFRACTION	37	chain 'F' and (resid 3 through 35 )	F	3 - 35
38	X-RAY DIFFRACTION	38	chain 'F' and (resid 36 through 57 )	F	36 - 57
39	X-RAY DIFFRACTION	39	chain 'F' and (resid 58 through 143 )	F	58 - 143
40	X-RAY DIFFRACTION	40	chain 'F' and (resid 144 through 156 )	F	144 - 156
41	X-RAY DIFFRACTION	41	chain 'F' and (resid 157 through 195 )	F	157 - 195
42	X-RAY DIFFRACTION	42	chain 'F' and (resid 196 through 216 )	F	196 - 216
43	X-RAY DIFFRACTION	43	chain 'G' and (resid 3 through 35 )	G	3 - 35
44	X-RAY DIFFRACTION	44	chain 'G' and (resid 36 through 57 )	G	36 - 57
45	X-RAY DIFFRACTION	45	chain 'G' and (resid 58 through 143 )	G	58 - 143
46	X-RAY DIFFRACTION	46	chain 'G' and (resid 144 through 195 )	G	144 - 195
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50	X-RAY DIFFRACTION	50	chain 'H' and (resid 119 through 176 )	H	119 - 176
51	X-RAY DIFFRACTION	51	chain 'H' and (resid 177 through 195 )	H	177 - 195
52	X-RAY DIFFRACTION	52	chain 'H' and (resid 196 through 218 )	H	196 - 218

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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