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万見
- PDB-5k07: Crystal structure of CREN7-DSDNA (GTAATTGC) complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5k07
タイトルCrystal structure of CREN7-DSDNA (GTAATTGC) complex
要素
  • Chromatin protein Cren7
  • DNA (5'-D(*GP*TP*AP*AP*TP*TP*GP*C)-3')
キーワードDNA BINDING PROTEIN/DNA / PROTEIN-DNA COMPLEX / BETA-SHEET / DNA-BINDING / METHYLATION / DNA BINDING PROTEIN-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


chromosome / double-stranded DNA binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Chromatin protein Cren7 / Double-stranded DNA-binding Cren7 / Cren7 superfamily / Chromatin protein Cren7 / SH3 type barrels. / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / Chromatin protein Cren7
類似検索 - 構成要素
生物種Sulfolobus solfataricus P2 (古細菌)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Zhang, Z.F. / Gong, Y.
引用ジャーナル: PLoS ONE / 年: 2016
タイトル: Sequence-Dependent T:G Base Pair Opening in DNA Double Helix Bound by Cren7, a Chromatin Protein Conserved among Crenarchaea
著者: Tian, L. / Zhang, Z.F. / Wang, H. / Zhao, M. / Dong, Y. / Gong, Y.
履歴
登録2016年5月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年5月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Chromatin protein Cren7
B: DNA (5'-D(*GP*TP*AP*AP*TP*TP*GP*C)-3')
C: DNA (5'-D(*GP*TP*AP*AP*TP*TP*GP*C)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,5613
ポリマ－11,5613
非ポリマー00
水1,74797
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2400 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area5940 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.795, 52.867, 90.689
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 Chromatin protein Cren7


分子量: 6677.914 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Sulfolobus solfataricus P2 (古細菌)
株: P2 / 遺伝子: creN7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q97ZE3
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*TP*AP*AP*TP*TP*GP*C)-3')


分子量: 2441.628 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 97 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.19 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 30% PEG1500

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2011年1月7日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. obs: 8403 / % possible obs: 96 % / 冗長度: 6.5 % / Net I/σ(I): 16.4
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3LWH

3lwh


解像度: 2→15 Å / SU ML: 0.13 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 28.35
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2298 392 5 %
Rwork0.1977 --
obs0.1991 8354 96.4 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数451 324 0 98 873
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.008826
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0611180
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d24.094339
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.046126
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00695
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.0022-2.29110.25921170.21572585X-RAY DIFFRACTION95
2.2911-2.88310.24821420.26242644X-RAY DIFFRACTION97
2.8831-14.9560.21741330.17482733X-RAY DIFFRACTION97

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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