[日本語] English
万見
- PDB-5k04: The NatB Acetyltransferase Complex Bound To CoA and MES -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5k04
タイトルThe NatB Acetyltransferase Complex Bound To CoA and MES
要素
  • N-terminal acetyltransferase B complex subunit NAT3
  • Uncharacterized protein
キーワードTRANSFERASE / N-terminal acetyltransferase complex
機能・相同性
機能・相同性情報


acyltransferase activity, transferring groups other than amino-acyl groups
類似検索 - 分子機能
N-acetyltransferase B complex, non-catalytic subunit / N-acetyltransferase B complex (NatB) non catalytic subunit / Acetyltransferase (GNAT) family / Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT) domain profile. / GNAT domain / Acyl-CoA N-acyltransferase / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
COENZYME A / N-terminal acetyltransferase B complex subunit NAT3 / N-terminal acetyltransferase B complex subunit MDM20
類似検索 - 構成要素
生物種Candida albicans (酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Hong, H. / Cai, Y. / Zhang, S. / Han, A.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2017
タイトル: Molecular Basis of Substrate Specific Acetylation by N-Terminal Acetyltransferase NatB
著者: Hong, H. / Cai, Y. / Zhang, S. / Ding, H. / Wang, H. / Han, A.
履歴
登録2016年5月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年4月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月20日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Uncharacterized protein
B: N-terminal acetyltransferase B complex subunit NAT3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)108,4234
ポリマ－107,4602
非ポリマー9632
水5,963331
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6230 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area36910 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)108.450, 108.450, 223.294
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

-
要素

#1: タンパク質 Uncharacterized protein


分子量: 87547.102 Da / 分子数: 1 / 変異: S256L / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Candida albicans (strain WO-1) (酵母)
株: WO-1 / 遺伝子: CAWG_01335 / プラスミド: pET-DUET / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: C4YFL7
#2: タンパク質 N-terminal acetyltransferase B complex subunit NAT3


分子量: 19912.736 Da / 分子数: 1 / Fragment: UNP residues 1-170 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Candida albicans (strain WO-1) (酵母)
株: WO-1 / 遺伝子: CAWG_00748 / プラスミド: pET-DUET / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: C4YDZ9
#3: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸


分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-COA / COENZYME A / CoA


分子量: 767.534 Da / 分子数: 1 / Fragment: CoA / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H36N7O16P3S
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 331 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.9 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5 / 詳細: PEG600, PEG1000, Glycerol,1,3-butanediol, DTT

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.97927 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2014年6月30日 / 詳細: mirrors
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97927 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.33→25 Å / Num. obs: 57791 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 10.7 % / Rmerge(I) obs: 0.138 / Χ2: 1.585 / Net I/σ(I): 9.8 / Num. measured all: 616156
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2.33-2.379.30.74623391.306182
2.37-2.41100.71428711.308199.9
2.41-2.46100.64628481.336199.9
2.46-2.5110.10.54528571.3531100
2.51-2.5610.10.46628851.3781100
2.56-2.6210.20.42328551.4151100
2.62-2.6910.30.34828871.4481100
2.69-2.7610.30.31728751.5321100
2.76-2.8410.40.27828701.5651100
2.84-2.9310.50.24429001.5911100
2.93-3.0410.60.20328861.7251100
3.04-3.1610.80.16928931.8441100
3.16-3.310.90.14829131.8321100
3.3-3.4811.10.12529121.7711100
3.48-3.711.30.10729201.9071100
3.7-3.9811.40.10129311.4171100
3.98-4.3811.50.10329551.7011100
4.38-5.0111.60.11129782.0821100
5.01-6.2911.40.10730101.6571100
6.29-25110.0832061.283199.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.11.1_2575精密化
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
PHASER位相決定
AutoSolモデル構築
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.4→24.817 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.28 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2388 1782 3.37 %
Rwork0.1988 51048 -
obs0.2002 52830 99.98 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 151.45 Å2 / Biso mean: 53.9756 Å2 / Biso min: 8.41 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.4→24.817 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7180 0 60 331 7571
Biso mean--55.49 37.62 -
残基数----885
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0087381
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8919898
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0461135
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051240
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.9784432
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 13 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
2.4-2.46480.2981990.237539064005
2.4648-2.53730.3168990.21938633962
2.5373-2.61910.25541980.20538104008
2.6191-2.71260.2627990.199439054004
2.7126-2.82110.26381980.201638174015
2.8211-2.94930.2827990.205839194018
2.9493-3.10450.2265990.204439474046
3.1045-3.29860.25541980.205638274025
3.2986-3.55260.2169990.200339454044
3.5526-3.90890.24941980.18538804078
3.9089-4.47160.1888990.170539984097
4.4716-5.6230.2061150.18240514166
5.623-24.81830.23081820.226641804362
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.5461-0.08081.07210.73180.24581.3573-0.0602-0.52570.04580.41850.0381-0.90670.08510.9783-0.04650.5253-0.0033-0.12381.0134-0.00290.6154-0.655312.2073-19.8718
21.2445-0.1324-0.12441.91810.84931.5090.04620.0073-0.0650.0174-0.14580.39690.1104-0.18470.0750.2543-0.0167-0.03670.2705-0.0290.3373-40.62764.4429-41.0375
30.8898-0.41470.20931.0146-0.15510.7076-0.04650.0373-0.0926-0.04350.0077-0.07950.11130.09020.04650.2822-0.04490.05530.2673-0.01230.2643-10.9318-24.2135-40.4612
40.3256-0.5235-0.32451.03050.46830.36010.0262-0.1175-0.0410.0352-0.07230.11450.10720.0329-0.01140.2627-0.0679-0.01770.314-0.00120.2573-26.714-5.6204-47.3161
50.428-0.14190.16371.0393-0.05120.3495-0.0154-0.0103-0.00470.0848-0.02870.2011-0.03590.05320.01410.307-0.07560.01160.27950.00490.2729-23.5734-1.3931-51.6266
63.1625-0.87630.67752.00381.20162.52430.05110.0610.2047-0.2797-0.0471-0.2595-0.10010.13740.08020.19140.02630.04950.15310.01110.222-24.96522.8164-56.4243
73.3881.132-0.30435.4187-1.01953.35220.1639-0.22910.56460.3685-0.1641-0.2-0.7257-0.10620.00820.4187-0.04170.02280.3571-0.02660.2963-23.380510.342-61.8287
81.8710.7067-0.02162.0321-0.72851.3475-0.05710.11970.0406-0.19250.08310.02070.0535-0.3488-0.03450.3521-0.0043-0.07180.3484-0.04240.2354-29.91350.601-62.4975
98.1837-3.6381-0.22966.77383.06284.9441-0.06170.4444-0.4222-0.3739-0.04910.00320.2911-0.37740.11550.4969-0.1386-0.07360.5235-0.03110.3268-27.9214-3.8508-72.4723
101.4305-0.4993-1.24963.9118-2.14742.873-0.1148-0.18260.23740.0784-0.0989-0.5625-0.20440.46310.24450.4123-0.1103-0.03170.4401-0.02890.3474-19.31222.8745-70.2243
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 8 through 115 )A8 - 115
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 116 through 300 )A116 - 300
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 301 through 745 )A301 - 745
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 2 through 19 )B2 - 19
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 20 through 52 )B20 - 52
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 53 through 65 )B53 - 65
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 66 through 80 )B66 - 80
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 81 through 117 )B81 - 117
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 118 through 126 )B118 - 126
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 127 through 164 )B127 - 164

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る