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- PDB-5k02: Structure of human SOD1 with T2D mutation -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5k02
タイトルStructure of human SOD1 with T2D mutation
要素Superoxide dismutase [Cu-Zn]
キーワードOXIDOREDUCTASE / SOD1 / Phosphomimetic Mutation
機能・相同性
機能・相同性情報


action potential initiation / neurofilament cytoskeleton organization / retrograde axonal transport / protein phosphatase 2B binding / regulation of organ growth / relaxation of vascular associated smooth muscle / anterograde axonal transport / positive regulation of oxidative stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / response to superoxide / regulation of T cell differentiation in thymus ...action potential initiation / neurofilament cytoskeleton organization / retrograde axonal transport / protein phosphatase 2B binding / regulation of organ growth / relaxation of vascular associated smooth muscle / anterograde axonal transport / positive regulation of oxidative stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / response to superoxide / regulation of T cell differentiation in thymus / peripheral nervous system myelin maintenance / superoxide anion generation / retina homeostasis / auditory receptor cell stereocilium organization / hydrogen peroxide biosynthetic process / regulation of GTPase activity / myeloid cell homeostasis / muscle cell cellular homeostasis / superoxide metabolic process / heart contraction / superoxide dismutase / Detoxification of Reactive Oxygen Species / transmission of nerve impulse / negative regulation of reproductive process / negative regulation of developmental process / superoxide dismutase activity / regulation of multicellular organism growth / response to axon injury / ectopic germ cell programmed cell death / neuronal action potential / positive regulation of phagocytosis / ovarian follicle development / axon cytoplasm / dendrite cytoplasm / glutathione metabolic process / embryo implantation / Gene and protein expression by JAK-STAT signaling after Interleukin-12 stimulation / removal of superoxide radicals / reactive oxygen species metabolic process / regulation of mitochondrial membrane potential / positive regulation of superoxide anion generation / thymus development / positive regulation of cytokine production / determination of adult lifespan / locomotory behavior / placenta development / sensory perception of sound / response to hydrogen peroxide / regulation of blood pressure / mitochondrial intermembrane space / small GTPase binding / negative regulation of inflammatory response / peroxisome / Platelet degranulation / protein-folding chaperone binding / response to heat / cytoplasmic vesicle / gene expression / spermatogenesis / response to ethanol / negative regulation of neuron apoptotic process / intracellular iron ion homeostasis / positive regulation of MAPK cascade / mitochondrial matrix / positive regulation of apoptotic process / copper ion binding / response to xenobiotic stimulus / neuronal cell body / apoptotic process / protein homodimerization activity / protein-containing complex / mitochondrion / extracellular space / extracellular exosome / zinc ion binding / extracellular region / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Copper/Zinc superoxide dismutase signature 1. / Superoxide dismutase (Cu/Zn) / superoxide dismutase copper chaperone / Superoxide dismutase, copper/zinc, binding site / Copper/Zinc superoxide dismutase signature 2. / Superoxide dismutase, copper/zinc binding domain / Copper/zinc superoxide dismutase (SODC) / Superoxide dismutase-like, copper/zinc binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
COPPER (II) ION / Superoxide dismutase [Cu-Zn]
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.99 Å
データ登録者Fay, J.M. / Zhu, C. / Cui, W. / Ke, H. / Dokholyan, N.V.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM080742 米国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2016
タイトル: A Phosphomimetic Mutation Stabilizes SOD1 and Rescues Cell Viability in the Context of an ALS-Associated Mutation.
著者: Fay, J.M. / Zhu, C. / Proctor, E.A. / Tao, Y. / Cui, W. / Ke, H. / Dokholyan, N.V.
履歴
登録2016年5月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年11月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月13日Group: Author supporting evidence / Database references / カテゴリ: citation / pdbx_audit_support
Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32019年12月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
改定 1.52024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
B: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
C: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
D: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
E: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
F: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
G: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
H: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
I: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
J: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
K: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
L: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
M: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
N: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
O: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
P: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
Q: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
R: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
S: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
T: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
U: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
V: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
W: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
X: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)383,29272
ポリマ－380,19724
非ポリマー3,09548
水12,322684
1
A: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
B: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,9416
ポリマ－31,6832
非ポリマー2584
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1670 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area13810 Å2
手法PISA
2
C: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
ヘテロ分子

L: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,9416
ポリマ－31,6832
非ポリマー2584
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_565x,y+1,z1
Buried area1690 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area13780 Å2
手法PISA
3
D: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
ヘテロ分子

K: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,9416
ポリマ－31,6832
非ポリマー2584
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_465x-1,y+1,z1
Buried area1710 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area13720 Å2
手法PISA
4
E: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
J: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,9416
ポリマ－31,6832
非ポリマー2584
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1610 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area14120 Å2
手法PISA
5
F: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
ヘテロ分子

I: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,9416
ポリマ－31,6832
非ポリマー2584
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_565x,y+1,z1
Buried area1630 Å2
ΔGint-38 kcal/mol
Surface area14020 Å2
手法PISA
6
G: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
ヘテロ分子

H: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,9416
ポリマ－31,6832
非ポリマー2584
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_465x-1,y+1,z1
Buried area1630 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area14030 Å2
手法PISA
7
M: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
N: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,9416
ポリマ－31,6832
非ポリマー2584
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1610 Å2
ΔGint-38 kcal/mol
Surface area13820 Å2
手法PISA
8
X: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
ヘテロ分子

O: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,9416
ポリマ－31,6832
非ポリマー2584
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_565x,y+1,z1
Buried area1510 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area13790 Å2
手法PISA
9
W: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
ヘテロ分子

P: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,9416
ポリマ－31,6832
非ポリマー2584
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_465x-1,y+1,z1
Buried area1470 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area13920 Å2
手法PISA
10
Q: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
V: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,9416
ポリマ－31,6832
非ポリマー2584
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1380 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area13840 Å2
手法PISA
11
R: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
ヘテロ分子

U: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,9416
ポリマ－31,6832
非ポリマー2584
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_545x,y-1,z1
Buried area1400 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area13860 Å2
手法PISA
12
S: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
ヘテロ分子

T: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,9416
ポリマ－31,6832
非ポリマー2584
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_645x+1,y-1,z1
Buried area1380 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area13740 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)111.980, 111.961, 149.880
Angle α, β, γ (deg.)89.86, 89.85, 60.13
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

#1: タンパク質 ...
Superoxide dismutase [Cu-Zn] / Superoxide dismutase 1 / hSod1


分子量: 15841.545 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SOD1 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P00441, superoxide dismutase
#2: 化合物...
ChemComp-CU / COPPER (II) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#3: 化合物...
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 684 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 4.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.3 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: T2D was crystallized in a buffer of 2 M (NH4)2SO4, 0.1 M Sodium Cacodylate, 20% MPD and 10 mM ZnCl2 (pH 6.5) after a period of approximately 5 months.

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 0.987 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2014年10月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.987 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→149.92 Å / Num. obs: 431865 / % possible obs: 80.41 % / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.061 / Net I/av σ(I): 18.333 / Net I/σ(I): 14.3
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsDiffraction-ID% possible all
2.1-2.142.30.543177.8
2.14-2.182.30.509177.3
2.18-2.222.40.58177.6
2.22-2.262.30.405177.3
2.26-2.312.40.469177.8
2.31-2.372.40.281177.8
2.37-2.422.40.246178.1
2.42-2.492.40.218178.4
2.49-2.562.50.195179.5
2.56-2.652.50.167178.8
2.65-2.742.50.143179
2.74-2.852.50.111179.8
2.85-2.982.50.088179.7
2.98-3.142.50.067180
3.14-3.332.50.053181
3.33-3.592.50.046183
3.59-3.952.60.043186.4
3.95-4.522.60.037193.6
4.52-5.72.80.036198.8
5.7-503.10.034198.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.6.0117精密化
HKL-2000データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: CU,ZN SUPEROXIDE DISMUTASE (PDB ID: 1SPD)

1spd


解像度: 1.99→149.92 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.97 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.967 / SU B: 1.863 / SU ML: 0.053 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.024 / ESU R Free: 0.022 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.16198 17889 5.2 %RANDOM
Rwork0.14611 ---
obs0.14693 329360 80.41 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 36.107 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.69 Å2-8.4 Å26.77 Å2
2---3.19 Å2-1.89 Å2
3---6.88 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.99→149.92 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数26664 0 48 684 27396
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.01927288
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0841.94536600
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.99253648
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg41.90825.7141176
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.108154440
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.0251596
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0740.24008
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.02120784
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.992→2.044 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.236 984 -
Rwork0.196 19832 -
obs--65.15 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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