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- PDB-5jyq: Structure of Conus Geographus insulin G1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5jyq
タイトルStructure of Conus Geographus insulin G1
要素
  • Insulin 1
  • Insulin 1b
キーワードHORMONE / Venom Insulin
機能・相同性
機能・相同性情報


hormone activity / glucose metabolic process / toxin activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Insulin family / Insulin-like / Insulin/IGF/Relaxin family / Insulin / insulin-like growth factor / relaxin family. / Insulin, conserved site / Insulin family signature. / Insulin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Con-Ins G1b / Con-Ins G1a
類似検索 - 構成要素
生物種Conus geographus (アンボイナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Lawrence, M.C. / Menting, J. / Norton, R.S. / Safavi-Hemami, H.
資金援助 オーストラリア, 米国, 3件
組織認可番号国
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)APP1058233 オーストラリア
European CommissionCONBIOS 330486
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM 48677 米国
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2016
タイトル: A minimized human insulin-receptor-binding motif revealed in a Conus geographus venom insulin.
著者: Menting, J.G. / Gajewiak, J. / MacRaild, C.A. / Chou, D.H. / Disotuar, M.M. / Smith, N.A. / Miller, C. / Erchegyi, J. / Rivier, J.E. / Olivera, B.M. / Forbes, B.E. / Smith, B.J. / Norton, R.S. ...著者: Menting, J.G. / Gajewiak, J. / MacRaild, C.A. / Chou, D.H. / Disotuar, M.M. / Smith, N.A. / Miller, C. / Erchegyi, J. / Rivier, J.E. / Olivera, B.M. / Forbes, B.E. / Smith, B.J. / Norton, R.S. / Safavi-Hemami, H. / Lawrence, M.C.
履歴
登録2016年5月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年9月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年9月14日Group: Database references
改定 1.22016年9月28日Group: Database references
改定 1.32016年10月19日Group: Database references
改定 1.42017年9月20日Group: Author supporting evidence / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: diffrn_source / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.52019年12月25日Group: Author supporting evidence / Derived calculations
カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_special_symmetry
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.62023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.72023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Insulin 1
B: Insulin 1b
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,2573
ポリマ－5,1612
非ポリマー961
水63135
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1420 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area3400 Å2
手法PISA
2
A: Insulin 1
B: Insulin 1b
ヘテロ分子
x 8


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,05524
ポリマ－41,28616
非ポリマー7698
水28816
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_565-x,-y+1,z1
crystal symmetry operation3_556-x,y,-z+11
crystal symmetry operation4_566x,-y+1,-z+11
crystal symmetry operation17_556x,z,-y+11
crystal symmetry operation18_555-x,z,y1
crystal symmetry operation19_566-x,-z+1,-y+11
crystal symmetry operation20_565x,-z+1,y1
Buried area22500 Å2
ΔGint-365 kcal/mol
Surface area17490 Å2
手法PISA
3
A: Insulin 1
B: Insulin 1b
ヘテロ分子

A: Insulin 1
B: Insulin 1b
ヘテロ分子

A: Insulin 1
B: Insulin 1b
ヘテロ分子

A: Insulin 1
B: Insulin 1b
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,02712
ポリマ－20,6438
非ポリマー3844
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_566x,-y+1,-z+11
crystal symmetry operation17_556x,z,-y+11
crystal symmetry operation20_565x,-z+1,y1
Buried area9140 Å2
ΔGint-172 kcal/mol
Surface area10860 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)74.910, 74.910, 74.910
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number207
Space group name H-MP432
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-101-

SO4

21A-208-

HOH

31B-112-

HOH

41B-113-

HOH

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Insulin 1


分子量: 2358.720 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 95-114 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Conus geographus (アンボイナ) / 参照: UniProt: A0A0B5AC95
#2: タンパク質・ペプチド Insulin 1b


分子量: 2802.083 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Conus geographus (アンボイナ) / 参照: UniProt: A0A0B5A8Q2
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 35 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.76 %
結晶化温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 2.0 M ammonium sulfate plus 10% DL-malate-MES-Tris (pH 9.0)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2015年12月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→37.455 Å / Num. obs: 5645 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 8.9 % / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.368 / Net I/σ(I): 6.46
反射 シェル解像度: 1.95→2.02 Å / 冗長度: 8.2 % / Rmerge(I) obs: 2.67 / Mean I/σ(I) obs: 0.9 / % possible all: 95.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3I3Z

3i3z


解像度: 1.95→37.455 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 18.61
Rfactor反射数%反射
Rfree0.233 283 5.01 %
Rwork0.2107 --
obs0.2118 5645 99.51 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→37.455 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数356 0 5 35 396
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.013371
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.392502
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d26.2138
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05249
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00664
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9505-2.03930.3071330.3434635X-RAY DIFFRACTION98
2.0393-2.14680.2945340.2972649X-RAY DIFFRACTION100
2.1468-2.28120.3055340.2464643X-RAY DIFFRACTION100
2.2812-2.45730.2189350.2412659X-RAY DIFFRACTION100
2.4573-2.70460.2554350.2331667X-RAY DIFFRACTION100
2.7046-3.09580.2136360.2027666X-RAY DIFFRACTION100
3.0958-3.89970.1787360.1693695X-RAY DIFFRACTION100
3.8997-37.46190.2392400.1806748X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 12.1088 Å / Origin y: 43.5354 Å / Origin z: 24.2004 Å
111213212223313233
T0.231 Å2-0.008 Å2-0.0012 Å2-0.2417 Å20.0026 Å2--0.256 Å2
L2.081 °20.689 °20.393 °2-2.0483 °20.8621 °2--1.9907 °2
S-0.0796 Å °0.0649 Å °0.0732 Å °-0.0071 Å °0.0338 Å °0.1124 Å °-0.0983 Å °-0.0461 Å °-0.0731 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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