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- PDB-5jyj: Crystal structure of mouse JUNO -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5jyj
タイトルCrystal structure of mouse JUNO
要素Sperm-egg fusion protein Juno
キーワードCELL ADHESION / Fertilization / Folate receptor
機能・相同性
機能・相同性情報


Post-translational modification: synthesis of GPI-anchored proteins / sperm-egg recognition / protein binding involved in heterotypic cell-cell adhesion / fusion of sperm to egg plasma membrane involved in single fertilization / single fertilization / signaling receptor activity / cell adhesion / external side of plasma membrane / signaling receptor binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Folate receptor / Folate receptor-like / Folate receptor family
類似検索 - ドメイン・相同性
Sperm-egg fusion protein Juno
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Kato, K. / Nishimasu, H. / Morita, J. / Ishitani, R. / Nureki, O.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of the egg IZUMO1 receptor JUNO
著者: Kato, K. / Satouh, Y. / Nishimasu, H. / Kurabayashi, A. / Morita, J. / Fujihara, Y. / Oji, A. / Ishitani, R. / Ikawa, M. / Nureki, O.
履歴
登録2016年5月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年5月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_special_symmetry / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id ..._atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_special_symmetry.label_asym_id / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sperm-egg fusion protein Juno
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,9112
ポリマ－24,4871
非ポリマー4241
水64936
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area460 Å2
ΔGint6 kcal/mol
Surface area10080 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)42.396, 54.449, 87.145
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP22121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1136-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Sperm-egg fusion protein Juno / Folate receptor 4 / Folate receptor delta / FR-delta / Folate-binding protein 3 / IZUMO1 receptor protein JUNO


分子量: 24486.629 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 20-221 / 変異: N73D / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Izumo1r, Folbp3, Folr4, Juno
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q9EQF4
#2: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 36 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.11 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: Ammonium phosphate dibasic, Imidazole, Sodium chloride

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL32XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2015年1月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→46.2 Å / Num. obs: 9442 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 5.9 % / Net I/σ(I): 11.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10_2155: ???)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.3→46.177 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.61
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2332 492 5.21 %
Rwork0.2077 --
obs0.209 9441 100 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→46.177 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1561 0 28 36 1625
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0021684
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.582317
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.1961016
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04241
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005302
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3001-2.53150.25971260.25212166X-RAY DIFFRACTION100
2.5315-2.89780.24981160.22562207X-RAY DIFFRACTION100
2.8978-3.65070.23611190.20812232X-RAY DIFFRACTION100
3.6507-46.18590.21781310.18962344X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.12360.90270.89624.1472-0.23472.056-0.2948-0.09830.61550.6588-0.2991-0.6632-0.95670.56360.15750.4369-0.1383-0.22930.4340.03490.443-3.9359-11.5353-9.5073
22.35970.66050.83061.4720.30771.1531-0.12410.8362-0.3746-0.00780.0351-0.3177-0.22650.436-0.4450.2788-0.1768-0.09020.72670.15280.6731-2.2745-10.4416-22.7196
31.8939-1.45250.40056.0319-3.73282.78270.05270.29120.1722-0.0551-0.2453-0.2906-0.16890.46410.25250.1504-0.06720.00430.27290.01340.1992-11.8558-10.6762-20.8838
45.6201-4.20690.24116.6328-1.22272.93560.18760.0336-0.5761-0.14880.0570.10520.00170.3911-0.10650.1079-0.0113-0.00160.2978-0.03960.3238-12.0655-25.1176-15.5686
52.6557-1.18171.39784.4792-1.94023.53830.14140.1862-0.1616-0.1753-0.05340.17160.09690.0987-0.07770.20130.014-0.00780.1809-0.00590.2376-20.0027-11.3333-25.2625
62.3148-2.414-0.01213.3244-1.87824.42610.0113-0.25150.25160.73310.0760.5567-0.7947-0.1050.15590.58590.10560.03050.3249-0.01510.2211-20.1536-13.813-3.793
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 24 through 57 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 58 through 75 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 76 through 109 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 110 through 126 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 127 through 205 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 206 through 228 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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