PDB-5jyb: Crystal structure of 3 mutant of Ba3275 (S116A, E243A, H313A), th...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5jyb

タイトル

Crystal structure of 3 mutant of Ba3275 (S116A, E243A, H313A), the member of S66 family of serine peptidases

要素

MccC family protein

キーワード

HYDROLASE / serine peptidase / inactive enzyme / Ba3275 / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID

機能・相同性

機能・相同性情報

hydrolase activity / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacillus cereus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.647 Å

データ登録者

Nocek, B. / Jedrzejczak, R. / Joachimiak, A. / CSGID / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of 3 mutant of Ba3275 (S116A, E243A, H313A), the member of S66 family of serine peptidases
著者: Nocek, B. / Jedrzejczak, R. / Joachimiak, A. / CSGID

履歴

登録	2016年5月13日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年6月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_prerelease_seq / pdbx_struct_oper_list Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5jyb.cif.gz	420.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5jyb.ent.gz	348.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5jyb.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5jyb_validation.pdf.gz	1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5jyb_full_validation.pdf.gz	1 MB	表示
XML形式データ	5jyb_validation.xml.gz	33.5 KB	表示
CIF形式データ	5jyb_validation.cif.gz	50.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jy/5jyb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jy/5jyb	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5f1yS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1q7z-2 3fkr-d 5f9m-2 4kc4-1 5f5x-d 5g13-d 5kzm-d 4k7g-d 6p2l-d 3v0n-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: CSGID-IDP95363

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#215 - 2017年11月アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase) 類似性 (1) #57 - 2004年9月カタラーゼ (Catalase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: MccC family protein

B: MccC family protein

ヘテロ分子

80.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	65.444, 71.225, 82.700
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 109.19, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	MccC family protein 分子量: 39442.598 Da / 分子数: 2 / 変異: S116A,E243A, H313A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bacillus cereus (strain ATCC 10987 / NRS 248) (バクテリア) 株: ATCC 10987 / NRS 248 / 遺伝子: BCE_3281 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q734X3

-
非ポリマー , 8種, 680分子

#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-P6G / HEXAETHYLENE GLYCOL / POLYETHYLENE GLYCOL PEG400 / ヘキサエチレングリコ-ル分子量: 282.331 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₂₆O₇ / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES 分子量: 238.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈N₂O₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 化合物	ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル分子量: 238.278 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₂₂O₆ / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 化合物	ChemComp-SBT / 2-BUTANOL / (S)-2-ブタノ-ル分子量: 74.122 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O
#7: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#8: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#9: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 666 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.32 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.93 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: HEPES pH 7.5 0.15 M, 2-Butanol 4.000 %(v/v), PEG 20000 16.0 %(w/v)

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9794 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年3月30日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.647→40 Å / Num. obs: 82827 / % possible obs: 96.1 % / Observed criterion σ(F): 2 / 冗長度: 3.8 % / R_merge(I) obs: 0.119 / Net I/σ(I): 11

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	dev_1888	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
HKL-3000		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5F1Y

5f1y

解像度: 1.647→36.298 Å / SU ML: 0.13 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 16.24 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1648	3839	5.18 %	0.14
R_work	0.1395	-	-	-
obs	0.1408	74065	95.3 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.647→36.298 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5511	0	123	667	6301

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	5848
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.223	7921
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.64	2201
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.048	832
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	1025

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.6469-1.6678	0.2059	62	0.198	1038	X-RAY DIFFRACTION	34
1.6678-1.6897	0.2094	88	0.2111	1339	X-RAY DIFFRACTION	45
1.6897-1.7129	0.2371	91	0.2118	1660	X-RAY DIFFRACTION	55
1.7129-1.7374	0.2167	102	0.1997	1939	X-RAY DIFFRACTION	63
1.7374-1.7633	0.2134	119	0.1935	2009	X-RAY DIFFRACTION	67
1.7633-1.7908	0.2251	114	0.1971	2167	X-RAY DIFFRACTION	71
1.7908-1.8202	0.1999	128	0.189	2250	X-RAY DIFFRACTION	74
1.8202-1.8516	0.2108	144	0.1809	2403	X-RAY DIFFRACTION	80
1.8516-1.8853	0.1944	145	0.1688	2538	X-RAY DIFFRACTION	84
1.8853-1.9215	0.197	150	0.165	2707	X-RAY DIFFRACTION	89
1.9215-1.9607	0.1755	137	0.1554	2836	X-RAY DIFFRACTION	93
1.9607-2.0034	0.1792	168	0.1526	2857	X-RAY DIFFRACTION	95
2.0034-2.05	0.1706	157	0.1503	2922	X-RAY DIFFRACTION	96
2.05-2.1012	0.165	144	0.146	2900	X-RAY DIFFRACTION	95
2.1012-2.158	0.1796	176	0.1405	2787	X-RAY DIFFRACTION	93
2.158-2.2215	0.1638	156	0.1336	2953	X-RAY DIFFRACTION	98
2.2215-2.2932	0.1568	167	0.1267	3025	X-RAY DIFFRACTION	98
2.2932-2.3752	0.1662	166	0.1261	2970	X-RAY DIFFRACTION	98
2.3752-2.4702	0.1406	139	0.1203	2993	X-RAY DIFFRACTION	98
2.4702-2.5826	0.1536	150	0.1272	3000	X-RAY DIFFRACTION	98
2.5826-2.7188	0.1461	147	0.1287	3038	X-RAY DIFFRACTION	98
2.7188-2.889	0.1818	148	0.1364	2990	X-RAY DIFFRACTION	98
2.889-3.112	0.1661	170	0.1325	2881	X-RAY DIFFRACTION	94
3.112-3.4249	0.1613	203	0.1287	2981	X-RAY DIFFRACTION	99
3.4249-3.92	0.1445	157	0.1159	3041	X-RAY DIFFRACTION	98
3.92-4.9369	0.1235	152	0.1126	3017	X-RAY DIFFRACTION	98
4.9369-36.3069	0.1627	159	0.1624	2985	X-RAY DIFFRACTION	94

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.6697	0.0481	-0.4415	0.6329	-0.1821	1.3476	-0.0224	0.0814	-0.0064	-0.0587	0.0041	0.0248	0.0316	-0.094	0.0181	0.081	-0.0035	-0.0112	0.0612	-0.0085	0.0693	-27.679	-1.3888	-6.3241
2	1.0541	-0.3051	0.5544	0.6155	-0.4701	1.5515	-0.0566	-0.0476	0.1196	0.0287	0.0075	-0.1682	-0.0795	0.1386	0.0594	0.0869	-0.0181	0.0111	0.1024	0.0081	0.1207	-10.4763	8.4106	-4.2266
3	2.2373	0.5158	-0.1752	0.7605	0.225	1.7133	-0.001	-0.0634	-0.0352	0.0242	-0.0705	0.0053	0.1777	0.0929	0.0523	0.082	0.0213	-0.0054	0.0706	0.0185	0.0652	-17.7282	-2.7948	13.4238
4	0.5607	0.1031	-0.1236	0.6928	0.159	1.6267	0.0018	-0.0879	0.0092	0.0196	-0.0075	-0.0834	0.0661	0.2764	-0.0061	0.0611	0.016	0.0026	0.1185	0.0111	0.1081	-8.1419	0.2506	10.034
5	1.5587	-0.2041	-0.6234	0.5775	-0.2236	1.879	-0.0745	-0.1622	-0.0319	-0.0111	0.0076	-0.0133	0.1534	0.1327	0.0201	0.094	0.0081	-0.0105	0.0811	-0.0066	0.0655	-26.0926	-1.5205	46.8812
6	0.669	-0.0027	-0.2339	0.4752	-0.0122	1.2846	0.0008	-0.0866	0.0276	0.0454	-0.0093	-0.0334	0.0345	0.0742	0.007	0.076	-0.0026	-0.003	0.0788	0.0021	0.0813	-28.4467	2.1587	41.4184
7	0.5695	-0.0723	-0.4279	0.6689	-0.0976	1.9583	0.0013	0.0308	0.0025	-0.0208	0.0046	0.0537	0.0359	-0.2182	-0.0095	0.0596	-0.0068	-0.0087	0.0971	0.0038	0.0876	-39.6288	3.085	26.1987

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 149 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 150 through 206 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 207 through 263 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 264 through 343 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 0 through 29 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 30 through 231 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 232 through 343 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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