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- PDB-5jy7: Complex of Mycobacterium smegmatis trehalose synthase with maltokinase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5jy7
タイトルComplex of Mycobacterium smegmatis trehalose synthase with maltokinase
要素
  • Maltokinase
  • Trehalose synthase/amylase TreS
キーワードISOMERASE/TRANSFERASE / complex / isomerase / kinase / alpha glucan synthesis / isomerase-transferase complex
機能・相同性
機能・相同性情報


maltokinase / trehalose metabolic process / maltose alpha-D-glucosyltransferase / maltose alpha-D-glucosyltransferase activity / maltose metabolic process / trehalose biosynthetic process / carbohydrate phosphorylation / alpha-amylase / glycogen biosynthetic process / alpha-amylase activity ...maltokinase / trehalose metabolic process / maltose alpha-D-glucosyltransferase / maltose alpha-D-glucosyltransferase activity / maltose metabolic process / trehalose biosynthetic process / carbohydrate phosphorylation / alpha-amylase / glycogen biosynthetic process / alpha-amylase activity / glycogen metabolic process / polysaccharide catabolic process / kinase activity / calcium ion binding / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Maltokinase N-terminal cap domain / Maltokinase N-terminal cap domain / Trehalose synthase/alpha-amylase, N-terminal / Maltogenic Amylase, C-terminal / Maltogenic Amylase, C-terminal domain / Aminoglycoside 3'-phosphotransferase; Chain: A, domain 2 / Aminoglycoside phosphotransferase (APH), C-terminal lobe / Oligo-1,6-glucosidase; domain 2 / Oligo-1,6-glucosidase; Domain 2 / Aminoglycoside phosphotransferase ...Maltokinase N-terminal cap domain / Maltokinase N-terminal cap domain / Trehalose synthase/alpha-amylase, N-terminal / Maltogenic Amylase, C-terminal / Maltogenic Amylase, C-terminal domain / Aminoglycoside 3'-phosphotransferase; Chain: A, domain 2 / Aminoglycoside phosphotransferase (APH), C-terminal lobe / Oligo-1,6-glucosidase; domain 2 / Oligo-1,6-glucosidase; Domain 2 / Aminoglycoside phosphotransferase / Phosphotransferase enzyme family / Oligo-1,6-glucosidase, domain 2 / Alpha amylase, catalytic domain / Glycosyl hydrolase, family 13, catalytic domain / Alpha-amylase domain / Golgi alpha-mannosidase II / Glycosyl hydrolase, all-beta / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Protein kinase-like domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Maltokinase / Trehalose synthase/amylase TreS
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium smegmatis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.6 Å
データ登録者Futterer, K. / Kermani, A.A. / Besra, G.S.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Medical Research Council (United Kingdom)MR/K012118/1 英国
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2019
タイトル: Crystal structure of the TreS-Pep2 complex, initiating alpha-glucan synthesis in the GlgE pathway of mycobacteria.
著者: Kermani, A.A. / Roy, R. / Gopalasingam, C. / Kocurek, K.I. / Patel, T.R. / Alderwick, L.J. / Besra, G.S. / Futterer, K.
履歴
登録2016年5月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年5月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月13日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22019年4月24日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_proc
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.32024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Trehalose synthase/amylase TreS
B: Trehalose synthase/amylase TreS
C: Trehalose synthase/amylase TreS
D: Trehalose synthase/amylase TreS
E: Trehalose synthase/amylase TreS
F: Trehalose synthase/amylase TreS
G: Trehalose synthase/amylase TreS
H: Trehalose synthase/amylase TreS
I: Maltokinase
J: Maltokinase
K: Maltokinase
L: Maltokinase
M: Maltokinase
N: Maltokinase
O: Maltokinase
P: Maltokinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)937,30724
ポリマ－936,98616
非ポリマー3218
水00
1
A: Trehalose synthase/amylase TreS
B: Trehalose synthase/amylase TreS
C: Trehalose synthase/amylase TreS
D: Trehalose synthase/amylase TreS
I: Maltokinase
J: Maltokinase
K: Maltokinase
L: Maltokinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)468,65412
ポリマ－468,4938
非ポリマー1604
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
E: Trehalose synthase/amylase TreS
F: Trehalose synthase/amylase TreS
G: Trehalose synthase/amylase TreS
H: Trehalose synthase/amylase TreS
M: Maltokinase
N: Maltokinase
O: Maltokinase
P: Maltokinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)468,65412
ポリマ－468,4938
非ポリマー1604
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)315.680, 315.680, 124.950
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number78
Space group name H-MP43
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
31
41
51
61
71
81
12
22
32
42
52
62
72
82

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Refine code: 1

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11GLYGLYASPASPAA13 - 58613 - 586
21HISHISPROPROBB17 - 58717 - 587
31HISHISASPASPCC9 - 5869 - 586
41HISHISPROPRODD17 - 58717 - 587
51LEULEUASPASPEE29 - 58629 - 586
61HISHISPROPROFF17 - 58717 - 587
71HISHISPROPROGG17 - 58717 - 587
81LEULEUASPASPHH29 - 58629 - 586
12SERSERLEULEUII2 - 4392 - 439
22SERSERTYRTYRJJ2 - 4092 - 409
32ASPASPLEULEUKK84 - 43984 - 439
42METMETLEULEULL1 - 4391 - 439
52SERSERLEULEUMM2 - 4392 - 439
62ASPASPLEULEUNN88 - 43988 - 439
72ALAALALEULEUOO198 - 439198 - 439
82ALAALALEULEUPP198 - 439198 - 439

NCSアンサンブル:
ID
1
2

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(-0.153821, 0.690912, 0.706385), (0.670048, -0.452477, 0.588474), (0.726206, 0.563831, -0.393344)-48.36491, 97.623222, -35.301231
3given(-0.283169, -0.956545, 0.069547), (-0.956451, 0.276296, -0.094141), (0.070834, -0.093176, -0.993127)89.932007, 70.034843, 31.80864
4given(-0.571224, 0.282359, -0.770699), (0.274676, -0.81907, -0.503664), (-0.77347, -0.499397, 0.390316)7.54452, 145.292679, 56.49519
5given(-0.339632, 0.798273, -0.497403), (-0.888223, -0.446161, -0.109546), (-0.309369, 0.4046, 0.860575)-132.469055, 84.262497, -87.178093
6given(-0.789944, 0.025606, 0.612645), (0.155604, 0.974793, 0.159894), (-0.593107, 0.221638, -0.774016)-55.502201, -73.736458, -55.371971
7given(0.203081, -0.926431, -0.316992), (0.768063, 0.351516, -0.535271), (0.607319, -0.134767, 0.782944)189.308334, 84.994087, 72.174782
8given(0.957281, 0.161804, 0.239651), (0.009961, -0.846746, 0.531904), (0.288988, -0.506795, -0.812185)59.784351, 208.83168, 131.55043
9given(1), (1), (1)
10given(-0.22636, 0.638542, 0.735544), (0.690924, -0.427019, 0.583334), (0.686575, 0.640249, -0.344524)-45.465611, 96.018341, -40.045658
11given(-0.296219, -0.946164, 0.130493), (-0.954972, 0.290989, -0.057914), (0.016825, -0.141772, -0.989756)88.092102, 67.689697, 39.14035
12given(-0.514718, 0.29968, -0.803279), (0.317527, -0.803666, -0.503286), (-0.796393, -0.514113, 0.318505)5.1303, 143.249924, 62.317501
13given(-0.72317, -0.095502, 0.684036), (0.03415, 0.984238, 0.173519), (-0.689826, 0.148844, -0.70851)-36.264969, -79.49147, -49.43568
14given(-0.207132, 0.767954, -0.606089), (-0.946547, -0.313903, -0.074251), (-0.247274, 0.558312, 0.791924)-120.802673, 63.40432, -105.168823
15given(0.026532, -0.937793, -0.346179), (0.830072, 0.213633, -0.515112), (0.557024, -0.273687, 0.784104)172.958786, 117.67025, 92.958168
16given(0.905387, 0.307178, 0.293115), (0.127848, -0.855547, 0.501692), (0.404882, -0.416752, -0.813873)25.927429, 225.805374, 127.887917

-
要素

#1: タンパク質
Trehalose synthase/amylase TreS / Maltose alpha-D-glucosyltransferase / MTase


分子量: 68272.133 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (バクテリア)
遺伝子: treS, MSMEG_6515, MSMEI_6343 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: A0R6E0, alpha-amylase, maltose alpha-D-glucosyltransferase
#2: タンパク質
Maltokinase / MaK / Maltose-1-phosphate synthase


分子量: 48851.172 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (バクテリア)
遺伝子: mak, pep2, MSMEG_6514, MSMEI_6342 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0R6D9, maltokinase
#3: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.53 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.7
詳細: 9% v/v polyethylene glycol 8000, 4% v/v glycerol, 200 mM MgCl2 and 0.1 M Tris HCl

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.97717 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年10月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97717 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.6→49.91 Å / Num. obs: 142362 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.7 % / Biso Wilson estimate: 126 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.17 / Rsym value: 0.17 / Net I/σ(I): 9.1
反射 シェル解像度: 3.6→3.66 Å / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 1.54 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / % possible all: 98.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0073精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3ZO9

3zo9


解像度: 3.6→49.9 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.891 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.88 / SU B: 92.904 / SU ML: 0.621 / Data cutoff high absF: 0 / Data cutoff low absF: 0 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.665
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2812 7119 5 %RANDOM
Rwork0.2612 ---
obs0.2622 135356 99.82 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 331.28 Å2 / Biso mean: 111.4 Å2 / Biso min: 20.01 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.95 Å20 Å20 Å2
2---0.95 Å20 Å2
3---1.91 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.6→49.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数56335 0 8 0 56343
Biso mean--20.01 --
残基数----7428
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.01957908
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0250599
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0011.94279206
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.823115528
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.5657396
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.48623.2692808
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.152157658
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.915457
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0530.28467
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.02168246
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.0214151
LS精密化 シェル解像度: 3.6→3.694 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.342 538 -
Rwork0.329 9818 -
all-10356 -
obs--98.96 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.42990.2410.07591.06030.03171.31730.04330.45480.0269-0.3733-0.0522-0.3882-0.04880.34340.00890.45650.0740.16330.3170.06250.150718.17765.982-18.808
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40.85910.04380.3831.3827-0.30812.7393-0.15760.24380.5656-0.154-0.0362-0.577-0.65590.46510.19390.5753-0.22290.02370.31380.20740.781430.477105.9132.95
52.6522-1.40820.43993.0933-1.05292.39170.72851.0536-0.0881-1.0576-0.7289-0.3998-0.0481-0.00370.00041.1330.53650.07081.0060.03450.437-56.034155.477-13.781
65.3329-2.8065-1.08273.69470.5962.3256-0.8411-1.7457-0.36081.80580.7044-0.09340.40990.09340.13671.59970.1432-0.181.15860.20230.4524-57.877145.6338.935
72.7236-1.3258-0.32452.4060.51641.7850.7461.3995-0.6867-0.7592-0.77231.20820.0995-0.8190.02621.13270.4772-0.40281.7905-0.42171.1132-105.121164.307-6.523
85.047-2.0062-0.3413.9632.33495.1311-0.1578-0.97711.42760.73420.1606-0.4517-1.085-0.1341-0.00281.55040.0237-0.0671.0897-0.38141.2313-85.526190.23435.822
93.25621.09891.98741.1770.0312.7501-0.14980.5485-0.544-0.32870.2037-0.40940.5750.2467-0.05390.4029-0.05450.13970.2728-0.01460.3898-22.91127.905-1.553
101.71350.98580.92374.94661.27283.1696-0.098-0.02040.2260.11690.00790.8333-0.0218-1.28050.09010.76070.1760.0390.93130.10230.1542-25.46167.501-37.543
114.24530.98831.1343.12581.65293.2965-0.1734-0.4611-0.29320.60690.1882-0.70550.23751.853-0.01480.7673-0.1171-0.07671.85540.16481.746769.61696.06823.776
124.22351.88431.90261.85081.17851.6178-0.14250.07440.75130.12880.02410.0313-0.69180.12940.11841.36750.1453-0.38710.6846-0.37281.075128.491117.4660.006
133.2041-3.45910.60444.3350.01041.41510.69660.3324-0.3785-0.9665-0.94680.70620.4792-0.18240.25021.42590.4699-0.13770.9546-0.16130.997-39.202111.534-6.122
144.777-1.65640.86123.62770.78510.70940.19730.07470.46110.46350.1825-2.0740.15230.5334-0.37971.1905-0.0472-0.8521.3090.09442.5717-13.744149.18327.753
156.0877-0.5214-2.4080.5876-0.10051.2576-0.5907-1.0915-1.52470.28970.39611.0019-0.0088-0.27470.19462.20090.46820.99242.53850.35211.9872-128.819176.98543.564
161.9133-1.2171.40563.3286-1.08112.23120.18510.44031.2019-0.2629-0.63330.1902-1.1110.11180.44822.00490.92920.25082.17090.57422.0992-108.366209.919-12.384
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A13 - 586
2X-RAY DIFFRACTION2B17 - 587
3X-RAY DIFFRACTION3C9 - 586
4X-RAY DIFFRACTION4D17 - 587
5X-RAY DIFFRACTION5E29 - 586
6X-RAY DIFFRACTION6F17 - 587
7X-RAY DIFFRACTION7G17 - 587
8X-RAY DIFFRACTION8H29 - 586
9X-RAY DIFFRACTION9I2 - 439
10X-RAY DIFFRACTION10J2 - 439
11X-RAY DIFFRACTION11K84 - 439
12X-RAY DIFFRACTION12L1 - 439
13X-RAY DIFFRACTION13M2 - 439
14X-RAY DIFFRACTION14N88 - 439
15X-RAY DIFFRACTION15O198 - 439
16X-RAY DIFFRACTION16P198 - 439

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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