[日本語] English
万見
- PDB-5jxd: Crystal structure of murine Tnfaip8 C165S mutant -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5jxd
タイトルCrystal structure of murine Tnfaip8 C165S mutant
要素Tumor necrosis factor alpha-induced protein 8
キーワードIMMUNE SYSTEM / Tnfaip8 / Oxi-a / phosphatidylethanolamine
機能・相同性
機能・相同性情報


PI Metabolism / cysteine-type endopeptidase inhibitor activity involved in apoptotic process / defense response to Gram-positive bacterium / positive regulation of apoptotic process / nucleoplasm / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Tumor necrosis factor alpha-induced protein 8-like / Tumor necrosis factor alpha-induced protein 8-like / Tumor necrosis factor alpha-induced protein 8-like superfamily / Domain of unknown function (DUF758) / de novo design (two linked rop proteins) / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-6OU / Tumor necrosis factor alpha-induced protein 8
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.029 Å
データ登録者Park, J. / Kim, M.S. / Lee, D. / Shin, D.H.
資金援助 韓国, 1件
組織認可番号国
Ministry of Education, Science and Technology2010K000266 韓国
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2017
タイトル: The Tnfaip8-PE complex is a novel upstream effector in the anti-autophagic action of insulin
著者: Kim, J.S. / Park, J. / Kim, M.S. / Ha, J.Y. / Jang, Y.W. / Shin, D.H. / Son, J.H.
履歴
登録2016年5月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年6月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月1日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Tumor necrosis factor alpha-induced protein 8
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,6992
ポリマ－22,9811
非ポリマー7181
水37821
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area10740 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)66.276, 71.570, 90.596
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222

-
要素

#1: タンパク質 Tumor necrosis factor alpha-induced protein 8 / TNF alpha-induced protein 8


分子量: 22981.432 Da / 分子数: 1 / 変異: C165S / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q921Z5
#2: 化合物 ChemComp-6OU / [(2~{R})-1-[2-azanylethoxy(oxidanyl)phosphoryl]oxy-3-hexadecanoyloxy-propan-2-yl] (~{Z})-octadec-9-enoate / POPE


分子量: 717.996 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C39H76NO8P / コメント: リン脂質*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 21 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.03 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.7 / 詳細: 0.1M Bis-Tris propane, pH 7.7, 1.2M sodium citrate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 0.97933 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2012年4月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97933 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.029→33.14 Å / Num. obs: 13998 / % possible obs: 97.4 % / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.078 / Net I/σ(I): 23.15
反射 シェル解像度: 2.03→2.07 Å / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.869 / Mean I/σ(I) obs: 1.58 / % possible all: 74.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
DENZOデータ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3F4M

3f4m


解像度: 2.029→33.138 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.91 / 位相誤差: 33.18 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2869 699 5 %
Rwork0.2372 --
obs0.2395 13973 97.77 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.029→33.138 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1519 0 49 21 1589
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0081590
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.7022125
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.6624
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.096240
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005267
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.0291-2.18580.30471470.28962376X-RAY DIFFRACTION90
2.1858-2.40570.25691220.24752667X-RAY DIFFRACTION99
2.4057-2.75370.28971510.24182687X-RAY DIFFRACTION100
2.7537-3.46870.29831560.25022691X-RAY DIFFRACTION100
3.4687-33.14240.28251230.22222853X-RAY DIFFRACTION100

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る