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- PDB-5jwz: Structure of a Putative Xyloglucanase from the Cellulolytic Bacte... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5jwz
タイトルStructure of a Putative Xyloglucanase from the Cellulolytic Bacteria Streptomyces sp. SirexAA-E
要素Cellulose-binding family II
キーワードHYDROLASE / Xyloglucanase / Xyloglucan / biomass / Streptomyces sp. SirexAA-E / GH74 / Glycoside Hydrolase
機能・相同性
機能・相同性情報


xyloglucan metabolic process / polysaccharide binding / polysaccharide catabolic process / hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Carbohydrate-binding type-2, conserved site / CBM2a (carbohydrate-binding type-2) domain signature. / Cellulose binding domain / Carbohydrate-binding type-2 domain / CBM2 (Carbohydrate-binding type-2) domain profile. / CBD_II / CBM2, carbohydrate-binding domain superfamily / CBM2/CBM3, carbohydrate-binding domain superfamily / YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase ...: / Carbohydrate-binding type-2, conserved site / CBM2a (carbohydrate-binding type-2) domain signature. / Cellulose binding domain / Carbohydrate-binding type-2 domain / CBM2 (Carbohydrate-binding type-2) domain profile. / CBD_II / CBM2, carbohydrate-binding domain superfamily / CBM2/CBM3, carbohydrate-binding domain superfamily / YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase / 7 Propeller / Methylamine Dehydrogenase; Chain H / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Cellulose-binding family II
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces sp. (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.695 Å
データ登録者Kositzke, A.W. / Bianchetti, C.M.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of a Putative Xyloglucanase from the Cellulolytic Bacteria Streptomyces sp. SirexAA-E, secreted, biomass degradation
著者: Kositzke, A.W. / Bianchetti, C.M.
履歴
登録2016年5月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年6月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_prerelease_seq / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cellulose-binding family II
B: Cellulose-binding family II
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)154,2638
ポリマ－153,9562
非ポリマー3066
水36,5342028
1
A: Cellulose-binding family II
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,1825
ポリマ－76,9781
非ポリマー2044
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Cellulose-binding family II
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,0803
ポリマ－76,9781
非ポリマー1022
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)104.149, 140.181, 116.711
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 113.920, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-1564-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Cellulose-binding family II


分子量: 76978.180 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 68-791 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces sp. (strain SirexAA-E / ActE) (バクテリア)
株: SirexAA-E / ActE / 遺伝子: SACTE_0562 / プラスミド: pPV68K / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834 / 参照: UniProt: G2NK78
#2: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2028 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.37 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 20% PEG 6K, 200mM Calcium Chloride, and 100mM of HEPES buffered at pH 7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97857 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年11月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97857 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.695→30 Å / Num. obs: 159374 / % possible obs: 94.37 % / 冗長度: 13 % / Rmerge(I) obs: 0.102 / Net I/σ(I): 24.67
反射 シェル解像度: 1.695→1.738 Å / 冗長度: 12.4 % / Rmerge(I) obs: 0.781 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / % possible all: 70

-
位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散
Phasing MADD res high: 0 Å / D res low: 0 Å / FOM : 0 / 反射: 0

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX精密化
HKL-2000データ収集
PHASES位相決定
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.695→29.887 Å / SU ML: 0.13 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 16.15 / 立体化学のターゲット値: MLHL
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1688 1935 1.21 %
Rwork0.1276 157439 -
obs0.1281 159374 94.37 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 74.17 Å2 / Biso mean: 16.9891 Å2 / Biso min: 6.27 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.695→29.887 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10831 0 15 2028 12874
Biso mean--20.84 29.96 -
残基数----1447
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00811264
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.12715428
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0531603
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0052042
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.6573845
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.6953-1.73770.2591920.15438381847370
1.7377-1.78470.19321340.14219864999883
1.7847-1.83720.20191270.1387106661079390
1.8372-1.89650.21461420.1345110451118793
1.8965-1.96420.18881420.1268112281137095
1.9642-2.04290.15131350.1232115081164397
2.0429-2.13580.19281450.118116391178498
2.1358-2.24840.17521470.1163117301187798
2.2484-2.38920.1571400.1178117491188999
2.3892-2.57360.15871420.1267118521199499
2.5736-2.83240.16141450.13751184511990100
2.8324-3.24180.17921500.14151193812088100
3.2418-4.08270.14831450.12611192512070100
4.0827-29.89160.14711490.11841206912218100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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