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- PDB-5jwt: T4 Lysozyme L99A/M102Q with Benzene Bound -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5jwt
タイトルT4 Lysozyme L99A/M102Q with Benzene Bound
要素Endolysin
キーワードHYDROLASE / Phage lysozyme Azaborine
機能・相同性
機能・相同性情報


viral release from host cell by cytolysis / peptidoglycan catabolic process / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / host cell cytoplasm / defense response to bacterium
類似検索 - 分子機能
Lysozyme - #40 / Endolysin T4 type / T4-type lysozyme / : / Glycoside hydrolase, family 24 / Phage lysozyme / Lysozyme domain superfamily / Lysozyme / Lysozyme-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
BENZENE / Endolysin
類似検索 - 構成要素
生物種Enterobacteria phage T4 (ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.41 Å
データ登録者Lee, H. / Fischer, M. / Shoichet, B.K. / Liu, S.-Y.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)5001989 米国
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2016
タイトル: Hydrogen Bonding of 1,2-Azaborines in the Binding Cavity of T4 Lysozyme Mutants: Structures and Thermodynamics.
著者: Lee, H. / Fischer, M. / Shoichet, B.K. / Liu, S.Y.
履歴
登録2016年5月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年9月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年9月28日Group: Database references
改定 1.22022年4月13日Group: Author supporting evidence / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32023年9月27日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Endolysin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,7242
ポリマ－18,6461
非ポリマー781
水5,386299
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)60.230, 60.230, 96.870
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質 Endolysin / Lysis protein / Lysozyme / Muramidase


分子量: 18646.316 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterobacteria phage T4 (ファージ)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): RR1 / 参照: UniProt: P00720, lysozyme
#2: 化合物 ChemComp-BNZ / BENZENE / ベンゼン


分子量: 78.112 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H6
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 299 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.65 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.9
詳細: 2.2 M sodium/potassium phosphate, pH 6.9, 50 mM 2-mercaptoethanol, 50 mM 2-hydroxyethyl disulfide

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.11587 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年6月3日
放射モノクロメーター: KHOZU Double flat crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.11587 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.41→45.926 Å / Num. obs: 39667 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 8 % / Rmerge(I) obs: 0.058 / Net I/σ(I): 2.9
反射 シェル解像度: 1.41→1.46 Å / Rmerge(I) obs: 0.321 / % possible all: 99.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10.1_2155精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
d*TREK9.9.9.10Lデータ削減
PHENIXモデル構築
PHENIX位相決定
d*TREK9.9.9.10Lデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1LGU

1lgu


解像度: 1.41→45.926 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 28.58
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2429 1997 5.03 %
Rwork0.2201 --
obs0.2213 39665 99.49 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 56.05 Å2 / Biso mean: 18.5688 Å2 / Biso min: 8.69 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.41→45.926 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1283 0 6 299 1588
Biso mean--13.31 29.15 -
残基数----161
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0051402
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7881891
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.066205
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005248
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.899529
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.41-1.44520.37641350.33152637X-RAY DIFFRACTION99
1.4452-1.48430.33681330.29432686X-RAY DIFFRACTION100
1.4843-1.5280.36291540.2952634X-RAY DIFFRACTION100
1.528-1.57730.2981390.28622668X-RAY DIFFRACTION100
1.5773-1.63370.29071340.27692707X-RAY DIFFRACTION100
1.6337-1.69910.29051350.26912663X-RAY DIFFRACTION100
1.6991-1.77650.27371520.25482689X-RAY DIFFRACTION100
1.7765-1.87010.32581510.26052664X-RAY DIFFRACTION100
1.8701-1.98730.26791310.23582685X-RAY DIFFRACTION100
1.9873-2.14070.25661410.2152706X-RAY DIFFRACTION100
2.1407-2.35610.22361640.20072682X-RAY DIFFRACTION100
2.3561-2.6970.23111420.21352752X-RAY DIFFRACTION100
2.697-3.39780.21861550.19352739X-RAY DIFFRACTION100
3.3978-45.9260.18441310.1842756X-RAY DIFFRACTION95

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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