[日本語] English
万見
- PDB-5jw6: Cystal structure of aspartate semialdehyde dehydrogenase from Asp... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5jw6
タイトルCystal structure of aspartate semialdehyde dehydrogenase from Aspergillus fumigatus
要素Aspartate-semialdehyde dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / rossman fold
機能・相同性
機能・相同性情報


homoserine biosynthetic process / aspartate-semialdehyde dehydrogenase / aspartate-semialdehyde dehydrogenase activity / 'de novo' L-methionine biosynthetic process / threonine biosynthetic process / methionine biosynthetic process / NAD binding / NADP binding / protein dimerization activity
類似検索 - 分子機能
: / Aspartate-semialdehyde dehydrogenase, peptidoglycan lacking / Semialdehyde dehydrogenase, dimerisation domain / Semialdehyde dehydrogenase, dimerisation domain / Semialdehyde dehydrogenase, NAD binding domain / Semialdehyde dehydrogenase, NAD-binding / Semialdehyde dehydrogenase, NAD binding domain / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain ...: / Aspartate-semialdehyde dehydrogenase, peptidoglycan lacking / Semialdehyde dehydrogenase, dimerisation domain / Semialdehyde dehydrogenase, dimerisation domain / Semialdehyde dehydrogenase, NAD binding domain / Semialdehyde dehydrogenase, NAD-binding / Semialdehyde dehydrogenase, NAD binding domain / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Aspartate-semialdehyde dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Neosartorya fumigata (カビ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.39 Å
データ登録者Dahal, G.P. / Viola, R.E.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI077720 米国
引用ジャーナル: Acta Crystallogr F Struct Biol Commun / 年: 2017
タイトル: Structure of a fungal form of aspartate-semialdehyde dehydrogenase from Aspergillus fumigatus.
著者: Dahal, G.P. / Viola, R.E.
履歴
登録2016年5月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年1月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月13日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22018年4月18日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.32019年12月11日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Aspartate-semialdehyde dehydrogenase
B: Aspartate-semialdehyde dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,5817
ポリマ－81,1002
非ポリマー4805
水1,928107
1
A: Aspartate-semialdehyde dehydrogenase
B: Aspartate-semialdehyde dehydrogenase
ヘテロ分子

A: Aspartate-semialdehyde dehydrogenase
B: Aspartate-semialdehyde dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)163,16114
ポリマ－162,2014
非ポリマー96110
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_465y-1,x+1,-z1
Buried area12680 Å2
ΔGint-196 kcal/mol
Surface area50970 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)94.500, 94.500, 202.140
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

-
要素

#1: タンパク質 Aspartate-semialdehyde dehydrogenase


分子量: 40550.184 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Neosartorya fumigata (strain ATCC MYA-4609 / Af293 / CBS 101355 / FGSC A1100) (カビ)
株: ATCC MYA-4609 / Af293 / CBS 101355 / FGSC A1100 / 細胞株: BL21 (DE3) / 遺伝子: AFUA_3G06830
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: Q4WWR8, aspartate-semialdehyde dehydrogenase
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 107 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.71 % / 解説: Single Hexagonal
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 2M ammonium sulphate 100 mM Bis-tris pH 6.5 / PH範囲: 6.5-7.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.97927 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年3月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97927 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.39→81.84 Å / Num. obs: 42496 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.2 % / Biso Wilson estimate: 34.09 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.058 / Net I/av σ(I): 9.2 / Net I/σ(I): 9.2
反射 シェル解像度: 2.39→2.48 Å / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.224 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / % possible all: 100

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0135精密化
HKL-20003000データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
iMOSFLMデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3hsk

3hsk


解像度: 2.39→81.84 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.94 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.911 / SU B: 6.931 / SU ML: 0.161 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.273 / ESU R Free: 0.226 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2502 2153 5.1 %RANDOM
Rwork0.2009 ---
obs0.2034 40287 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 135.95 Å2 / Biso mean: 39.465 Å2 / Biso min: 16.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.63 Å20.32 Å20 Å2
2--0.63 Å2-0 Å2
3----2.05 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.39→81.84 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5466 0 25 107 5598
Biso mean--47.58 35.34 -
残基数----716
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0195590
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.025398
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9241.977556
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.076312438
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.7235712
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.67224.18244
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.65115950
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.2711538
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.110.2845
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0216336
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021234
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.6523.7132860
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.6523.7122859
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.5635.5513568
LS精密化 シェル解像度: 2.386→2.448 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.304 184 -
Rwork0.257 2906 -
all-3090 -
obs--100 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る