[日本語] English
万見
- PDB-5jvo: Crystal structure of the Arginine Repressor from the pathogenic b... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5jvo
タイトルCrystal structure of the Arginine Repressor from the pathogenic bacterium Corynebacterium pseudotuberculosis
要素Arginine repressor
キーワードDNA BINDING PROTEIN / Arginine repressor
機能・相同性
機能・相同性情報


arginine biosynthetic process / arginine binding / protein complex oligomerization / DNA-binding transcription factor activity / DNA binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Arginine repressor / Arginine repressor, C-terminal / Arginine repressor, DNA-binding domain / Arginine repressor, C-terminal domain superfamily / Arginine repressor, DNA binding domain / Arginine repressor, C-terminal domain / Gyrase A; domain 2 - #40 / Gyrase A; domain 2 / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily ...Arginine repressor / Arginine repressor, C-terminal / Arginine repressor, DNA-binding domain / Arginine repressor, C-terminal domain superfamily / Arginine repressor, DNA binding domain / Arginine repressor, C-terminal domain / Gyrase A; domain 2 - #40 / Gyrase A; domain 2 / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
TYROSINE / Arginine repressor / Arginine repressor
類似検索 - 構成要素
生物種Corynebacterium pseudotuberculosis (ヒツジ偽結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Mariutti, R.B. / Ullah, A. / Murakami, M.T. / Arni, R.K.
引用ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2016
タイトル: Tyrosine binding and promiscuity in the arginine repressor from the pathogenic bacterium Corynebacterium pseudotuberculosis.
著者: Mariutti, R.B. / Ullah, A. / Araujo, G.C. / Murakami, M.T. / Arni, R.K.
履歴
登録2016年5月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年8月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Arginine repressor
B: Arginine repressor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,7265
ポリマ－21,2682
非ポリマー4583
水82946
1
A: Arginine repressor
B: Arginine repressor
ヘテロ分子

A: Arginine repressor
B: Arginine repressor
ヘテロ分子

A: Arginine repressor
B: Arginine repressor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,17915
ポリマ－63,8036
非ポリマー1,3759
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_456z-1/2,-x+1/2,-y+11
crystal symmetry operation12_565-y+1/2,-z+1,x+1/21
Buried area9570 Å2
ΔGint-82 kcal/mol
Surface area18420 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)83.191, 83.191, 83.191
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number198
Space group name H-MP213
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-319-

HOH

21B-313-

HOH

31B-315-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Arginine repressor


分子量: 10633.909 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Corynebacterium pseudotuberculosis (ヒツジ偽結核菌)
遺伝子: argR, CpE19_0967 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0E3UAP8, UniProt: D9QA55*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-TYR / TYROSINE / チロシン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 181.189 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H11NO3
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 46 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.48 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 100 mM Tris-HCl 200 mM NaCl 10% ethanol

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: LNLS / ビームライン: W01B-MX2 / 波長: 1.458 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年5月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.458 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→48 Å / Num. obs: 15299 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 10.5 % / Biso Wilson estimate: 36.141 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.079 / Net I/σ(I): 20.81
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsDiffraction-ID% possible all
1.9-2.020.8992.15199.5
2.02-2.160.474.481100
2.16-2.330.3257.271100
2.33-2.550.22811.441100
2.55-2.850.13219.031100
2.85-3.290.07831.131100
3.29-4.030.04551.461100
4.03-5.680.03764.371100
5.68-48.030.03265.66199.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
REFMAC5.8.0135精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3ERE

3ere


解像度: 1.9→48 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.94 / SU B: 6.119 / SU ML: 0.09 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.125 / ESU R Free: 0.127 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2249 764 5 %RANDOM
Rwork0.1797 ---
obs0.1819 14533 99.95 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 93.78 Å2 / Biso mean: 34.866 Å2 / Biso min: 19.52 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.9→48 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1158 0 31 46 1235
Biso mean--33.3 38.24 -
残基数----153
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0260.0191204
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021179
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.3721.9931623
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.15732706
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.7935151
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.33923.20853
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.71415205
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.6641512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1450.2188
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0130.0211337
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02259
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.4142.67616
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.4152.671615
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.3473.978763
LS精密化 シェル解像度: 1.904→1.953 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.345 50 -
Rwork0.268 1048 -
all-1098 -
obs--99.73 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.77240.12960.43740.09110.24870.7077-0.0135-0.06940.0704-0.00690-0.0023-0.04290.0040.01350.034-0.0146-0.01570.0367-0.01560.025441.398512.32389.7505
21.7122-0.72270.19191.0244-0.50140.32-0.0753-0.07090.08980.18930.0638-0.0669-0.1103-0.07250.01150.0560.01680.00110.04120.00180.016522.397925.045975.7758
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A82 - 160
2X-RAY DIFFRACTION2B86 - 159

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る